test/jalview/gui/StructureChooserTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5
   6 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   7 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   8 import jalview.datamodel.Sequence;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10
  11 import java.util.Vector;
  12
  13 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  14 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class StructureChooserTest
  18 {
  19   Sequence seq;
  20
  21   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  22   public void setUp() throws Exception
  23   {
  24     seq = new Sequence("PDB|4kqy|4KQY|A", "ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ", 1,
  25             26);
  26     seq.setDatasetSequence(seq);
  27     for (int x = 1; x < 5; x++)
  28     {
  29       DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry();
  30       dbRef.setAccessionId("XYZ_" + x);
  31       seq.addDBRef(dbRef);
  32     }
  33
  34     PDBEntry dbRef = new PDBEntry();
  35     dbRef.setId("1tim");
  36
  37     Vector<PDBEntry> pdbIds = new Vector<PDBEntry>();
  38     pdbIds.add(dbRef);
  39
  40     seq.setPDBId(pdbIds);
  41   }
  42
  43   @AfterMethod
  44   public void tearDown() throws Exception
  45   {
  46     seq = null;
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void buildQueryTest()
  51   {
  52     String query = StructureChooser.buildQuery(seq);
  53     System.out.println(">>>>>>>>>> query : " + query);
  54     assertEquals(
  55             "4kqy OR text:1tim OR text:XYZ_1 OR text:XYZ_2 OR text:XYZ_3 OR text:XYZ_4",
  56             query);
  57   }
  58
  59   @Test(groups = { "Functional" })
  60   public void populateFilterComboBoxTest()
  61   {
  62     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
  63     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  64     sc.populateFilterComboBox();
  65     int optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  66     assertEquals(3, optionsSize); // if structures are not discovered then don't
  67                                   // populate filter options
  68
  69     sc.setStructuresDiscovered(true);
  70     sc.populateFilterComboBox();
  71     optionsSize = sc.getCmbFilterOption().getItemCount();
  72     assertTrue(optionsSize > 3); // if structures are found, filter options
  73                                  // should be populated
  74   }
  75
  76   @Test(groups = { "Functional" })
  77   public void fetchStructuresInfoTest()
  78   {
  79     SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { seq };
  80     StructureChooser sc = new StructureChooser(selectedSeqs, seq, null);
  81     sc.fetchStructuresMetaData();
  82     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet() != null);
  83     assertTrue(sc.getDiscoveredStructuresSet().size() > 0);
  84
  85   }
  86 }