test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  24 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.Annotation;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileFormat;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  45 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.UrlConstants;
  48
  49 import java.awt.Component;
  50 import java.io.IOException;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.Collections;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55
  56 import javax.swing.JMenu;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JPopupMenu;
  59 import javax.swing.JSeparator;
  60
  61 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  62 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  63 import org.testng.annotations.Test;
  64
  65 public class PopupMenuTest
  66 {
  67
  68   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  69   public void setUpJvOptionPane()
  70   {
  71     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  72     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  73   }
  74
  75   // 4 sequences x 13 positions
  76   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  77           + "TIETHKEAELVG-\n"
  78           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  79           + "TIETHKEAELVG-\n"
  80           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  81           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  82           + "TIETHKEEELTA-\n";
  83
  84   AlignmentI alignment;
  85
  86   AlignmentPanel parentPanel;
  87
  88   PopupMenu testee = null;
  89
  90   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  91   public void setUp() throws IOException
  92   {
  93     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  94     String inMenuString = ("EMBL-EBI Search | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$"
  95             + SEQUENCE_ID
  96             + "$"
  97             + "|"
  98             + "UNIPROT | http://www.uniprot.org/uniprot/$" + DB_ACCESSION + "$")
  99             + "|"
 100             + ("INTERPRO | http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/$"
 101                     + DB_ACCESSION + "$")
 102             + "|"
 103             +
 104             // Gene3D entry tests for case (in)sensitivity
 105             ("Gene3D | http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/search?sterm=$"
 106                     + DB_ACCESSION + "$&mode=protein");
 107
 108     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(
 109             UrlConstants.DEFAULT_LABEL, inMenuString, "");
 110     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 111
 112     alignment = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
 113             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 114     AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, 700, 500);
 115     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
 116     testee = new PopupMenu(parentPanel, null, null);
 117     int i = 0;
 118     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 119     {
 120       final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 121               "label" + i, "desc" + i, i);
 122       annotation.setCalcId("calcId" + i);
 123       seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 124       annotation.setSequenceRef(seq);
 125     }
 126   }
 127
 128   @Test(groups = { "Functional" })
 129   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noSequenceSelected()
 130   {
 131     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 132     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 133     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 134     assertFalse(menu.isEnabled());
 135     // now try null list
 136     menu.setEnabled(true);
 137     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, null);
 138     assertFalse(menu.isEnabled());
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 143    * are no reference annotations to add to the alignment. The menu item should
 144    * be disabled.
 145    */
 146   @Test(groups = { "Functional" })
 147   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noReferenceAnnotations()
 148   {
 149     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 150
 151     /*
 152      * Initial state is that sequences have annotations, and have dataset
 153      * sequences, but the dataset sequences have no annotations. Hence nothing
 154      * to add.
 155      */
 156     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 157
 158     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 159     assertFalse(menu.isEnabled());
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where all
 164    * reference annotations are already on the alignment. The menu item should be
 165    * disabled.
 166    */
 167   @Test(groups = { "Functional" })
 168   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_alreadyAdded()
 169   {
 170     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 171     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 172
 173     // make up new annotations and add to dataset sequences, sequences and
 174     // alignment
 175     attachReferenceAnnotations(seqs, true, true);
 176
 177     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 178     assertFalse(menu.isEnabled());
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 183    * several reference annotations are on the dataset but not on the sequences.
 184    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 185    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 186    */
 187   @Test(groups = { "Functional" })
 188   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu()
 189   {
 190     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 191     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 192
 193     // make up new annotations and add to dataset sequences
 194     attachReferenceAnnotations(seqs, false, false);
 195
 196     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 197     assertTrue(menu.isEnabled());
 198     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 199     // String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify;
 200     // word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 201     // + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 202     String expected = JvSwingUtils.HTML_PREFIX + s
 203             + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</div></html>";
 204     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 205   }
 206
 207   /**
 208    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 209    * several reference annotations are on the dataset and the sequences but not
 210    * on the alignment. The menu item should be enabled, and acquire a tooltip
 211    * which lists the annotation sources (calcIds) and type (labels).
