test/jalview/gui/StructureViewerTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertNull;
   6 import static org.testng.Assert.assertSame;
   7 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   8
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  17 import org.testng.annotations.Test;
  18
  19 public class StructureViewerTest
  20 {
  21
  22   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  23   public void setUpJvOptionPane()
  24   {
  25     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  26     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  27   }
  28
  29   @Test(groups = "Functional")
  30   public void testGetSequencesForPdbs()
  31   {
  32     StructureViewer sv = new StructureViewer(null);
  33
  34     assertNull(sv.getSequencesForPdbs(null, null));
  35
  36     PDBEntry pdbe1 = new PDBEntry("1A70", "A", Type.PDB, "path1");
  37     PDBEntry pdbe2 = new PDBEntry("3A6S", "A", Type.PDB, "path2");
  38     PDBEntry pdbe3 = new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "path1");
  39     PDBEntry pdbe4 = new PDBEntry("1GAQ", "A", Type.PDB, null);
  40     PDBEntry pdbe5 = new PDBEntry("3A6S", "B", Type.PDB, "path2");
  41     PDBEntry pdbe6 = new PDBEntry("1GAQ", "B", Type.PDB, null);
  42     PDBEntry pdbe7 = new PDBEntry("1FOO", "Q", Type.PDB, null);
  43
  44     PDBEntry[] pdbs = new PDBEntry[] { pdbe1, pdbe2, pdbe3, pdbe4, pdbe5,
  45         pdbe6, pdbe7 };
  46
  47     /*
  48      * seq1 ... seq6 associated with pdbe1 ... pdbe6
  49      */
  50     SequenceI[] seqs = new SequenceI[pdbs.length];
  51     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  52     {
  53       seqs[i] = new Sequence("Seq" + i, "abc");
  54     }
  55
  56     /*
  57      * pdbe3/5/6 should get removed as having a duplicate file path
  58      */
  59     Map<PDBEntry, SequenceI[]> uniques = sv.getSequencesForPdbs(pdbs, seqs);
  60     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe1));
  61     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe2));
  62     assertFalse(uniques.containsKey(pdbe3));
  63     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe4));
  64     assertFalse(uniques.containsKey(pdbe5));
  65     assertFalse(uniques.containsKey(pdbe6));
  66     assertTrue(uniques.containsKey(pdbe7));
  67
  68     // 1A70 associates with seq1 and seq3
  69     SequenceI[] ss = uniques.get(pdbe1);
  70     assertEquals(ss.length, 2);
  71     assertSame(seqs[0], ss[0]);
  72     assertSame(seqs[2], ss[1]);
  73
  74     // 3A6S has seq2 and seq5
  75     ss = uniques.get(pdbe2);
  76     assertEquals(ss.length, 2);
  77     assertSame(seqs[1], ss[0]);
  78     assertSame(seqs[4], ss[1]);
  79
  80     // 1GAQ has seq4 and seq6
  81     ss = uniques.get(pdbe4);
  82     assertEquals(ss.length, 2);
  83     assertSame(seqs[3], ss[0]);
  84     assertSame(seqs[5], ss[1]);
  85
  86     // 1FOO has seq7
  87     ss = uniques.get(pdbe7);
  88     assertEquals(ss.length, 1);
  89     assertSame(seqs[6], ss[0]);
  90   }
  91 }