create method to test HMM model as string
[jalview.git] / test / jalview / gui / StructureViewerTest.java
1 package jalview.gui;
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3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
4 import static org.testng.Assert.assertNull;
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6 import jalview.datamodel.PDBEntry;
7 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
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9 import org.testng.annotations.BeforeClass;
10 import org.testng.annotations.Test;
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12 public class StructureViewerTest
13 {
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15   @BeforeClass(alwaysRun = true)
16   public void setUpJvOptionPane()
17   {
18     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
19     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
20   }
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22   @Test(groups = "Functional")
23   public void testGetUniquePdbFiles()
24   {
25     assertNull(StructureViewer.getUniquePdbFiles(null));
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27     PDBEntry pdbe1 = new PDBEntry("1A70", "A", Type.PDB, "path1");
28     PDBEntry pdbe2 = new PDBEntry("3A6S", "A", Type.PDB, "path2");
29     PDBEntry pdbe3 = new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "path1");
30     PDBEntry pdbe4 = new PDBEntry("1GAQ", "A", Type.PDB, null);
31     PDBEntry pdbe5 = new PDBEntry("3A6S", "B", Type.PDB, "path2");
32     PDBEntry pdbe6 = new PDBEntry("1GAQ", "B", Type.PDB, null);
33
34     /*
35      * pdbe2 and pdbe5 get removed as having a duplicate file path
36      */
37     PDBEntry[] uniques = StructureViewer.getUniquePdbFiles(new PDBEntry[] {
38         pdbe1, pdbe2, pdbe3, pdbe4, pdbe5, pdbe6 });
39     assertEquals(uniques,
40  new PDBEntry[] { pdbe1, pdbe2, pdbe4, pdbe6 });
41   }
42 }