create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / gui / SeqPanelTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
25
26 import jalview.datamodel.Alignment;
27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
28 import jalview.datamodel.Sequence;
29 import jalview.datamodel.SequenceI;
30
31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
32 import org.testng.annotations.Test;
33
34 public class SeqPanelTest
35 {
36   AlignFrame af;
37
38   @BeforeClass(alwaysRun = true)
39   public void setUpJvOptionPane()
40   {
41     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
42     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
43   }
44   @Test(groups = "Functional")
45   public void testSetStatusReturnsPosOrMinusOne()
46   {
47     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AACDE");
48     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AA--E");
49     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
50     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
51             al.getHeight());
52     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
53     // Test either side of gap
54     // This first assert fails due to JAL-2563
55     assertEquals(
56             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
57                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
58     assertEquals(
59             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
60                     visAl.getSequenceAt(1), 4, 1), 3);
61     // Test gaps are -1
62     assertEquals(
63             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
64                     visAl.getSequenceAt(1), 2, 1), -1);
65     assertEquals(
66             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
67                     visAl.getSequenceAt(1), 3, 1), -1);
68   }
69
70   @Test(groups = "Functional")
71   public void testAmbiguousAminoAcidGetsStatusMessage()
72   {
73     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDE");
74     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AB--E");
75     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
76     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
77             al.getHeight());
78     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
79     // Test either side of gap
80     // This first assert fails due to JAL-2563
81     assertEquals(
82             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
83                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
84     assertTrue(alignFrame.statusBar.getText().contains("(2)"));
85   }
86 }