test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import static org.junit.Assert.fail;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7
   8 import java.io.File;
   9
  10 import org.junit.Test;
  11
  12 public class AnnotationFileIOTest
  13 {
  14
  15   static String TestFiles[][] = {{ "Test example annotation import/export","examples/uniref50.fa", "examples/testdata/example_annot_file.jva" }
  16           ,{"Test multiple combine annotation statements import/export","examples/uniref50.fa", "examples/testdata/test_combine_annot.jva"}};
  17
  18   @Test
  19   public void exampleAnnotationFileIO() throws Exception
  20   {
  21     for (String[] testPair:TestFiles)
  22     {
  23       testAnnotationFileIO(testPair[0], new File(testPair[1]), new File(testPair[2]));
  24     }
  25   }
  26
  27   public static AlignmentI readAlignmentFile(File f)
  28   {
  29     System.out.println("Reading file: " + f);
  30     String ff = f.getPath();
  31     try
  32     {
  33       FormatAdapter rf = new FormatAdapter();
  34
  35       AlignmentI al = rf.readFile(ff, AppletFormatAdapter.FILE,
  36               new IdentifyFile().Identify(ff, AppletFormatAdapter.FILE));
  37
  38       // make sure dataset is initialised ? not sure about this
  39       for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; ++i)
  40       {
  41         al.getSequenceAt(i).setDatasetSequence(al.getSequenceAt(i).createDatasetSequence());
  42       }
  43       assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
  44       return al;
  45     } catch (Exception e)
  46     {
  47       e.printStackTrace();
  48     }
  49     fail("Couln't read the alignment in file '"+f.toString()+"'");
  50     return null;
  51   }
  52   /**
  53    * test alignment data in given file can be imported, exported and reimported
  54    * with no dataloss
  55    *
  56    * @param f
  57    *          - source datafile (IdentifyFile.identify() should work with it)
  58    * @param ioformat
  59    *          - label for IO class used to write and read back in the data from
  60    *          f
  61    */
  62   public static void testAnnotationFileIO(String testname, File f, File annotFile)
  63   {
  64     System.out.println("Test: "+testname+"\nReading annotation file '"+annotFile+"' onto : " + f);
  65     String af = annotFile.getPath();
  66     try
  67     {
  68       AlignmentI al = readAlignmentFile(f);
  69
  70       assertTrue("Test "+testname+"\nAlignment was not annotated - annotation file not imported.",new AnnotationFile().readAnnotationFile(al, af, FormatAdapter.FILE));
  71
  72       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(), al.getProperties());
  73       assertTrue("Test "+testname+"\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",anfileout!=null);
  74       assertTrue("Test "+testname+"\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",anfileout.length()>"JALVIEW_ANNOTATION".length());
  75
  76       System.out.println("Output annotation file:\n"+anfileout+"\n<<EOF\n");
  77
  78       AlignmentI al_new = readAlignmentFile(f);
  79       assertTrue("Test "+testname+"\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout, FormatAdapter.PASTE));
  80
  81       // test for consistency in io
  82       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
  83       return;
  84     } catch (Exception e)
  85     {
  86       e.printStackTrace();
  87     }
  88     fail("Test "+testname+"\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test for '"+annotFile+"'.");
  89   }
  90 }