test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Iterator;
  32
  33 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 import jalview.api.AlignViewportI;
  39 import jalview.api.FeatureColourI;
  40 import jalview.bin.Cache;
  41 import jalview.bin.Jalview;
  42 import jalview.datamodel.Alignment;
  43 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  44 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  45 import jalview.datamodel.Sequence;
  46 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  47 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  48 import jalview.datamodel.SequenceI;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.io.FileLoader;
  51 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  52 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  53 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  54 import jalview.schemes.FeatureColour;
  55 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  56 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  57 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  58 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  59 import jalview.util.MessageManager;
  60 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  61
  62 public class AlignFrameTest
  63 {
  64   AlignFrame af;
  65
  66   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  67   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  68   {
  69     setUpJvOptionPane();
  70     /*
  71      * use read-only test properties file
  72      */
  73     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  74     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  75   }
  76
  77   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  78   public void tearDown()
  79   {
  80     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
  81   }
  82
  83   /**
  84    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
  85    * for colour Above PID testing
  86    */
  87   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  88   public void setUp()
  89   {
  90     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  91     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
  92             Boolean.TRUE.toString());
  93     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  94             DataSourceType.FILE);
  95
  96     /*
  97      * wait for Consensus thread to complete
  98      */
  99     do
 100     {
 101       try
 102       {
 103         Thread.sleep(50);
 104       } catch (InterruptedException x)
 105       {
 106       }
 107     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 108   }
 109
 110   public static void setUpJvOptionPane()
 111   {
 112     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 113     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 114   }
 115
 116   @Test(groups = "Functional")
 117   public void testHideFeatureColumns()
 118   {
 119     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
 120     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
 121     seq1.addSequenceFeature(
 122             new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
 123     seq2.addSequenceFeature(
 124             new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f, null));
 125     seq1.addSequenceFeature(
 126             new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4, Float.NaN, null));
 127     seq2.addSequenceFeature(
 128             new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9, Float.NaN, null));
 129     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 130     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
 131             al.getHeight());
 132
 133     /*
 134      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
 135      */
 136     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 137
 138     /*
 139      * hiding a feature not present does nothing
 140      */
 141     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
 142     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 143
 144     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 145             .getNumberOfRegions(), 0);
 146
 147     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 148     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 149
 150     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 151             .getNumberOfRegions(), 0);
 152
 153     /*
 154      * hiding a feature in all columns does nothing
 155      */
 156     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 157     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 158
 159     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 160             .getNumberOfRegions(), 0);
 161
 162     /*
 163      * threshold Metal to hide features where score < 5
 164      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 165      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 166      */
 167     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 168             0f, 10f);
 169     fc.setAboveThreshold(true);
 170     fc.setThreshold(5f);
 171     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 172     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 173     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 174             .getHiddenColumns();
 175     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 176     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 177     int[] next = regions.next();
 178     assertEquals(next[0], 5);
 179     assertEquals(next[1], 9);
 180
 181     /*
 182      * hide a feature present in some columns
 183      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 184      * [1-3], [6-8] base zero
 185      */
 186     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 187     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 188     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 189             .iterator();
 190     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 191             .getNumberOfRegions(), 2);
 192     next = regions.next();
 193     assertEquals(next[0], 1);
 194     assertEquals(next[1], 3);
 195     next = regions.next();
 196     assertEquals(next[0], 6);
 197     assertEquals(next[1], 8);
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 202    * <ul>
 203    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 204    * colours</li>
 205    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group
 206    * colours</li>
 207    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 208    * Conservation)</li>
 209    * </ul>
 210    */
 211   @Test(groups = "Functional")
 212   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 213   {
 214     AlignViewportI av = af.getViewport();
 215     AlignmentI al = av.getAlignment();
 216
 217     /*
 218      * Colour alignment by Buried Index
 219      */
 220     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 221     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 222     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 223     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 224     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 225
 226     /*
 227      * Apply Conservation 20%
 228      */
 229     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 230     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 231     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 232             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 233             { "Background" }));
 234     assertTrue(sp.isForConservation());
 235     sp.valueChanged(20);
 236     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 237     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 238
 239     /*
 240      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 241      */
 242     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 243     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 244     assertFalse(sp.isForConservation());
