test/jalview/gui/AlignViewportTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.bin.Jalview;
  31 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.Annotation;
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  37 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  38 import jalview.datamodel.SearchResults;
  39 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  40 import jalview.datamodel.Sequence;
  41 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.io.DataSourceType;
  44 import jalview.io.FileLoader;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  46 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  47 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  48 import jalview.util.MapList;
  49 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  50
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.List;
  53
  54 import org.testng.Assert;
  55 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  56 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  57 import org.testng.annotations.Test;
  58
  59 public class AlignViewportTest
  60 {
  61
  62   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  63   public void setUpJvOptionPane()
  64   {
  65     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  66     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  67   }
  68
  69   AlignmentI al;
  70
  71   AlignViewport testee;
  72
  73   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  74   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  75   {
  76     Jalview.main(new String[] { "-nonews", "-props",
  77         "test/jalview/testProps.jvprops" });
  78
  79     /*
  80      * remove any sequence mappings left lying around by other tests
  81      */
  82     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  83             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
  84     ssm.resetAll();
  85   }
  86
  87   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  88   public void setUp()
  89   {
  90     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABC");
  91     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABC");
  92     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABC");
  93     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 };
  94     al = new Alignment(seqs);
  95     al.setDataset(null);
  96     testee = new AlignViewport(al);
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Test that a mapping is not deregistered when a second view is closed but
 101    * the first still holds a reference to the mapping
 102    */
 103   @Test(groups = { "Functional" })
 104   public void testDeregisterMapping_onCloseView()
 105   {
 106     /*
 107      * alignment with reference to mappings
 108      */
 109     AlignFrame af1 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 110             ">Seq1\nCAGT\n", DataSourceType.PASTE);
 111
 112     SequenceI s1 = af1.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 113     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 114     acf1.addMap(s1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 }, new int[] { 1, 4 },
 115             1, 1));
 116     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 117     acf2.addMap(s1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 }, new int[] { 4, 1 },
 118             1, 1));
 119
 120     List<AlignedCodonFrame> mappings = new ArrayList<>();
 121     mappings.add(acf1);
 122     mappings.add(acf2);
 123     af1.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings);
 124     af1.newView_actionPerformed(null);
 125
 126     /*
 127      * Verify that creating the alignment for the new View has registered the
 128      * mappings
 129      */
 130     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 131             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 132     List<AlignedCodonFrame> sequenceMappings = ssm.getSequenceMappings();
 133     assertEquals(2, sequenceMappings.size());
 134     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf1));
 135     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf2));
 136
 137     /*
 138      * Close the second view. Verify that mappings are not removed as the first
 139      * view still holds a reference to them.
 140      */
 141     af1.closeMenuItem_actionPerformed(false);
 142     assertEquals(2, sequenceMappings.size());
 143     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf1));
 144     assertTrue(sequenceMappings.contains(acf2));
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Test that a mapping is deregistered if no alignment holds a reference to it
 149    */
 150   @Test(groups = { "Functional" })
 151   public void testDeregisterMapping_withNoReference()
 152   {
