test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.json.binding.biojs.BioJSReleasePojo;
  24 import jalview.json.binding.biojs.BioJSRepositoryPojo;
  25
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.net.MalformedURLException;
  29 import java.net.URISyntaxException;
  30 import java.net.URL;
  31 import java.net.URLConnection;
  32 import java.util.TreeMap;
  33
  34 import org.testng.Assert;
  35 import org.testng.AssertJUnit;
  36 import org.testng.annotations.Test;
  37
  38 public class BioJsHTMLOutputTest
  39 {
  40
  41   @Test(groups = { "Functional" })
  42   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  43   {
  44     String bjsTemplate = null;
  45     try
  46     {
  47       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  48       try
  49       {
  50         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  51         // version of BioJS template
  52         Thread.sleep(1000 * 3);
  53       } catch (InterruptedException e)
  54       {
  55         e.printStackTrace();
  56       }
  57       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  58       // System.out.println(bjsTemplate);
  59     } catch (IOException e)
  60     {
  61       e.printStackTrace();
  62     }
  63     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  64   }
  65
  66   @Test(
  67     groups = { "Functional" },
  68     expectedExceptions = NullPointerException.class)
  69   public void expectedNullPointerException()
  70   {
  71     try
  72     {
  73       BioJsHTMLOutput.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  74     } catch (URISyntaxException e)
  75     {
  76       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  77       e.printStackTrace();
  78     }
  79   }
  80
  81   @Test(groups = { "Functional" })
  82   public void getBioJsMSAVersions()
  83   {
  84     TreeMap<String, File> versions = null;
  85     try
  86     {
  87       BioJsHTMLOutput
  88               .refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  89       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  90     } catch (URISyntaxException e)
  91     {
  92       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  93       e.printStackTrace();
  94     }
  95     AssertJUnit.assertNotNull("No versions found", versions);
  96     AssertJUnit.assertTrue("One or more Templates required",
  97             versions.size() > 0);
  98     System.out
  99             .println("Number of discovered versions : " + versions.size());
 100     for (String v : versions.keySet())
 101     {
 102       System.out.println("version : " + v);
 103       System.out.println("File : " + versions.get(v));
 104     }
 105
 106     System.out.println("\nCurrent latest version : "
 107             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
 108     AssertJUnit.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
 109             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
 110
 111   }
 112
 113   @Test(groups = { "Network" })
 114   public void testBioJsUpdate()
 115   {
 116     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
 117     AssertJUnit
 118             .assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
 119     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
 120     AssertJUnit.assertNotNull("Null response read from url!", response);
 121     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 122     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 123     System.out.println(">>> latest version : "
 124             + repository.getLatestReleaseVersion());
 125     System.out.println(">>> repo count : "
 126             + repository.getReleases().size());
 127     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 128     {
 129       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 130       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 131       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 132     }
 133   }
 134
 135   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 136   {
 137     try
 138     {
 139       final URL url = new URL(urlString);
 140       final URLConnection conn = url.openConnection();
 141       conn.connect();
 142       return true;
 143     } catch (MalformedURLException e)
 144     {
 145       throw new RuntimeException(e);
 146     } catch (IOException e)
 147     {
 148       return false;
 149     }
 150   }
 151 }