test/jalview/io/AnnotationExporterTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26
  27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.gui.AlignFrame;
  32 import jalview.gui.AnnotationExporter;
  33 import jalview.gui.JvOptionPane;
  34
  35 public class AnnotationExporterTest
  36 {
  37
  38   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  39   public void setUpJvOptionPane()
  40   {
  41     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  42     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  43   }
  44
  45   @Test(groups = "Functional")
  46   public void testAnnotationExportAsCSV()
  47   {
  48     /*
  49      * JAL-4342 test that export all alignment annotation as CSV or as an annotations file DOES NOT produce empty text box/file
  50      */
  51     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  52             ">Seq1\nQRSIL\n>Seq2\nFTHND\n>Seq3\nRPVSL\n",
  53             DataSourceType.PASTE);
  54     AlignmentAnnotation[] annots = af.alignPanel.getAlignment()
  55             .getAlignmentAnnotation();
  56
  57     assertTrue(annots.length > 1);
  58     // set up exporter
  59     AnnotationExporter ae = new AnnotationExporter(af.alignPanel);
  60     ae.exportAnnotations();
  61     ae.setExportAsCSV();
  62
  63     String exported;
  64     exported = ae.getAnnotationsText();
  65     assertNotNull(exported);
  66     assertTrue(exported.contains(annots[0].label));
  67     assertTrue(exported.contains(annots[1].label));
  68
  69     // just one annotation row
  70     ae.exportAnnotation(annots[1]);
  71     exported = ae.getAnnotationsText();
  72     assertNotNull(exported);
  73     assertFalse(exported.contains(annots[0].label));
  74     assertTrue(exported.contains(annots[1].label));
  75
  76   }
  77 }