test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.json.binding.biojs.BioJSReleasePojo;
  24 import jalview.json.binding.biojs.BioJSRepositoryPojo;
  25
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.net.MalformedURLException;
  29 import java.net.URISyntaxException;
  30 import java.net.URL;
  31 import java.net.URLConnection;
  32 import java.util.TreeMap;
  33
  34 import org.testng.Assert;
  35 import org.testng.AssertJUnit;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class BioJsHTMLOutputTest
  39 {
  40
  41   @Test(groups = { "Functional" })
  42   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  43   {
  44     String bjsTemplate = null;
  45     try
  46     {
  47       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  48       try
  49       {
  50         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  51         // version of BioJS template
  52         Thread.sleep(1000 * 3);
  53       } catch (InterruptedException e)
  54       {
  55         e.printStackTrace();
  56       }
  57       bjsTemplate = HTMLOutput.readFileAsString(BioJsHTMLOutput
  58               .getCurrentBJSTemplateFile());
  59       // System.out.println(bjsTemplate);
  60     } catch (IOException e)
  61     {
  62       e.printStackTrace();
  63     }
  64     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  65   }
  66
  67   @Test(
  68     groups = { "Functional" },
  69     expectedExceptions = NullPointerException.class)
  70   public void expectedNullPointerException()
  71   {
  72     try
  73     {
  74       BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(null);
  75     } catch (URISyntaxException e)
  76     {
  77       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  78       e.printStackTrace();
  79     }
  80   }
  81
  82   @Test(groups = { "Functional" })
  83   public void getBioJsMSAVersions()
  84   {
  85     TreeMap<String, File> versions = null;
  86     try
  87     {
  88       BioJsHTMLOutput
  89               .refreshVersionInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  90       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  91     } catch (URISyntaxException e)
  92     {
  93       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  94       e.printStackTrace();
  95     }
  96     AssertJUnit.assertNotNull("No versions found", versions);
  97     AssertJUnit.assertTrue("One or more Templates required",
  98             versions.size() > 0);
  99     System.out
 100             .println("Number of discovered versions : " + versions.size());
 101     for (String v : versions.keySet())
 102     {
 103       System.out.println("version : " + v);
 104       System.out.println("File : " + versions.get(v));
 105     }
 106
 107     System.out.println("\nCurrent latest version : "
 108             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
 109     AssertJUnit.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
 110             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
 111
 112   }
 113
 114   @Test(groups = { "Network" })
 115   public void testBioJsUpdate()
 116   {
 117     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
 118     AssertJUnit
 119             .assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
 120     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
 121     AssertJUnit.assertNotNull("Null response read from url!", response);
 122     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 123     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 124     System.out.println(">>> latest version : "
 125             + repository.getLatestReleaseVersion());
 126     System.out.println(">>> repo count : "
 127             + repository.getReleases().size());
 128     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 129     {
 130       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 131       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 132       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 133     }
 134   }
 135
 136   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 137   {
 138     try
 139     {
 140       final URL url = new URL(urlString);
 141       final URLConnection conn = url.openConnection();
 142       conn.connect();
 143       return true;
 144     } catch (MalformedURLException e)
 145     {
 146       throw new RuntimeException(e);
 147     } catch (IOException e)
 148     {
 149       return false;
 150     }
 151   }
 152 }