 153     Desktop d = Desktop.instance;
 154     assertNotNull(d);
 155     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 156             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 157     ssm.resetAll();
 158
 159     AlignFrame af1 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 160             ">Seq1\nRSVQ\n", DataSourceType.PASTE);
 161     AlignFrame af2 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 162             ">Seq2\nDGEL\n", DataSourceType.PASTE);
 163     SequenceI cs1 = new Sequence("cseq1", "CCCGGGTTTAAA");
 164     SequenceI cs2 = new Sequence("cseq2", "CTTGAGTCTAGA");
 165     SequenceI s1 = af1.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 166     SequenceI s2 = af2.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 167     // need to be distinct
 168     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 169     acf1.addMap(cs1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 170             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 171     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 172     acf2.addMap(cs2, s2, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 173             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 174     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 175     acf3.addMap(cs2, cs2, new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1,
 176         12 }, 1, 1));
 177
 178     List<AlignedCodonFrame> mappings1 = new ArrayList<>();
 179     mappings1.add(acf1);
 180     af1.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings1);
 181
 182     List<AlignedCodonFrame> mappings2 = new ArrayList<>();
 183     mappings2.add(acf2);
 184     mappings2.add(acf3);
 185     af2.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings2);
 186
 187     /*
 188      * AlignFrame1 has mapping acf1, AlignFrame2 has acf2 and acf3
 189      */
 190
 191     List<AlignedCodonFrame> ssmMappings = ssm.getSequenceMappings();
 192     assertEquals(0, ssmMappings.size());
 193     ssm.registerMapping(acf1);
 194     assertEquals(1, ssmMappings.size());
 195     ssm.registerMapping(acf2);
 196     assertEquals(2, ssmMappings.size());
 197     ssm.registerMapping(acf3);
 198     assertEquals(3, ssmMappings.size());
 199
 200     /*
 201      * Closing AlignFrame2 should remove its mappings from
 202      * StructureSelectionManager, since AlignFrame1 has no reference to them
 203      */
 204     af2.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 205     assertEquals(1, ssmMappings.size());
 206     assertTrue(ssmMappings.contains(acf1));
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Test that a mapping is not deregistered if another alignment holds a
 211    * reference to it
 212    */
 213   @Test(groups = { "Functional" })
 214   public void testDeregisterMapping_withReference()
 215   {
 216     Desktop d = Desktop.instance;
 217     assertNotNull(d);
 218     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 219             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 220     ssm.resetAll();
 221
 222     AlignFrame af1 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 223             ">Seq1\nRSVQ\n", DataSourceType.PASTE);
 224     AlignFrame af2 = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 225             ">Seq2\nDGEL\n", DataSourceType.PASTE);
 226     SequenceI cs1 = new Sequence("cseq1", "CCCGGGTTTAAA");
 227     SequenceI cs2 = new Sequence("cseq2", "CTTGAGTCTAGA");
 228     SequenceI s1 = af1.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 229     SequenceI s2 = af2.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 230     // need to be distinct
 231     AlignedCodonFrame acf1 = new AlignedCodonFrame();
 232     acf1.addMap(cs1, s1, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 233             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 234     AlignedCodonFrame acf2 = new AlignedCodonFrame();
 235     acf2.addMap(cs2, s2, new MapList(new int[] { 1, 4 },
 236             new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
 237     AlignedCodonFrame acf3 = new AlignedCodonFrame();
 238     acf3.addMap(cs2, cs2, new MapList(new int[] { 1, 12 }, new int[] { 1,
 239         12 }, 1, 1));
 240
 241     List<AlignedCodonFrame> mappings1 = new ArrayList<>();
 242     mappings1.add(acf1);
 243     mappings1.add(acf2);
 244     af1.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings1);
 245
 246     List<AlignedCodonFrame> mappings2 = new ArrayList<>();
 247     mappings2.add(acf2);
 248     mappings2.add(acf3);
 249     af2.getViewport().getAlignment().setCodonFrames(mappings2);
 250
 251     /*
 252      * AlignFrame1 has mappings acf1 and acf2, AlignFrame2 has acf2 and acf3
 253      */
 254
