JFrame fix for Window->JComponent
[jalview.git] / test / jalview / gui / SeqPanelTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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6  * 
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11  *  
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24
25 import jalview.datamodel.Alignment;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.Sequence;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29
30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
31 import org.testng.annotations.Test;
32
33 public class SeqPanelTest
34 {
35   AlignFrame af;
36
37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
38   public void setUpJvOptionPane()
39   {
40     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
41     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
42   }
43   @Test(groups = "Functional")
44   public void testSetStatusReturnsNearestResiduePosition()
45   {
46     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AACDE");
47     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AA--E");
48     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
49     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
50             al.getHeight());
51     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
52
53     // Test either side of gap
54     assertEquals(
55             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
56                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
57     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(),
58             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: ALA (2)");
59     assertEquals(
60             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
61                     visAl.getSequenceAt(1), 4, 1), 3);
62     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(),
63             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: GLU (3)");
64     // no status message at a gap, returns next residue position to the right
65     assertEquals(
66             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
67                     visAl.getSequenceAt(1), 2, 1), 3);
68     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(), "Sequence 2 ID: Seq2");
69     assertEquals(
70             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
71                     visAl.getSequenceAt(1), 3, 1), 3);
72     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(), "Sequence 2 ID: Seq2");
73   }
74
75   @Test(groups = "Functional")
76   public void testAmbiguousAminoAcidGetsStatusMessage()
77   {
78     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDE");
79     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "AB--E");
80     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
81     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
82             al.getHeight());
83     AlignmentI visAl = alignFrame.getViewport().getAlignment();
84
85     assertEquals(
86             alignFrame.alignPanel.getSeqPanel().setStatusMessage(
87                     visAl.getSequenceAt(1), 1, 1), 2);
88     assertEquals(alignFrame.statusBar.getText(),
89             "Sequence 2 ID: Seq2 Residue: B (2)");
90   }
91 }