test/jalview/gui/SequenceRendererTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.renderer.ResidueShader;
  32 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 public class SequenceRendererTest
  42 {
  43   AlignmentI al;
  44   AlignViewport av;
  45
  46   SequenceI seq1;
  47
  48   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  49   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  50   {
  51     Jalview.main(
  52             new String[]
  53     { "-nonews", "-props", "test/jalview/testProps.jvprops" });
  54   }
  55
  56   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  57   public void setUp()
  58   {
  59     seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCEEEABCABC");
  60     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCABCABCABC");
  61     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABCABCABCABC");
  62     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 };
  63     al = new Alignment(seqs);
  64     al.setDataset(null);
  65     av = new AlignViewport(al);
  66   }
  67
  68   @Test(groups = "Functional")
  69   public void testGetResidueColour_WithGroup()
  70   {
  71     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
  72     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  73     sg.addSequence(seq1, false);
  74     sg.setStartRes(3);
  75     sg.setEndRes(5);
  76
  77     ResidueShaderI rs = new ResidueShader();
  78     rs.setColourScheme(new ZappoColourScheme());
  79     sg.setGroupColourScheme(rs);
  80
  81     av.getAlignment().addGroup(sg);
  82
  83     // outside group residues are white
  84     assertEquals(Color.white, sr.getResidueColour(seq1, 1, null));
  85
  86     // within group use Zappo scheme - E = red
  87     assertEquals(Color.red, sr.getResidueColour(seq1, 3, null));
  88   }
  89 }