test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class AnnotationLabelsTest
  32 {
  33   @Test(groups = "Functional")
  34   public void testGetTooltip()
  35   {
  36     assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(null));
  37
  38     /*
  39      * simple description only
  40      */
  41     AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation("thelabel", "thedesc",
  42             null);
  43     String expected = "<html>thedesc</html>";
  44     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  45
  46     /*
  47      * description needing html encoding
  48      * (no idea why '<' is encoded but '>' is not)
  49      */
  50     ann.description = "TCoffee scores < 56 and > 28";
  51     expected = "<html>TCoffee scores &lt; 56 and > 28</html>";
  52     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  53
  54     /*
  55      * description already html formatted
  56      */
  57     ann.description = "<html>hello world</html>";
  58     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), ann.description);
  59
  60     /*
  61      * simple description and score
  62      */
  63     ann.description = "hello world";
  64     ann.setScore(2.34d);
  65     expected = "<html>hello world<br/> Score: 2.34</html>";
  66     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  67
  68     /*
  69      * html description and score
  70      */
  71     ann.description = "<html>hello world</html>";
  72     ann.setScore(2.34d);
  73     expected = "<html>hello world<br/> Score: 2.34</html>";
  74     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  75
  76     /*
  77      * score, no description
  78      */
  79     ann.description = " ";
  80     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann),
  81             "<html> Score: 2.34</html>");
  82     ann.description = null;
  83     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann),
  84             "<html> Score: 2.34</html>");
  85
  86     /*
  87      * sequenceref, simple description
  88      */
  89     ann.description = "Count < 12";
  90     ann.sequenceRef = new Sequence("Seq1", "MLRIQST");
  91     ann.hasScore = false;
  92     ann.score = Double.NaN;
  93     expected = "<html>Seq1 : Count &lt; 12</html>";
  94     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
  95
  96     /*
  97      * sequenceref, html description, score
  98      */
  99     ann.description = "<html>Score < 4.8</html>";
 100     ann.sequenceRef = new Sequence("Seq1", "MLRIQST");
 101     ann.setScore(-2.1D);
 102     expected = "<html>Seq1 : Score < 4.8<br/> Score: -2.1</html>";
 103     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), expected);
 104
 105     /*
 106      * no score, null description
 107      */
 108     ann.description = null;
 109     ann.hasScore = false;
 110     ann.score = Double.NaN;
 111     assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(ann));
 112
 113     /*
 114      * no score, empty description, sequenceRef
 115      */
 116     ann.description = "";
 117     assertEquals(AnnotationLabels.getTooltip(ann), "<html>Seq1 :</html>");
 118
 119     /*
 120      * no score, empty description, no sequenceRef
 121      */
 122     ann.sequenceRef = null;
 123     assertNull(AnnotationLabels.getTooltip(ann));
 124   }
 125
 126   @Test(groups = "Functional")
 127   public void testGetStatusMessage()
 128   {
 129     assertNull(AnnotationLabels.getStatusMessage(null, null));
 130
 131     /*
 132      * simple label
 133      */
 134     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("IUPredWS Short",
 135             "Protein disorder", null);
 136     assertEquals(AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, null),
 137             "IUPredWS Short");
 138
 139     /*
 140      * with sequence ref
 141      */
 142     aa.setSequenceRef(new Sequence("FER_CAPAA", "MIGRKQL"));
 143     assertEquals(AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, null),
 144             "FER_CAPAA : IUPredWS Short");
 145
 146     /*
 147      * with graph group (degenerate, one annotation only)
 148      */
 149     aa.graphGroup = 1;
 150     AlignmentAnnotation aa2 = new AlignmentAnnotation("IUPredWS Long",
 151             "Protein disorder", null);
 152     assertEquals(
 153             AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
 154             { aa, aa2 }), "FER_CAPAA : IUPredWS Short");
 155
 156     /*
 157      * graph group with two members; note labels are appended in
 158      * reverse order (matching rendering order on screen)
 159      */
 160     aa2.graphGroup = 1;
 161     assertEquals(
 162             AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
 163             { aa, aa2 }), "FER_CAPAA : IUPredWS Long, IUPredWS Short");
 164
 165     /*
 166      * graph group with no sequence ref
 167      */
 168     aa.sequenceRef = null;
 169     assertEquals(
 170             AnnotationLabels.getStatusMessage(aa, new AlignmentAnnotation[]
 171             { aa, aa2 }), "IUPredWS Long, IUPredWS Short");
 172   }
 173 }