test/jalview/gui/AnnotationLabelsTest2.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  26
  27 import java.io.File;
  28
  29 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  32 import org.testng.annotations.DataProvider;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 import jalview.bin.Cache;
  36 import jalview.bin.Jalview;
  37 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  43
  44 public class AnnotationLabelsTest2
  45 {
  46   private static double scaling;
  47
  48   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  49   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  50   {
  51     if (Desktop.instance != null)
  52       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  53
  54     setUpJvOptionPane();
  55     /*
  56      * use read-only test properties file
  57      */
  58     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  59     Jalview.main(new String[] { "--nonews", "--nosplash", });
  60
  61     scaling = JvSwingUtilsTest.getScaling(Desktop.instance);
  62   }
  63
  64   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  65   public void tearDown()
  66   {
  67     if (Desktop.instance != null)
  68       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  69   }
  70
  71   /**
  72    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
  73    * for colour Above PID testing
  74    */
  75   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  76   public void setUp()
  77   {
  78     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  79     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  80             Boolean.TRUE.toString());
  81
  82   }
  83
  84   public static void setUpJvOptionPane()
  85   {
  86     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  87     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  88   }
  89
  90   @Test(
  91     groups =
  92     { "Functional", "testTask1" },
  93     dataProvider = "openFilesWithIdWidthChanges")
  94   public void testIdWidthChanges(String alignmentFilename, boolean wrap,
  95           int idWidth1min, int idWidth1max, int manualWidth,
  96           String structureFilename, String paeFilename,
  97           boolean secondaryStructureView, TFType temperatureFactorType,
  98           ViewerType viewerType, int idWidth2min, int idWidth2max)
  99   {
 100     AlignFrame af = new FileLoader()
 101             .LoadFileWaitTillLoaded(alignmentFilename, DataSourceType.FILE);
 102
 103     try
 104     {
 105       Thread.sleep(200); // to allow alignment annotations to open
 106     } catch (InterruptedException e)
 107     {
 108       // TODO Auto-generated catch block
 109       e.printStackTrace();
 110     }
 111     AlignViewport av = af.getCurrentView();
 112
 113     int idWidth = 0;
 114
 115     idWidth = av.getIdWidth();
 116     assertTrue(idWidth > idWidth1min,
 117             "idWidth (" + idWidth + ") is not greater than " + idWidth1min);
 118     assertTrue(idWidth < idWidth1max,
 119             "idWidth (" + idWidth + ") is not narrower than" + idWidth1max);
 120
 121     // set wrap
 122     if (wrap)
 123     {
 124       af.setWrapFormat(true, false);
 125       idWidth = av.getIdWidth();
 126       assertTrue(idWidth > idWidth1min, "After wrap idWidth (" + idWidth
 127               + ") is not greater than " + idWidth1min);
 128       assertTrue(idWidth < idWidth1max, "After wrap idWidth (" + idWidth
 129               + ") is not narrower than" + idWidth1max);
 130     }
 131
 132     AlignmentI al = av.getAlignment();
 133     SequenceI s = al.getSequenceAt(0);
 134     AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 135
 136     File structureFile = new File(structureFilename);
 137     File paeFile = new File(paeFilename);
 138
 139     StructureViewer sv = StructureChooser.openStructureFileForSequence(null,
 140             null, ap, s, false, structureFile.getAbsolutePath(),
 141             temperatureFactorType, paeFile.getAbsolutePath(), true,
 142             secondaryStructureView, false, viewerType);
 143     // give time for annotations to open
 144     try
 145     {
 146       Thread.sleep(200); // to allow alignment annotations to open
 147     } catch (InterruptedException e)
 148     {
 149       // TODO Auto-generated catch block
 150       e.printStackTrace();
 151     }
 152
 153     // idWidth = ap.getIdPanel().getWidth();
 154     idWidth = av.getIdWidth();
