test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   6 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import java.util.Vector;
  11
  12 import org.junit.After;
  13 import org.junit.Before;
  14 import org.junit.Test;
  15
  16 public class StructureChooserTest
  17 {
  18   Sequence seq;
  19
  20   @Before
  21   public void setUp() throws Exception
  22   {
  23     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  24             26);
  25     seq.setDatasetSequence(seq);
  26     for (int x = 1; x < 5; x++)
  27     {
  28       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  29       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  30       seq.addDBRef(dbRef);
  31     }
  32
  33     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  34     dbRef.setId("1tim");
  35
  36     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  37     pdbIds.add(dbRef);
  38
  39     seq.setPDBId(pdbIds);
  40   }
  41
  42   @After
  43   public void tearDown() throws Exception
  44   {
  45     seq = null;
  46   }
  47
  48
  49
  50   @Test
  51   public void buildQueryTest()
  52   {
  53     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  54     System.out.println(">>>>>>>>>> query : " + query);
  55     assertEquals(
  56             "4kqy OR text:1tim OR text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4",
  57             query);
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void populateFilterComboBoxTest()
  62   {
  63     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  64     { seq };
  65     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq,
  66             null);
  67     sc.populateFilterComboBox();
  68     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  69     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  70                                   // populate filter options
  71
  72     sc.setStructuresDiscovered(true);
  73     sc.populateFilterComboBox();
  74     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  75     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
  76                                  // should be populated
  77   }
  78
  79   @Test
  80   public void fetchStructuresInfoTest()
  81   {
  82     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[]
  83     { seq };
  84     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  85     sc.fetchStructuresMetaData();
  86     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
  87     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
  88
  89   }
  90 }