 212    */
 213   @Test(groups = { "Functional" })
 214   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_notOnAlignment()
 215   {
 216     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 217     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 218
 219     // make up new annotations and add to dataset sequences and sequences
 220     attachReferenceAnnotations(seqs, true, false);
 221
 222     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 223     assertTrue(menu.isEnabled());
 224     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 225     // String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify;
 226     // word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 227     // + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 228     String expected = JvSwingUtils.HTML_PREFIX
 229             + "Add annotations for<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</div></html>";
 230     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 231   }
 232
 233   /**
 234    * Generate annotations and add to dataset sequences and (optionally)
 235    * sequences and/or alignment
 236    *
 237    * @param seqs
 238    * @param addToSequence
 239    * @param addToAlignment
 240    */
 241   private void attachReferenceAnnotations(List<SequenceI> seqs,
 242           boolean addToSequence, boolean addToAlignment)
 243   {
 244     // PDB.secondary structure on Sequence0
 245     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 246             "secondary structure", "", 0);
 247     annotation.setCalcId("PDB");
 248     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 249     if (addToSequence)
 250     {
 251       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 252     }
 253     if (addToAlignment)
 254     {
 255       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 256     }
 257
 258     // PDB.Temp on Sequence1
 259     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", 0);
 260     annotation.setCalcId("PDB");
 261     seqs.get(1).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 262     if (addToSequence)
 263     {
 264       seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 265     }
 266     if (addToAlignment)
 267     {
 268       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 269     }
 270
 271     // JMOL.secondary structure on Sequence0
 272     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "", 0);
 273     annotation.setCalcId("Jmol");
 274     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 275     if (addToSequence)
 276     {
 277       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 278     }
 279     if (addToAlignment)
 280     {
 281       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 282     }
 283   }
 284
 285   /**
 286    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 287    * are two alignment views:
 288    * <ul>
 289    * <li>in one view, reference annotations have been added (are on the
 290    * datasets, sequences and alignment)</li>
 291    * <li>in the current view, reference annotations are on the dataset and
 292    * sequence, but not the alignment</li>
 293    * </ul>
 294    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 295    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 296    */
 297   @Test(groups = { "Functional" })
 298   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_twoViews()
 299   {
 300   }
 301
 302   /**
 303    * Test for building menu options including 'show' and 'hide' annotation
 304    * types.
 305    */
 306   @Test(groups = { "Functional" })
 307   public void testBuildAnnotationTypesMenus()
 308   {
 309     JMenu showMenu = new JMenu();
 310     JMenu hideMenu = new JMenu();
 311     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 312
 313     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 314
 315     // PDB.secondary structure on Sequence0
 316     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 317             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 318     annotation.setCalcId("PDB");
 319     annotation.visible = true;
 320     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 321     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 322
 323     // JMOL.secondary structure on Sequence0 - hidden
 324     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "",
 325             new Annotation[] {});
 326     annotation.setCalcId("JMOL");
 327     annotation.visible = false;
 328     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 329     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 330
 331     // Jpred.SSP on Sequence0 - hidden
 332     annotation = new AlignmentAnnotation("SSP", "", new Annotation[] {});
 333     annotation.setCalcId("JPred");
 334     annotation.visible = false;
 335     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 336     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 337
 338     // PDB.Temp on Sequence1
 339     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 340     annotation.setCalcId("PDB");
 341     annotation.visible = true;
 342     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 343     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 344
 345     /*
 346      * Expect menu options to show "secondary structure" and "SSP", and to hide
 347      * "secondary structure" and "Temp". Tooltip should be calcId.
 348      */
 349     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 350
 351     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 352     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 353
 354     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 355     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 356
 357     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 358     assertEquals(4, hideOptions.length);
 359     String all = MessageManager.getString("label.all");
 360     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 361     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 362     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 363             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 364     assertEquals("secondary structure",
 365             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 366     assertEquals("JMOL", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 367     assertEquals("SSP", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 368     assertEquals("JPred", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 369
 370     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 371     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 372     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 373             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 374     assertEquals("secondary structure",
 375             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 376     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 377     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 378     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Test for building menu options with only 'hide' annotation types enabled.
