test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertSame;
  25
  26 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  27 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class CalculationChooserTest
  36 {
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUp()
  39   {
  40     // read-only Jalview properties
  41     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  42     Cache.applicationProperties.setProperty("BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE",
  43             Boolean.FALSE.toString());
  44   }
  45
  46   @Test(groups = "Functional")
  47   public void testGetApplicableScoreModels()
  48   {
  49     ScoreModels models = ScoreModels.getInstance();
  50     ScoreModelI blosum62 = models.getBlosum62();
  51     ScoreModelI pam250 = models.getPam250();
  52     ScoreModelI dna = models.getDefaultModel(false);
  53
  54     /*
  55      * peptide models for PCA
  56      */
  57     List<ScoreModelI> filtered = CalculationChooser
  58             .getApplicableScoreModels(false, true, true);
  59     assertEquals(filtered.size(), 5);
  60     assertSame(filtered.get(0), blosum62);
  61     assertSame(filtered.get(1), pam250);
  62     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "PID");
  63     assertEquals(filtered.get(3).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  64     assertEquals(filtered.get(4).getName(), "Secondary Structure Similarity");
  65
  66     /*
  67      * peptide models for Tree are the same
  68      */
  69     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(false, false, true);
  70     assertEquals(filtered.size(), 5);
  71     assertSame(filtered.get(0), blosum62);
  72     assertSame(filtered.get(1), pam250);
  73     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "PID");
  74     assertEquals(filtered.get(3).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  75     assertEquals(filtered.get(4).getName(), "Secondary Structure Similarity");
  76
  77     /*
  78      * nucleotide models for PCA
  79      */
  80     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, true, false);
  81     assertEquals(filtered.size(), 3);
  82     assertSame(filtered.get(0), dna);
  83     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  84     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  85
  86     /*
  87      * nucleotide models for Tree are the same
  88      */
  89     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, false, false);
  90     assertEquals(filtered.size(), 3);
  91     assertSame(filtered.get(0), dna);
  92     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  93     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  94
  95     /*
  96      * enable inclusion of BLOSUM62 for nucleotide PCA (JAL-2962)
  97      */
  98     Cache.applicationProperties.setProperty("BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE",
  99             Boolean.TRUE.toString());
 100
 101     /*
 102      * nucleotide models for Tree are unchanged
 103      */
 104     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, false, true);
 105     assertEquals(filtered.size(), 4);
 106     assertSame(filtered.get(0), dna);
 107     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
 108     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
 109
 110     /*
 111      * nucleotide models for PCA add BLOSUM62 as last option
 112      */
 113     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, true, false);
 114     assertEquals(filtered.size(), 4);
 115     assertSame(filtered.get(0), dna);
 116     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
 117     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
 118     assertSame(filtered.get(3), blosum62);
 119   }
 120 }