 245     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 246             "label.percentage_identity_threshold", new String[]
 247             { "Background" }));
 248     sp.valueChanged(10);
 249     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 250     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 251     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 252
 253     /*
 254      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 255      * and 40% PID threshold
 256      */
 257     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 258     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 259     sg.setStartRes(15);
 260     sg.setEndRes(25);
 261     av.setSelectionGroup(sg);
 262
 263     /*
 264      * apply 30% Conservation to group
 265      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 266      * is at a sequence not in the group)
 267      */
 268     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 269             null);
 270     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 271             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 272     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 273     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 274     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 275     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 276     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 277     assertTrue(sp.isForConservation());
 278     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 279             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 280             { sg.getName() }));
 281     sp.valueChanged(30);
 282     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 283     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 284
 285     /*
 286      * apply 40% PID threshold to group
 287      */
 288     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 289     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 290     assertFalse(sp.isForConservation());
 291     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 292             "label.percentage_identity_threshold", new String[]
 293             { sg.getName() }));
 294     sp.valueChanged(40);
 295     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 296     // conservation threshold is unchanged:
 297     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 298     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 299
 300     /*
 301      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 302      * should be unaffected
 303      */
 304     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 305     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 306     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 307     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 308     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 309     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 310     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 311     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 312     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 313
 314     /*
 315      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 316      * - group colour should change, but not colour thresholds
 317      */
 318     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 319     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 320     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 321     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 322     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 323     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 324     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 325     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 326     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 327     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Test residue colouring with various options
 332    * <ol>
 333    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 334    * <li>colour by Conservation applied</li>
 335    * <li>colour by Conservation removed</li>
 336    * <li>colour above PID - various values</li>
 337    * <li>colour above PID removed</li>
 338    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 339    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 340    * <li>re-add Above PID</li>
 341    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 342    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 343    * </ol>
 344    */
 345   @Test(groups = "Functional")
 346   public void testColourThresholdActions()
 347   {
 348     AlignViewportI av = af.getViewport();
 349     AlignmentI al = av.getAlignment();
 350
 351     /*
 352      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 353      */
 354     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 355     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 356     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 357     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 358     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 359
 360     /*
 361      * inspect the colour of
 362      * FER_CAPAN.9(I), column 15 (14 base 0)
 363      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 364      */
 365     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 366     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 367     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 368     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 369     assertEquals(c, i_original);
 370     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 371     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 372     assertEquals(c, s_original);
 373
 374     /*
 375      * colour by conservation with increment 10
 376      */
 377     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 378     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 379     assertTrue(sp.isForConservation());
 380     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 381     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 382     Color i_faded = new Color(255, 255, 255);
 383     assertEquals(c, i_faded);
 384     sp.valueChanged(10);
 385     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 386     assertEquals(rs.getConservationInc(), 10);
 387     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 388     i_faded = new Color(196, 186, 196);
 389     assertEquals(c, i_faded);
 390     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 391     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 392     assertEquals(c, s_faded);
 393
 394     /*
 395      * deselect By Conservation - colour should revert
 396      */
 397     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 398     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 399     assertEquals(c, s_original);
 400
 401     /*
 402      * now Above PID, threshold = 0%
 403      * should be no change
 404      */
 405     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 406     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 407     assertFalse(sp.isForConservation());
 408     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 409     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 410     assertEquals(c, i_original);
 411     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 412     assertEquals(c, s_original);
 413
 414     /*
 415      * Above PID, threshold = 1%
 416      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 417      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 418      */
 419     sp.valueChanged(1);
 420     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 421     assertEquals(c, Color.white);
 422     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 423     assertEquals(c, s_original);
 424
 425     /*
 426      * threshold 66% - no further change yet...
