test/jalview/gui/ScalePanelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  37
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39
  40 import javax.swing.JMenuItem;
  41 import javax.swing.JPopupMenu;
  42
  43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  44 import org.testng.annotations.Test;
  45
  46 public class ScalePanelTest
  47 {
  48   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  49   public void setUpJvOptionPane()
  50   {
  51     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  52     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  53   }
  54
  55   @Test(groups = "Functional")
  56   public void testPreventNegativeStartColumn()
  57   {
  58     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "MATRESS");
  59     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "MADNESS");
  60     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  61
  62     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  63             al.getHeight());
  64     ScalePanel scalePanel = alignFrame.alignPanel.getScalePanel();
  65
  66     MouseEvent mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, 4, 0, 1, false);
  67     scalePanel.mousePressed(mouse);
  68     scalePanel.mouseDragged(mouse);
  69
  70     // simulate dragging selection leftwards beyond the sequences giving
  71     // negative X
  72     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, -30, 0, 1, false);
  73
  74     scalePanel.mouseReleased(mouse);
  75
  76     SequenceGroup sg = scalePanel.av.getSelectionGroup();
  77     int startCol = sg.getStartRes();
  78
  79     assertTrue(startCol >= 0);
  80   }
  81
  82   /**
  83    * Test for JAL-3212
  84    */
  85   @Test(groups = "Functional")
  86   public void testSelectColumns_withHidden()
  87   {
  88     String seq1 = ">Seq1\nANTOFAGASTAVALPARAISOMONTEVIDEOANTANANARIVO";
  89     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seq1,
  90             DataSourceType.PASTE);
  91     ScalePanel scalePanel = alignFrame.alignPanel.getScalePanel();
  92
  93     /*
  94      * hide columns 1-20 (of 43); then 'drag' to select columns 30-31;
  95      * 31 is 51 in absolute columns but bug JAL-3212 reduces it to
  96      * endRes which is 22
  97      */
  98     AlignViewport viewport = alignFrame.getViewport();
  99     ViewportRanges ranges = viewport.getRanges();
 100     assertEquals(ranges.getStartRes(), 0);
 101     assertEquals(ranges.getEndRes(), 42);
 102     viewport.hideColumns(0, 19);
 103     alignFrame.alignPanel.updateLayout();
 104     assertEquals(ranges.getStartRes(), 0);
 105     assertEquals(ranges.getEndRes(), 22);
 106
 107     int cw = viewport.getCharWidth();
 108     int xPos = 9 * cw + 2;
 109     MouseEvent mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1,
 110             false);
 111     scalePanel.mousePressed(mouse);
 112     scalePanel.mouseDragged(mouse);
 113     xPos += cw;
 114     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 115     scalePanel.mouseReleased(mouse);
 116
 117     SequenceGroup sg = scalePanel.av.getSelectionGroup();
 118     assertEquals(sg.getStartRes(), 29);
 119     assertEquals(sg.getEndRes(), 30);
 120   }
 121
 122   @Test(groups = "Functional")
 123   public void testBuildPopupMenu()
 124   {
 125     final String hide = MessageManager.getString("label.hide_columns");
 126     final String reveal = MessageManager.getString("label.reveal");
 127     final String revealAll = MessageManager.getString("action.reveal_all");
 128
 129     String seq1 = ">Seq1\nANTOFAGASTA";
 130     AlignFrame alignFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seq1,
 131             DataSourceType.PASTE);
 132     ScalePanel scalePanel = alignFrame.alignPanel.getScalePanel();
 133     AlignViewport viewport = alignFrame.getViewport();
 134     int cw = viewport.getCharWidth();
 135
 136     /*
 137      * hide columns 3-4 (counting from 0)
 138      */
 139     viewport.hideColumns(3, 4);
 140     alignFrame.alignPanel.updateLayout();
 141
 142     /*
 143      * verify popup menu left/right of hidden column marker
 144      * NB need to call mouseMoved first as this sets field 'reveal'
 145      */
 146     int xPos = 1 * cw + 2; // 2 columns left of hidden marker
 147     MouseEvent mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1,
 148             false);
 149     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 150     JPopupMenu popup = scalePanel.buildPopupMenu(1);
 151     assertEquals(popup.getSubElements().length, 0);
 152
 153     /*
 154      * popup just left of hidden marker has 'Reveal'
 155      */
 156     xPos = 2 * cw + 2;
 157     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 158     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 159     popup = scalePanel.buildPopupMenu(2);
 160     assertEquals(popup.getSubElements().length, 1);
 161     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), reveal);
 162
 163     /*
 164      * popup just right of hidden marker has 'Reveal'
 165      */
 166     xPos = 3 * cw + 2;
 167     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 168     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 169     popup = scalePanel.buildPopupMenu(5); // allowing for 2 hidden columns
 170     assertEquals(popup.getSubElements().length, 1);
 171     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), reveal);
 172
 173     /*
 174      * popup further right is empty
 175      */
 176     xPos = 4 * cw + 2;
 177     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 178     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 179     popup = scalePanel.buildPopupMenu(6); // allowing for 2 hidden columns
 180     assertEquals(popup.getSubElements().length, 0);
 181
 182     /*
 183      * 'drag' to select columns around the hidden column marker
 184      */
 185     xPos = 1 * cw + 2;
 186     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 187     scalePanel.mousePressed(mouse);
 188     scalePanel.mouseDragged(mouse);
 189     xPos = 5 * cw + 2;
 190     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 191     scalePanel.mouseReleased(mouse);
 192
 193     /*
 194      * popup 2 columns left of marker: 'Hide' only
 195      */
 196     xPos = 1 * cw + 2;
 197     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 198     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 199     popup = scalePanel.buildPopupMenu(1);
 200     assertEquals(popup.getSubElements().length, 1);
 201     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), hide);
 202
 203     /*
 204      * popup just left of marker: 'Reveal' and 'Hide'
 205      */
 206     xPos = 2 * cw + 2;
 207     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 208     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 209     popup = scalePanel.buildPopupMenu(1);
 210     assertEquals(popup.getSubElements().length, 2);
 211     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), reveal);
 212     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[1]).getText(), hide);
 213
 214     /*
 215      * popup just right of marker: 'Reveal' and 'Hide'
 216      */
 217     xPos = 3 * cw + 2;
 218     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 219     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 220     popup = scalePanel.buildPopupMenu(5);
 221     assertEquals(popup.getSubElements().length, 2);
 222     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), reveal);
 223     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[1]).getText(), hide);
 224
 225     /*
 226      * hiding a second region adds option 'Reveal all' to 'Reveal'
 227      */
 228     viewport.hideColumns(6, 7);
 229     alignFrame.alignPanel.updateLayout();
 230     xPos = 3 * cw + 2;
 231     mouse = new MouseEvent(scalePanel, 0, 1, 0, xPos, 0, 1, false);
 232     scalePanel.mouseMoved(mouse);
 233     popup = scalePanel.buildPopupMenu(5);
 234     assertEquals(popup.getSubElements().length, 3);
 235     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), reveal);
 236     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[1]).getText(),
 237             revealAll);
 238     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[2]).getText(), hide);
 239
 240     alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 241     popup = scalePanel.buildPopupMenu(5);
 242     assertEquals(popup.getSubElements().length, 2);
 243     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[0]).getText(), reveal);
 244     assertEquals(((JMenuItem) popup.getSubElements()[1]).getText(),
 245             revealAll);
 246   }
 247
 248   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 249   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 250   {
 251     /*
 252      * use read-only test properties file
 253      */
 254     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 255     Jalview.main(new String[] { "--nonews" });
 256   }
 257
 258 }