test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   4 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   5 import static org.junit.Assert.fail;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7
   8 import java.io.File;
   9
  10 import org.junit.Test;
  11
  12 public class AnnotationFileIOTest
  13 {
  14
  15   static String TestFiles[][] = {{ "Test example annotation import/export","examples/uniref50.fa", "examples/testdata/example_annot_file.jva" }
  16           ,{"Test multiple combine annotation statements import/export","examples/uniref50.fa", "examples/testdata/test_combine_annot.jva"}
  17           ,{"Test multiple combine annotation statements with sequence_ref import/export","examples/uniref50.fa", "examples/testdata/uniref50_iupred.jva"}};
  18
  19   @Test
  20   public void exampleAnnotationFileIO() throws Exception
  21   {
  22     for (String[] testPair:TestFiles)
  23     {
  24       testAnnotationFileIO(testPair[0], new File(testPair[1]), new File(testPair[2]));
  25     }
  26   }
  27
  28   public static AlignmentI readAlignmentFile(File f)
  29   {
  30     System.out.println("Reading file: " + f);
  31     String ff = f.getPath();
  32     try
  33     {
  34       FormatAdapter rf = new FormatAdapter();
  35
  36       AlignmentI al = rf.readFile(ff, AppletFormatAdapter.FILE,
  37               new IdentifyFile().Identify(ff, AppletFormatAdapter.FILE));
  38
  39       // make sure dataset is initialised ? not sure about this
  40       for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; ++i)
  41       {
  42         al.getSequenceAt(i).setDatasetSequence(al.getSequenceAt(i).createDatasetSequence());
  43       }
  44       assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
  45       return al;
  46     } catch (Exception e)
  47     {
  48       e.printStackTrace();
  49     }
  50     fail("Couln't read the alignment in file '"+f.toString()+"'");
  51     return null;
  52   }
  53   /**
  54    * test alignment data in given file can be imported, exported and reimported
  55    * with no dataloss
  56    *
  57    * @param f
  58    *          - source datafile (IdentifyFile.identify() should work with it)
  59    * @param ioformat
  60    *          - label for IO class used to write and read back in the data from
  61    *          f
  62    */
  63   public static void testAnnotationFileIO(String testname, File f, File annotFile)
  64   {
  65     System.out.println("Test: "+testname+"\nReading annotation file '"+annotFile+"' onto : " + f);
  66     String af = annotFile.getPath();
  67     try
  68     {
  69       AlignmentI al = readAlignmentFile(f);
  70
  71       assertTrue("Test "+testname+"\nAlignment was not annotated - annotation file not imported.",new AnnotationFile().readAnnotationFile(al, af, FormatAdapter.FILE));
  72
  73       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(), al.getProperties());
  74       assertTrue("Test "+testname+"\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",anfileout!=null);
  75       assertTrue("Test "+testname+"\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",anfileout.length()>"JALVIEW_ANNOTATION".length());
  76
  77       System.out.println("Output annotation file:\n"+anfileout+"\n<<EOF\n");
  78
  79       AlignmentI al_new = readAlignmentFile(f);
  80       assertTrue("Test "+testname+"\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout, FormatAdapter.PASTE));
  81
  82       // test for consistency in io
  83       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
  84       return;
  85     } catch (Exception e)
  86     {
  87       e.printStackTrace();
  88     }
  89     fail("Test "+testname+"\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test for '"+annotFile+"'.");
  90   }
  91 }