 383    */
 384   @Test(groups = { "Functional" })
 385   public void testBuildAnnotationTypesMenus_showDisabled()
 386   {
 387     JMenu showMenu = new JMenu();
 388     JMenu hideMenu = new JMenu();
 389     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 390
 391     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 392
 393     // PDB.secondary structure on Sequence0
 394     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 395             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 396     annotation.setCalcId("PDB");
 397     annotation.visible = true;
 398     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 399     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 400
 401     // PDB.Temp on Sequence1
 402     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 403     annotation.setCalcId("PDB");
 404     annotation.visible = true;
 405     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 406     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 407
 408     /*
 409      * Expect menu options to hide "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 410      * should be calcId. 'Show' menu should be disabled.
 411      */
 412     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 413
 414     assertFalse(showMenu.isEnabled());
 415     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 416
 417     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 418     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 419
 420     assertEquals(2, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 421     assertEquals(4, hideOptions.length);
 422     String all = MessageManager.getString("label.all");
 423     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 424     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 425     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 426             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 427
 428     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 429     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 430     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 431             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 432     assertEquals("secondary structure",
 433             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 434     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 435     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 436     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Test for building menu options with only 'show' annotation types enabled.
 441    */
 442   @Test(groups = { "Functional" })
 443   public void testBuildAnnotationTypesMenus_hideDisabled()
 444   {
 445     JMenu showMenu = new JMenu();
 446     JMenu hideMenu = new JMenu();
 447     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 448
 449     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 450
 451     // PDB.secondary structure on Sequence0
 452     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 453             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 454     annotation.setCalcId("PDB");
 455     annotation.visible = false;
 456     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 457     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 458
 459     // PDB.Temp on Sequence1
 460     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 461     annotation.setCalcId("PDB2");
 462     annotation.visible = false;
 463     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 464     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 465
 466     /*
 467      * Expect menu options to show "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 468      * should be calcId. 'hide' menu should be disabled.
 469      */
 470     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 471
 472     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 473     assertFalse(hideMenu.isEnabled());
 474
 475     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 476     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 477
 478     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 479     assertEquals(2, hideOptions.length);
 480     String all = MessageManager.getString("label.all");
 481     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 482     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 483     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 484             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 485     assertEquals("secondary structure",
 486             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 487     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 488     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 489     assertEquals("PDB2", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 490
 491     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 492     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 493     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 494             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 495   }
 496
 497   /**
 498    * Test for adding sequence id, dbref and feature links
 499    */
 500   @Test(groups = { "Functional" })
 501   public void testBuildLinkMenu()
 502   {
 503     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 504     final SequenceI seq0 = seqs.get(0);
 505     final SequenceI seq1 = seqs.get(1);
 506     final List<SequenceFeature> noFeatures = Collections
 507             .<SequenceFeature> emptyList();
 508     final String linkText = MessageManager.getString("action.link");
 509
 510     seq0.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "P83527"));
 511     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR001041"));
 512     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR012675"));
 513     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR006058"));
 514     seq1.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "Q9ZTS2"));
 515     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("GENE3D", "1", "3.10.20.30"));
 516
 517     /*
 518      * check the Link Menu for the first sequence
 519      */
 520     JMenu linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq0, noFeatures);
 521     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 522     Component[] linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 523
 524     /*
 525      * menu items are ordered: SEQUENCE_ID search first, then dbrefs in order
 526      * of database name (and within that by order of dbref addition)
 527      */
 528     assertEquals(5, linkItems.length);
 529     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 530     assertEquals("INTERPRO|IPR001041",
 531             ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 532     assertEquals("INTERPRO|IPR012675",
 533             ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 534     assertEquals("INTERPRO|IPR006058",
 535             ((JMenuItem) linkItems[3]).getText());
 536     assertEquals("UNIPROT|P83527", ((JMenuItem) linkItems[4]).getText());
 537
 538     /*
 539      * check the Link Menu for the second sequence
 540      * note dbref GENE3D is matched to link Gene3D, the latter is displayed
 541      */
 542     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 543     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 544     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 545     assertEquals(3, linkItems.length);
 546     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 547     assertEquals("Gene3D|3.10.20.30", ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 548     assertEquals("UNIPROT|Q9ZTS2", ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 549
 550     /*
 551      * if there are no valid links the Links submenu is still shown, but
 552      * reduced to the EMBL-EBI lookup only (inserted by
 553      * CustomUrlProvider.choosePrimaryUrl())
 554      */
 555     String unmatched = "NOMATCH|http://www.uniprot.org/uniprot/$"
 556             + DB_ACCESSION + "$";
 557     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(null,
 558             unmatched, "");
 559     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 560
 561     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 562     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 563     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 564     assertEquals(1, linkItems.length);
 565     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 566   }
 567
 568   @Test(groups = { "Functional" })
 569   public void testHideInsertions()
 570   {
 571     // get sequences from the alignment
 572     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 573
 574     // add our own seqs to avoid problems with changes to existing sequences
 575     // (gap at end of sequences varies depending on how tests are run!)
