test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.json.binding.biojs.BioJSReleasePojo;
   4 import jalview.json.binding.biojs.BioJSRepositoryPojo;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.net.MalformedURLException;
   9 import java.net.URISyntaxException;
  10 import java.net.URL;
  11 import java.net.URLConnection;
  12 import java.util.TreeMap;
  13
  14 import org.testng.Assert;
  15 import org.testng.AssertJUnit;
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 public class BioJsHTMLOutputTest
  19 {
  20
  21   @Test(groups = { "Functional" })
  22   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  23   {
  24     String bjsTemplate = null;
  25     try
  26     {
  27       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  28       try
  29       {
  30         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  31         // version of BioJS template
  32         Thread.sleep(1000 * 3);
  33       } catch (InterruptedException e)
  34       {
  35         e.printStackTrace();
  36       }
  37       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  38       // System.out.println(bjsTemplate);
  39     } catch (IOException e)
  40     {
  41       e.printStackTrace();
  42     }
  43     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  44   }
  45
  46   @Test(
  47     groups = { "Functional" },
  48     expectedExceptions = NullPointerException.class)
  49   public void expectedNullPointerException()
  50   {
  51     try
  52     {
  53       BioJsHTMLOutput.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  54     } catch (URISyntaxException e)
  55     {
  56       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  57       e.printStackTrace();
  58     }
  59   }
  60
  61   @Test(groups = { "Functional" })
  62   public void getBioJsMSAVersions()
  63   {
  64     TreeMap<String, File> versions = null;
  65     try
  66     {
  67       BioJsHTMLOutput
  68               .refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  69       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  70     } catch (URISyntaxException e)
  71     {
  72       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  73       e.printStackTrace();
  74     }
  75     AssertJUnit.assertNotNull("No versions found", versions);
  76     AssertJUnit.assertTrue("One or more Templates required",
  77             versions.size() > 0);
  78     System.out
  79             .println("Number of discovered versions : " + versions.size());
  80     for (String v : versions.keySet())
  81     {
  82       System.out.println("version : " + v);
  83       System.out.println("File : " + versions.get(v));
  84     }
  85
  86     System.out.println("\nCurrent latest version : "
  87             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  88     AssertJUnit.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
  89             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  90
  91   }
  92
  93   @Test(groups = { "Network" })
  94   public void testBioJsUpdate()
  95   {
  96     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
  97     AssertJUnit
  98             .assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
  99     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
 100     AssertJUnit.assertNotNull("Null response read from url!", response);
 101     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 102     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 103     System.out.println(">>> latest version : "
 104             + repository.getLatestReleaseVersion());
 105     System.out.println(">>> repo count : "
 106             + repository.getReleases().size());
 107     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 108     {
 109       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 110       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 111       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 112     }
 113   }
 114
 115   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 116   {
 117     try
 118     {
 119       final URL url = new URL(urlString);
 120       final URLConnection conn = url.openConnection();
 121       conn.connect();
 122       return true;
 123     } catch (MalformedURLException e)
 124     {
 125       throw new RuntimeException(e);
 126     } catch (IOException e)
 127     {
 128       return false;
 129     }
 130   }
 131 }