JAL-2505 removed SequenceFeature constructor JAL-1641 include
[jalview.git] / test / jalview / gui / AppVarnaTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
26
27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
28 import org.testng.annotations.Test;
29
30 public class AppVarnaTest
31 {
32
33   @BeforeClass(alwaysRun = true)
34   public void setUpJvOptionPane()
35   {
36     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
37     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
38   }
39
40   @Test(groups = "Functional")
41   public void testReplaceOddGaps()
42   {
43     String struct = "{(<]}>)";
44     String replaced = AppVarna.replaceOddGaps(struct);
45     assertEquals(struct, replaced);
46     assertSame(struct, replaced);
47     assertEquals("..{.([.<.].}.>)",
48             AppVarna.replaceOddGaps("..{ ([*<-]?} >)"));
49     assertEquals("....", AppVarna.replaceOddGaps("cgta"));
50     assertEquals("", AppVarna.replaceOddGaps(""));
51     assertNull(AppVarna.replaceOddGaps(null));
52   }
53 }