test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.jbgui.GStructureChooser.FilterOption;
  32
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40 public class StructureChooserTest
  41 {
  42
  43   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  44   public void setUpJvOptionPane()
  45   {
  46     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  47     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  48   }
  49
  50   Sequence seq;
  51
  52   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  53   public void setUp() throws Exception
  54   {
  55     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  56             26);
  57     seq.createDatasetSequence();
  58     for (int x = 1; x < 5; x++)
  59     {
  60       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  61       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  62       seq.addDBRef(dbRef);
  63     }
  64
  65     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  66     dbRef.setId("1tim");
  67
  68     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<>();
  69     pdbIds.add(dbRef);
  70
  71     seq.setPDBId(pdbIds);
  72   }
  73
  74   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  75   public void tearDown() throws Exception
  76   {
  77     seq = null;
  78   }
  79
  80   @Test(groups = { "Functional" })
  81   public void buildQueryTest()
  82   {
  83     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  84     assertEquals("pdb_id:1tim", query);
  85     System.out.println("seq >>>> " + seq);
  86     seq.getAllPDBEntries().clear();
  87     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  88     assertEquals(
  89             "text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4 OR text:4kqy",
  90             query);
  91     seq.setDBRefs(null);
  92     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  93     assertEquals("text:4kqy", query);
  94
  95     DBRefEntry uniprotDBRef = new DBRefEntry();
  96     uniprotDBRef.setAccessionId("P12345");
  97     uniprotDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
  98     seq.addDBRef(uniprotDBRef);
  99
 100     DBRefEntry pdbDBRef = new DBRefEntry();
 101     pdbDBRef.setAccessionId("1XYZ");
 102     pdbDBRef.setSource(DBRefSource.PDB);
 103     seq.addDBRef(pdbDBRef);
 104
 105     for (int x = 1; x < 5; x++)
 106     {
 107       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
 108       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
 109       seq.addDBRef(dbRef);
 110     }
 111     query = StructureChooser.buildQuery(seq);
 112     assertEquals(
 113             "uniprot_accession:P12345 OR uniprot_id:P12345 OR pdb_id:1xyz",
 114             query);
 115   }
 116
 117   @Test(groups = { "Functional" })
 118   public void populateFilterComboBoxTest() throws InterruptedException
 119   {
 120     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 121     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 122     sc.populateFilterComboBox(false, false);
 123     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 124     assertEquals(2, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
 125                                   // populate filter options
 126
 127     sc.populateFilterComboBox(true, false);
 128     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
 129     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
 130                                  // should be populated
 131
 132     sc.populateFilterComboBox(true, true);
 133     assertTrue(sc.getCmbFilterOption().getSelectedItem() != null);
 134     FilterOption filterOpt = (FilterOption) sc.getCmbFilterOption()
 135             .getSelectedItem();
 136     assertEquals("Cached Structures", filterOpt.getName());
 137   }
 138
 139   @Test(groups = { "Network" })
 140   public void fetchStructuresInfoTest()
 141   {
 142     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
 143     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
 144     sc.fetchStructuresMetaData();
 145     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
 146     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
 147
 148   }
 149
 150   @Test(groups = { "Functional" })
 151   public void sanitizeSeqNameTest()
 152   {
 153     String name = "ab_cdEF|fwxyz012349";
 154     assertEquals(name, StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 155
 156     // remove a [nn] substring
 157     name = "abcde12[345]fg";
 158     assertEquals("abcde12fg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 159
 160     // remove characters other than a-zA-Z0-9 | or _
 161     name = "ab[cd],.\t£$*!- \\\"@:e";
 162     assertEquals("abcde", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 163
 164     name = "abcde12[345a]fg";
 165     assertEquals("abcde12345afg", StructureChooser.sanitizeSeqName(name));
 166   }
 167 }