test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.json.binding.v1.BioJSReleasePojo;
   4 import jalview.json.binding.v1.BioJSRepositoryPojo;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.net.MalformedURLException;
   9 import java.net.URISyntaxException;
  10 import java.net.URL;
  11 import java.net.URLConnection;
  12 import java.util.TreeMap;
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  14 import org.junit.Assert;
  15 import org.junit.Test;
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  18 public class BioJsHTMLOutputTest
  19 {
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  21   @Test
  22   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  23   {
  24     BioJsHTMLOutput bioJsHtmlOutput = new BioJsHTMLOutput(null, null);
  25     String bjsTemplate = null;
  26     try
  27     {
  28       bioJsHtmlOutput.updateBioJS();
  29       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  30       // System.out.println(bjsTemplate);
  31     } catch (IOException e)
  32     {
  33       e.printStackTrace();
  34     }
  35     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  36   }
  37
  38   @Test(expected = NullPointerException.class)
  39   public void expectedNullPointerException()
  40   {
  41     BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(null, null);
  42     try
  43     {
  44       bjs.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  45     } catch (URISyntaxException e)
  46     {
  47       Assert.fail("Expception occured while testing!");
  48       e.printStackTrace();
  49     }
  50   }
  51
  52   @Test
  53   public void getBioJsMSAVersions()
  54   {
  55     BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(null, null);
  56     TreeMap<String, File> versions = null;
  57     try
  58     {
  59       bjs.refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  60       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  61     } catch (URISyntaxException e)
  62     {
  63       Assert.fail("Expception occured while testing!");
  64       e.printStackTrace();
  65     }
  66     Assert.assertNotNull("No versions found", versions);
  67     Assert.assertTrue("One or more Templates required", versions.size() > 0);
  68     System.out
  69             .println("Number of discovered versions : "
  70             + versions.size());
  71     for (String v : versions.keySet())
  72     {
  73       System.out.println("version : " + v);
  74       System.out.println("File : " + versions.get(v));
  75     }
  76
  77     System.out.println("\nCurrent latest version : "
  78             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  79     Assert.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
  80             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  81
  82   }
  83
  84   @Test
  85   public void testBioJsUpdate()
  86   {
  87     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
  88     Assert.assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
  89     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
  90     Assert.assertNotNull("Null response read from url!", response);
  91     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
  92     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
  93     System.out
  94 .println(">>> latest version : "
  95             + repository.getLatestReleaseVersion());
  96     System.out.println(">>> repo count : "
  97             + repository.getReleases().size());
  98     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
  99     {
 100       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 101       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 102       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 103     }
 104   }
 105
 106   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 107   {
 108     try
 109     {
 110       final URL url = new URL(urlString);
 111       final URLConnection conn = url.openConnection();
 112       conn.connect();
 113       return true;
 114     } catch (MalformedURLException e)
 115     {
 116       throw new RuntimeException(e);
 117     } catch (IOException e)
 118     {
 119       return false;
 120     }
 121   }
 122 }