test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertFalse;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.List;
  15
  16 import javax.swing.JMenuItem;
  17
  18 import org.junit.Before;
  19 import org.junit.Test;
  20
  21 public class PopupMenuTest
  22 {
  23   // 4 sequences x 13 positions
  24   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  25           + "TIETHKEAELVG-\n"
  26           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  27           + "TIETHKEAELVG-\n"
  28           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  29           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  30           + "TIETHKEEELTA-\n";
  31
  32   AlignmentI alignment;
  33
  34   AlignmentPanel parentPanel;
  35
  36   PopupMenu testee = null;
  37
  38   @Before
  39   public void setUp() throws IOException
  40   {
  41     alignment = new jalview.io.FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
  42             AppletFormatAdapter.PASTE, "FASTA");
  43     AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, 700, 500);
  44     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
  45     testee = new PopupMenu(parentPanel, null, null);
  46     int i = 0;
  47     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
  48     {
  49       final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation("label" + i,
  50               "desc" + i, i);
  51       annotation.setCalcId("calcId" + i);
  52       seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
  53       annotation.setSequenceRef(seq);
  54     }
  55   }
  56
  57   @Test
  58   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noSequenceSelected()
  59   {
  60     JMenuItem menu = new JMenuItem();
  61     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
  62     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
  63     assertFalse(menu.isEnabled());
  64     assertEquals(
  65             MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"),
  66             menu.getText());
  67     // now try null list
  68     menu.setEnabled(true);
  69     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
  70     assertFalse(menu.isEnabled());
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
  75    * are no reference annotations to add to the alignment. The menu item should
  76    * be disabled.
  77    */
  78   @Test
  79   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noReferenceAnnotations()
  80   {
  81     JMenuItem menu = new JMenuItem();
  82     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
  83
  84     /*
  85      * Initial state is that sequences have annotations, and have dataset
  86      * sequences, but the dataset sequences have no annotations. Hence nothing
  87      * to add.
  88      */
  89     seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
  90
  91     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
  92     assertFalse(menu.isEnabled());
  93   }
  94
  95   /**
  96    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where all
  97    * reference annotations are already on the alignment. The menu item should be
  98    * disabled.
  99    */
 100   @Test
 101   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_alreadyAdded()
 102   {
 103     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 104     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 105
 106     seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 107     // copy annotation from sequence to dataset
 108     seqs.get(1).getDatasetSequence()
 109             .addAlignmentAnnotation(seqs.get(1).getAnnotation()[0]);
 110     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 111     assertFalse(menu.isEnabled());
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 116    * several reference annotations are on the dataset but not on the sequences.
 117    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 118    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 119    */
 120   @Test
 121   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu()
 122   {
 123     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 124     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 125
 126     seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 127     // make up new annotations and add to dataset sequences
 128
 129     // PDB.secondary structure on Sequence0
 130     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 131             "secondary structure", "", 0);
 132     annotation.setCalcId("PBD");
 133     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 134
 135     // PDB.Temp on Sequence1
 136     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", 0);
 137     annotation.setCalcId("PBD");
 138     seqs.get(1).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 139
 140     // JMOL.secondary structure on Sequence0
 141     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "", 0);
 142     annotation.setCalcId("JMOL");
 143     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 144
 145     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 146     assertTrue(menu.isEnabled());
 147     String expected = "<html><table width=350 border=0><tr><td>Add annotations for<br/>JMOL/secondary structure<br/>PBD/Temp</td></tr></table></html>";
 148     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 149   }
 150 }