JAL-629 test fixing
[jalview.git] / test / jalview / gui / SequenceRendererTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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11  *  
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
24
25 import jalview.bin.Jalview;
26 import jalview.datamodel.Alignment;
27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
28 import jalview.datamodel.Sequence;
29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
30 import jalview.datamodel.SequenceI;
31 import jalview.renderer.ResidueShader;
32 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
34
35 import java.awt.Color;
36
37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
38 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
39 import org.testng.annotations.Test;
40
41 public class SequenceRendererTest
42 {
43   AlignmentI al;
44
45   AlignViewport av;
46
47   SequenceI seq1;
48
49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
50   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
51   {
52     Jalview.main(
53             new String[]
54             { "-nonews", "-props", "test/jalview/testProps.jvprops" });
55   }
56
57   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
58   public void setUp()
59   {
60     seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCEEEABCABC");
61     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCABCABCABC");
62     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "ABCABCABCABC");
63     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 };
64     al = new Alignment(seqs);
65     al.setDataset(null);
66     av = new AlignViewport(al);
67   }
68
69   @Test(groups = "Functional")
70   public void testGetResidueColour_WithGroup()
71   {
72     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
73     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
74     sg.addSequence(seq1, false);
75     sg.setStartRes(3);
76     sg.setEndRes(5);
77
78     ResidueShaderI rs = new ResidueShader();
79     rs.setColourScheme(new ZappoColourScheme());
80     sg.setGroupColourScheme(rs);
81
82     av.getAlignment().addGroup(sg);
83
84     // outside group residues are white
85     assertEquals(Color.white, sr.getResidueColour(seq1, 1, null));
86
87     // within group use Zappo scheme - E = red
88     assertEquals(Color.red, sr.getResidueColour(seq1, 3, null));
89   }
90 }