 427      */
 428     sp.valueChanged(66);
 429     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 430     assertEquals(c, Color.white);
 431     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 432     assertEquals(c, s_original);
 433
 434     /*
 435      * threshold 67% - now both residues are white
 436      */
 437     sp.valueChanged(67);
 438     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 439     assertEquals(c, Color.white);
 440     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 441     assertEquals(c, Color.white);
 442
 443     /*
 444      * deselect Above PID - colours should revert
 445      */
 446     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 447     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 448     assertEquals(c, i_original);
 449     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 450     assertEquals(c, s_original);
 451
 452     /*
 453      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 454      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 455      * 16.S is coloured but faded
 456      */
 457     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 458     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 459     assertFalse(sp.isForConservation());
 460     sp.valueChanged(50);
 461     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 462     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 463     assertTrue(sp.isForConservation());
 464     sp.valueChanged(10);
 465     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 466     assertEquals(c, Color.white);
 467     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 468     assertEquals(c, s_faded);
 469
 470     /*
 471      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 472      */
 473     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 474     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 475     assertEquals(c, i_faded);
 476     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 477     assertEquals(c, s_faded);
 478
 479     /*
 480      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 481      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 482      */
 483     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 484     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 485     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 486     assertEquals(c, Color.white);
 487     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 488     assertEquals(c, s_faded);
 489
 490     /*
 491      * turn off By Conservation
 492      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 493      */
 494     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 495     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 496     assertEquals(c, Color.white);
 497     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 498     assertEquals(c, s_original);
 499
 500     /*
 501      * finally turn off Above PID to leave original colours
 502      */
 503     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 504     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 505     assertEquals(c, i_original);
 506     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 507     assertEquals(c, s_original);
 508   }
 509
 510   /**
 511    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 512    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 513    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 514    * project save and reload.
 515    *
 516    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 517    */
 518   @Test(groups = "Functional")
 519   public void testNewView_colourThresholds()
 520   {
 521     AlignViewportI av = af.getViewport();
 522     AlignmentI al = av.getAlignment();
 523
 524     /*
 525      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 526      */
 527     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 528     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 529     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 530     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 531     assertFalse(sp.isForConservation());
 532     sp.valueChanged(10);
 533     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 534     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 535     assertTrue(sp.isForConservation());
 536     sp.valueChanged(20);
 537     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 538     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 539     assertTrue(rs.conservationApplied());
 540     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 541
 542     /*
 543      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 544      * and 40% PID threshold
 545      */
 546     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 547     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 548     sg.setStartRes(15);
 549     sg.setEndRes(25);
 550     av.setSelectionGroup(sg);
 551     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(0),
 552             null);
 553     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 554             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 555     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 556     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 557     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 558     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 559     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 560     assertTrue(sp.isForConservation());
 561     sp.valueChanged(30);
 562     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 563     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 564     assertFalse(sp.isForConservation());
 565     sp.valueChanged(40);
 566     rs = sg.getGroupColourScheme();
 567     assertTrue(rs.conservationApplied());
 568     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 569     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 570
 571     /*
 572      * set slider panel focus to the background alignment
 573      */
 574     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 575     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 576     assertTrue(sp.isForConservation());
 577     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 578             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 579             { "Background" }));
 580
 581     /*
 582      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 583      */
 584     af.newView_actionPerformed(null);
 585     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 586     AlignmentViewport av2 = af.getViewport();
 587     assertNotSame(av, av2);
 588     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 589     rs = av2.getResidueShading();
 590     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 591     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 592     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 593     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 594     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 595     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 596     rs = sg.getGroupColourScheme();
 597     assertTrue(rs.conservationApplied());
 598     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 599     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 600
 601     /*
 602      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 603      * and updates the new view (JAL-2385)
 604      */
 605     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 606     assertTrue(sp.isForConservation());
 607     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 608             "label.conservation_colour_increment", new String[]
 609             { "View 1" }));
 610     sp.valueChanged(22);
 611     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 616    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 617    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 618    * across all panels in a split frame.
 619    *
 620    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 621    */
 622   @Test(groups = "Functional")
 623   public void testNewView_dsRefPreserved()
 624   {
 625     AlignViewport av = af.getViewport();
 626     AlignmentI al = av.getAlignment();
 627     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 628     af.newView_actionPerformed(null);
 629     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 630             af.getViewport());
 631     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 632             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 633             "Dataset was not preserved in new view");
 634   }
 635 }