 255     List<AlignedCodonFrame> ssmMappings = ssm.getSequenceMappings();
 256     assertEquals(0, ssmMappings.size());
 257     ssm.registerMapping(acf1);
 258     assertEquals(1, ssmMappings.size());
 259     ssm.registerMapping(acf2);
 260     assertEquals(2, ssmMappings.size());
 261     ssm.registerMapping(acf3);
 262     assertEquals(3, ssmMappings.size());
 263
 264     /*
 265      * Closing AlignFrame2 should remove mapping acf3 from
 266      * StructureSelectionManager, but not acf2, since AlignFrame1 still has a
 267      * reference to it
 268      */
 269     af2.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 270     assertEquals(2, ssmMappings.size());
 271     assertTrue(ssmMappings.contains(acf1));
 272     assertTrue(ssmMappings.contains(acf2));
 273     assertFalse(ssmMappings.contains(acf3));
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Test for JAL-1306 - conservation thread should run even when only Quality
 278    * (and not Conservation) is enabled in Preferences
 279    */
 280   @Test(groups = { "Functional" }, timeOut=2000)
 281   public void testUpdateConservation_qualityOnly()
 282   {
 283     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS",
 284             Boolean.TRUE.toString());
 285     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY",
 286             Boolean.TRUE.toString());
 287     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION",
 288             Boolean.FALSE.toString());
 289     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_OCCUPANCY",
 290             Boolean.FALSE.toString());
 291     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
 292             Boolean.FALSE.toString());
 293     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 294             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 295
 296     /*
 297      * wait for Conservation thread to complete
 298      */
 299     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 300     synchronized (this)
 301     {
 302       while (viewport.getAlignmentConservationAnnotation() != null)
 303       {
 304         try
 305         {
 306           wait(50);
 307         } catch (InterruptedException e)
 308         {
 309         }
 310       }
 311     }
 312     AlignmentAnnotation[] anns = viewport.getAlignment()
 313             .getAlignmentAnnotation();
 314     assertNotNull("No annotations found", anns);
 315     assertEquals("More than one annotation found", 1, anns.length);
 316     assertTrue("Annotation is not Quality",
 317             anns[0].description.startsWith("Alignment Quality"));
 318     Annotation[] annotations = anns[0].annotations;
 319     assertNotNull("Quality annotations are null", annotations);
 320     assertNotNull("Quality in column 1 is null", annotations[0]);
 321     assertTrue("No quality value in column 1", annotations[0].value > 10f);
 322   }
 323
 324   @Test(groups = { "Functional" })
 325   public void testSetGlobalColourScheme()
 326   {
 327     /*
 328      * test for JAL-2283: don't inadvertently turn on colour by conservation
 329      */
 330     Cache.applicationProperties.setProperty("DEFAULT_COLOUR_PROT", "None");
 331     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION",
 332             Boolean.TRUE.toString());
 333     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 334             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 335     ColourSchemeI cs = new PIDColourScheme();
 336     af.getViewport().setGlobalColourScheme(cs);
 337     assertFalse(af.getViewport().getResidueShading()
 338             .conservationApplied());
 339   }
 340
 341   @Test(groups = { "Functional" })
 342   public void testSetGetHasSearchResults()
 343   {
 344     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 345             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 346     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 347     SequenceI s1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 348
 349     // create arbitrary range on first sequence
 350     sr.addResult(s1, s1.getStart() + 10, s1.getStart() + 15);
 351
 352     // test set
 353     af.getViewport().setSearchResults(sr);
 354     // has -> true
 355     assertTrue(af.getViewport().hasSearchResults());
 356     // get == original
 357     assertEquals(sr, af.getViewport().getSearchResults());
 358
 359     // set(null) results in has -> false
 360
 361     af.getViewport().setSearchResults(null);
 362     assertFalse(af.getViewport().hasSearchResults());
 363   }
 364
 365   /**
 366    * Verify that setting the selection group has the side-effect of setting the
 367    * context on the group, unless it already has one, but does not change
 368    * whether the group is defined or not.