 155     assertTrue(idWidth >= idWidth2min,
 156             "idWidth (" + idWidth + ") is not greater than " + idWidth2min);
 157     assertTrue(idWidth <= idWidth2max,
 158             "idWidth (" + idWidth + ") is not narrower than" + idWidth2max);
 159   }
 160
 161   @Test(
 162     groups =
 163     { "Functional", "testTask1" },
 164     dataProvider = "openFilesWithIdWidthChanges")
 165   public void testIdWidthNoChanges(String alignmentFilename, boolean wrap,
 166           int idWidth1min, int idWidth1max, int manualWidth,
 167           String structureFilename, String paeFilename,
 168           boolean secondaryStructureView, TFType temperatureFactorType,
 169           ViewerType viewerType, int idWidth2min, int idWidth2max)
 170   {
 171     AlignFrame af = new FileLoader()
 172             .LoadFileWaitTillLoaded(alignmentFilename, DataSourceType.FILE);
 173     try
 174     {
 175       Thread.sleep(200); // to allow alignment annotations to open
 176     } catch (InterruptedException e)
 177     {
 178       // TODO Auto-generated catch block
 179       e.printStackTrace();
 180     }
 181     AlignViewport av = af.getCurrentView();
 182
 183     int idWidth = 0;
 184     idWidth = av.getIdWidth();
 185     assertTrue(idWidth > idWidth1min,
 186             "idWidth (" + idWidth + ") is not greater than " + idWidth1min);
 187     assertTrue(idWidth < idWidth1max,
 188             "idWidth (" + idWidth + ") is not narrower than" + idWidth1max);
 189
 190     AlignmentI al = av.getAlignment();
 191     SequenceI s = al.getSequenceAt(0);
 192     AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 193
 194     // set width manually
 195     av.setIdWidth(manualWidth);
 196     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 197     ap.paintAlignment(true, false);
 198     ap.getIdPanel().getIdCanvas().setManuallyAdjusted(true);
 199
 200     idWidth = av.getIdWidth();
 201     assertEquals(idWidth, manualWidth,
 202             "idWidth is not set to the manually set width " + manualWidth);
 203
 204     File structureFile = new File(structureFilename);
 205     File paeFile = new File(paeFilename);
 206
 207     StructureViewer sv = StructureChooser.openStructureFileForSequence(null,
 208             null, ap, s, false, structureFile.getAbsolutePath(),
 209             temperatureFactorType, paeFile.getAbsolutePath(), false,
 210             secondaryStructureView, false, viewerType);
 211
 212     idWidth = ap.getIdPanel().getWidth();// av.getIdWidth();
 213     idWidth = av.getIdWidth();
 214     assertEquals(idWidth, manualWidth,
 215             "idWidth is not set to the manually set width " + manualWidth
 216                     + " after adding structure annotations");
 217     assertFalse(idWidth > idWidth2min,
 218             "idWidth (" + idWidth + ") is greater than " + idWidth2min);
 219   }
 220
 221   @DataProvider(name = "openFilesWithIdWidthChanges")
 222   public Object[][] openFilesWithIdWidthChanges()
 223   {
 224     /*
 225       String alignmentFilename,
 226       boolean wrap,
 227       int idWidth1min,
 228       int idWidth1max,
 229       int manualWidth, // ignored by testIdWidthChanges()
 230       String structureFilename,
 231       String paeFilename,
 232       boolean secondaryStructureView,
 233       TFType temperatureFactorType,
 234       ViewerType viewerType,
 235       int idWidth2min,
 236       int idWidth2max,
 237      */
 238     int idWidth2min = scaling == 1.0 ? 114 : 108;
 239     int idWidth2max = scaling == 1.0 ? 114 : 114; // was 130
 240
 241     return new Object[][] {
 242         //
 243         /*
 244          */
 245         { "./test/files/annotation_label_width/sample.a2m", false, 50, 70,
 246             100,
 247             "./examples/test_fab41.result/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb",
 248             "./examples/test_fab41.result/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json",
 249             true, TFType.PLDDT, null, idWidth2min, idWidth2max },
 250         { "./test/files/annotation_label_width/sample.a2m", true, 50, 70,
 251             100,
 252             "./examples/test_fab41.result/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb",
 253             "./examples/test_fab41.result/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json",
 254             true, TFType.PLDDT, null, idWidth2min, idWidth2max },
 255         /*
 256          */
 257     };
 258   }
 259
 260 }