test/jalview/gui/SequenceRendererTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class SequenceRendererTest
  37 {
  38
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpJvOptionPane()
  41   {
  42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  44   }
  45
  46   @Test(groups = { "Functional" })
  47   public void testGetResidueBoxColour_zappo()
  48   {
  49     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
  50     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  51     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  52     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
  53     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  54
  55     // @see ResidueProperties.zappo
  56     assertEquals(Color.pink, sr.getResidueBoxColour(seq, 0)); // M
  57     assertEquals(Color.green, sr.getResidueBoxColour(seq, 2)); // T
  58     assertEquals(Color.magenta, sr.getResidueBoxColour(seq, 5)); // G
  59     assertEquals(Color.orange, sr.getResidueBoxColour(seq, 12)); // F
  60   }
  61
  62   @Test(groups = { "Functional" })
  63   public void testGetResidueBoxColour_none()
  64   {
  65     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
  66     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  67     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  68     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
  69
  70     assertEquals(Color.white, sr.getResidueBoxColour(seq, 0));
  71     assertEquals(Color.white, sr.getResidueBoxColour(seq, 2));
  72
  73     // set for overview
  74     sr.forOverview = true;
  75     assertEquals(Color.lightGray, sr.getResidueBoxColour(seq, 0));
  76     assertEquals(Color.white, sr.getResidueBoxColour(seq, 2));
  77   }
  78
  79   // TODO more tests for getResidueBoxColour covering groups, feature rendering,
  80   // gaps, overview...
  81
  82 }