 369    */
 370   @Test(groups = { "Functional" })
 371   public void testSetSelectionGroup()
 372   {
 373     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 374             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 375     AlignViewport av = af.getViewport();
 376     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
 377     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup();
 378     SequenceGroup sg3 = new SequenceGroup();
 379
 380     av.setSelectionGroup(sg1);
 381     assertSame(sg1.getContext(), av.getAlignment()); // context set
 382     assertFalse(sg1.isDefined()); // group not defined
 383
 384     sg2.setContext(sg1, false);
 385     av.setSelectionGroup(sg2);
 386     assertFalse(sg2.isDefined()); // unchanged
 387     assertSame(sg2.getContext(), sg1); // unchanged
 388
 389     // create a defined group
 390     sg3.setContext(av.getAlignment(), true);
 391     av.setSelectionGroup(sg3);
 392     assertTrue(sg3.isDefined()); // unchanged
 393   }
 394   /**
 395    * Verify that setting/clearing SHOW_OCCUPANCY preference adds or omits occupancy row from viewport
 396    */
 397   @Test(groups = { "Functional" })
 398   public void testShowOrDontShowOccupancy()
 399   {
 400     // disable occupancy
 401     jalview.bin.Cache.setProperty("SHOW_OCCUPANCY", Boolean.FALSE.toString());
 402     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 403             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 404     AlignViewport av = af.getViewport();
 405     Assert.assertNull(av.getAlignmentGapAnnotation(), "Preference did not disable occupancy row.");
 406     int c = 0;
 407     for (AlignmentAnnotation aa : av.getAlignment().findAnnotations(null,
 408             null, "Occupancy"))
 409     {
 410       c++;
 411     }
 412     Assert.assertEquals(c, 0, "Expected zero occupancy rows.");
 413
 414     // enable occupancy
 415     jalview.bin.Cache.setProperty("SHOW_OCCUPANCY", Boolean.TRUE.toString());
 416     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 417             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 418     av = af.getViewport();
 419     Assert.assertNotNull(av.getAlignmentGapAnnotation(), "Preference did not enable occupancy row.");
 420     c = 0;
 421     for (AlignmentAnnotation aa : av.getAlignment().findAnnotations(null,
 422             null, av.getAlignmentGapAnnotation().label))
 423     {
 424       c++;
 425     }
 426     ;
 427     Assert.assertEquals(c, 1, "Expected to find one occupancy row.");
 428   }
 429
 430   @Test(groups = { "Functional" })
 431   public void testGetConsensusSeq()
 432   {
 433     /*
 434      * A-C
 435      * A-C
 436      * A-D
 437      * --D
 438      * consensus expected to be A-C
 439      */
 440     String fasta = ">s1\nA-C\n>s2\nA-C\n>s3\nA-D\n>s4\n--D\n";
 441     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(fasta,
 442             DataSourceType.PASTE);
 443     AlignViewport testme = af.getViewport();
 444     SequenceI cons = testme.getConsensusSeq();
 445     assertEquals("A-C", cons.getSequenceAsString());
 446   }
 447
 448   @Test(groups = { "Functional" })
 449   public void testHideRevealSequences()
 450   {
 451     ViewportRanges ranges = testee.getRanges();
 452     assertEquals(3, al.getHeight());
 453     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 454     assertEquals(2, ranges.getEndSeq());
 455
 456     /*
 457      * hide first sequence
 458      */
 459     testee.hideSequence(new SequenceI[] { al.getSequenceAt(0) });
 460     assertEquals(2, al.getHeight());
 461     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 462     assertEquals(1, ranges.getEndSeq());
 463
 464     /*
 465      * reveal hidden sequences above the first
 466      */
 467     testee.showSequence(0);
 468     assertEquals(3, al.getHeight());
 469     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 470     assertEquals(2, ranges.getEndSeq());
 471
 472     /*
 473      * hide first and third sequences
 474      */
 475     testee.hideSequence(new SequenceI[] { al.getSequenceAt(0),
 476         al.getSequenceAt(2) });
 477     assertEquals(1, al.getHeight());
 478     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 479     assertEquals(0, ranges.getEndSeq());
 480
 481     /*
 482      * reveal all hidden sequences
 483      */
 484     testee.showAllHiddenSeqs();
 485     assertEquals(3, al.getHeight());
 486     assertEquals(0, ranges.getStartSeq());
 487     assertEquals(2, ranges.getEndSeq());
 488   }
 489 }