test/jalview/io/AnnotationFileIOTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  28 import jalview.gui.JvOptionPane;
  29 import jalview.io.AnnotationFile.ViewDef;
  30
  31 import java.io.File;
  32 import java.util.Hashtable;
  33
  34 import org.testng.Assert;
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class AnnotationFileIOTest
  39 {
  40
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public void setUpJvOptionPane()
  43   {
  44     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  45     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  46   }
  47
  48   static String TestFiles[][] = {
  49       { "Test example annotation import/export", "examples/uniref50.fa",
  50           "examples/testdata/example_annot_file.jva" },
  51       { "Test multiple combine annotation statements import/export",
  52           "examples/uniref50.fa",
  53           "examples/testdata/test_combine_annot.jva" },
  54       {
  55           "Test multiple combine annotation statements with sequence_ref import/export",
  56           "examples/uniref50.fa", "examples/testdata/uniref50_iupred.jva" },
  57       {
  58           "Test group only annotation file parsing results in parser indicating annotation was parsed",
  59           "examples/uniref50.fa", "examples/testdata/test_grpannot.jva" },
  60       { "Test hiding/showing of insertions on sequence_ref",
  61           "examples/uniref50.fa", "examples/testdata/uniref50_seqref.jva" } };
  62
  63   @Test(groups = { "Functional" })
  64   public void exampleAnnotationFileIO() throws Exception
  65   {
  66     for (String[] testPair : TestFiles)
  67     {
  68       testAnnotationFileIO(testPair[0], new File(testPair[1]), new File(
  69               testPair[2]));
  70     }
  71   }
  72
  73   AlignmentI readAlignmentFile(File f)
  74   {
  75     System.out.println("Reading file: " + f);
  76     String ff = f.getPath();
  77     try
  78     {
  79       FormatAdapter rf = new FormatAdapter();
  80
  81       AlignmentI al = rf.readFile(ff, DataSourceType.FILE,
  82               new IdentifyFile().identify(ff, DataSourceType.FILE));
  83
  84       // make sure dataset is initialised ? not sure about this
  85       for (int i = 0; i < al.getSequencesArray().length; ++i)
  86       {
  87         al.getSequenceAt(i).createDatasetSequence();
  88       }
  89       assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
  90       return al;
  91     } catch (Exception e)
  92     {
  93       e.printStackTrace();
  94     }
  95     Assert.fail("Couln't read the alignment in file '" + f.toString() + "'");
  96     return null;
  97   }
  98
  99   /**
 100    * test alignment data in given file can be imported, exported and reimported
 101    * with no dataloss
 102    *
 103    * @param f
 104    *          - source datafile (IdentifyFile.identify() should work with it)
 105    * @param ioformat
 106    *          - label for IO class used to write and read back in the data from
 107    *          f
 108    */
 109   void testAnnotationFileIO(String testname, File f,
 110           File annotFile)
 111   {
 112     System.out.println("Test: " + testname + "\nReading annotation file '"
 113             + annotFile + "' onto : " + f);
 114     String af = annotFile.getPath();
 115     try
 116     {
 117       AlignmentI al = readAlignmentFile(f);
 118       HiddenColumns cs = new HiddenColumns();
 119       assertTrue(
 120               "Test "
 121                       + testname
 122                       + "\nAlignment was not annotated - annotation file not imported.",
 123               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al, cs, af,
 124                       DataSourceType.FILE));
 125
 126       AnnotationFile aff = new AnnotationFile();
 127       // ViewDef is not used by Jalview
 128       ViewDef v = aff.new ViewDef(null, al.getHiddenSequences(), cs,
 129               new Hashtable());
 130       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 131               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 132               al.getProperties(), null, al, v);
 133       assertTrue(
 134               "Test "
 135                       + testname
 136                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 137               anfileout != null);
 138       assertTrue(
 139               "Test "
 140                       + testname
 141                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 142               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 143
 144       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 145               + "\n<<EOF\n");
 146
 147       AlignmentI al_new = readAlignmentFile(f);
 148       assertTrue(
 149               "Test "
 150                       + testname
 151                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 152               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 153                       DataSourceType.PASTE));
 154
 155       // test for consistency in io
 156       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new, false, false,
 157               false);
 158       return;
 159     } catch (Exception e)
 160     {
 161       e.printStackTrace();
 162     }
 163     Assert.fail("Test "
 164             + testname
 165             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test for '"
 166             + annotFile + "'.");
 167   }
 168 }