create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / gui / SequenceRendererTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24
25 import jalview.datamodel.Alignment;
26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
27 import jalview.datamodel.Sequence;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
30
31 import java.awt.Color;
32
33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
34 import org.testng.annotations.Test;
35
36 public class SequenceRendererTest
37 {
38
39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
40   public void setUpJvOptionPane()
41   {
42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
44   }
45
46   @Test(groups = { "Functional" })
47   public void testGetResidueBoxColour_zappo()
48   {
49     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
50     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
51     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
52     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
53     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
54
55     // @see ResidueProperties.zappo
56     assertEquals(Color.pink, sr.getResidueBoxColour(seq, 0)); // M
57     assertEquals(Color.green, sr.getResidueBoxColour(seq, 2)); // T
58     assertEquals(Color.magenta, sr.getResidueBoxColour(seq, 5)); // G
59     assertEquals(Color.orange, sr.getResidueBoxColour(seq, 12)); // F
60   }
61
62   @Test(groups = { "Functional" })
63   public void testGetResidueBoxColour_none()
64   {
65     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
66     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
67     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
68     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
69
70     assertEquals(Color.white, sr.getResidueBoxColour(seq, 0));
71     assertEquals(Color.white, sr.getResidueBoxColour(seq, 2));
72
73     // set for overview
74     sr.forOverview = true;
75     assertEquals(Color.lightGray, sr.getResidueBoxColour(seq, 0));
76     assertEquals(Color.white, sr.getResidueBoxColour(seq, 2));
77   }
78
79   // TODO more tests for getResidueBoxColour covering groups, feature rendering,
80   // gaps, overview...
81
82 }