 576     Sequence seqGap1 = new Sequence("GappySeq",
 577             "AAAA----AA-AAAAAAA---AAA-----------AAAAAAAAAA--");
 578     seqGap1.createDatasetSequence();
 579     seqs.add(seqGap1);
 580     Sequence seqGap2 = new Sequence("LessGappySeq",
 581             "AAAAAA-AAAAA---AAA--AAAAA--AAAAAAA-AAAAAA");
 582     seqGap2.createDatasetSequence();
 583     seqs.add(seqGap2);
 584     Sequence seqGap3 = new Sequence("AnotherGapSeq",
 585             "AAAAAA-AAAAAA--AAAAAA-AAAAAAAAAAA---AAAAAAAA");
 586     seqGap3.createDatasetSequence();
 587     seqs.add(seqGap3);
 588     Sequence seqGap4 = new Sequence("NoGaps",
 589             "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA");
 590     seqGap4.createDatasetSequence();
 591     seqs.add(seqGap4);
 592
 593     ColumnSelection sel = new ColumnSelection();
 594     parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns()
 595             .revealAllHiddenColumns(sel);
 596
 597     // get the Popup Menu for 7th sequence - no insertions
 598     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(7), null);
 599     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 600
 601     HiddenColumns hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 602     Iterator<int[]> it = hidden.iterator();
 603     assertFalse(it.hasNext());
 604
 605     // get the Popup Menu for GappySeq - this time we have insertions
 606     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(4), null);
 607     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 608     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 609     it = hidden.iterator();
 610
 611     assertTrue(it.hasNext());
 612     int[] region = it.next();
 613     assertEquals(region[0], 4);
 614     assertEquals(region[1], 7);
 615
 616     assertTrue(it.hasNext());
 617     region = it.next();
 618     assertEquals(region[0], 10);
 619     assertEquals(region[1], 10);
 620
 621     assertTrue(it.hasNext());
 622     region = it.next();
 623     assertEquals(region[0], 18);
 624     assertEquals(region[1], 20);
 625
 626     assertTrue(it.hasNext());
 627     region = it.next();
 628     assertEquals(region[0], 24);
 629     assertEquals(region[1], 34);
 630
 631     assertTrue(it.hasNext());
 632     region = it.next();
 633     assertEquals(region[0], 45);
 634     assertEquals(region[1], 46);
 635
 636     assertFalse(it.hasNext());
 637
 638     sel = new ColumnSelection();
 639     hidden.revealAllHiddenColumns(sel);
 640
 641     // make a sequence group and hide insertions within the group
 642     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 643     sg.setStartRes(8);
 644     sg.setEndRes(42);
 645     sg.addSequence(seqGap2, false);
 646     sg.addSequence(seqGap3, false);
 647     parentPanel.av.setSelectionGroup(sg);
 648
 649     // hide columns outside and within selection
 650     // only hidden columns outside the collection will be retained (unless also
 651     // gaps in the selection)
 652     hidden.hideColumns(1, 10);
 653     hidden.hideColumns(31, 40);
 654
 655     // get the Popup Menu for LessGappySeq in the sequence group
 656     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(5), null);
 657     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 658     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 659     it = hidden.iterator();
 660
 661     assertTrue(it.hasNext());
 662     region = it.next();
 663     assertEquals(region[0], 1);
 664     assertEquals(region[1], 7);
 665
 666     assertTrue(it.hasNext());
 667     region = it.next();
 668     assertEquals(region[0], 13);
 669     assertEquals(region[1], 14);
 670
 671     assertTrue(it.hasNext());
 672     region = it.next();
 673     assertEquals(region[0], 34);
 674     assertEquals(region[1], 34);
 675   }
 676
 677 }