test/jalview/gui/SeqPanelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class SeqPanelTest
  34 {
  35   AlignFrame af;
  36
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUpJvOptionPane()
  39   {
  40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  42   }
  43   @Test(groups = "Functional")
  44   public void testSetStatusReturnsNearestResiduePosition()
  45   {
  46     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AACDE");
  47     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AA--E");
  48     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  49     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  50             al.getHeight());
  51     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
  52
  53     // Test either side of gap
  54     assertEquals(
  55             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  56                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
  57     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(),
  58             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: ALA (2)");
  59     assertEquals(
  60             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  61                     visAl.getSequenceAt(1), 4, 1), 3);
  62     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(),
  63             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: GLU (3)");
  64     // no status message at a gap, returns next residue position to the right
  65     assertEquals(
  66             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  67                     visAl.getSequenceAt(1), 2, 1), 3);
  68     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(), "Sequence 2 ID: Seq2");
  69     assertEquals(
  70             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  71                     visAl.getSequenceAt(1), 3, 1), 3);
  72     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(), "Sequence 2 ID: Seq2");
  73   }
  74
  75   @Test(groups = "Functional")
  76   public void testAmbiguousAminoAcidGetsStatusMessage()
  77   {
  78     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDE");
  79     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AB--E");
  80     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  81     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  82             al.getHeight());
  83     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
  84
  85     assertEquals(
  86             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
  87                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
  88     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(),
  89             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: B (2)");
  90   }
  91 }