test/jalview/gui/SequenceRendererTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Sequence;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.renderer.ResidueShader;
  32 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 public class SequenceRendererTest
  42 {
  43   AlignmentI al;
  44
  45   AlignViewport av;
  46
  47   SequenceI seq1;
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  51   {
  52     Jalview.main(
  53             new String[]
  54             { "-nonews", "-props", "test/jalview/testProps.jvprops" });
  55   }
  56
  57   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  58   public void setUp()
  59   {
  60     seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCEEEABCABC");
  61     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCABCABCABC");
  62     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABCABCABCABC");
  63     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 };
  64     al = new Alignment(seqs);
  65     al.setDataset(null);
  66     av = new AlignViewport(al);
  67   }
  68
  69   @Test(groups = "Functional")
  70   public void testGetResidueColour_WithGroup()
  71   {
  72     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
  73     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  74     sg.addSequence(seq1, false);
  75     sg.setStartRes(3);
  76     sg.setEndRes(5);
  77
  78     ResidueShaderI rs = new ResidueShader();
  79     rs.setColourScheme(new ZappoColourScheme());
  80     sg.setGroupColourScheme(rs);
  81
  82     av.getAlignment().addGroup(sg);
  83
  84     // outside group residues are white
  85     assertEquals(Color.white, sr.getResidueColour(seq1, 1, null));
  86
  87     // within group use Zappo scheme - E = red
  88     assertEquals(Color.red, sr.getResidueColour(seq1, 3, null));
  89   }
  90 }