test/jalview/io/ExonerateGffTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   5 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
   6
   7 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.Mapping;
  10 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.gui.AlignFrame;
  13
  14 import java.util.Set;
  15
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 /**
  19  * Tests of use cases that include parsing exonerate GFF 'similarity' features.
  20  * These describe mappings between protein and cDNA
  21  *
  22  * @author gmcarstairs
  23  *
  24  */
  25 public class ExonerateGffTest
  26 {
  27
  28   /**
  29    * Test the case where we load a protein ('query') sequence, then exonerateGff
  30    * describing its mapping to cDNA, and then a DNA sequence including the
  31    * mapped region
  32    */
  33   @Test(groups = "Functional")
  34   public void testLoadProteinGffCdna()
  35   {
  36     String proteinSeq = ">prot1/10-16\nYCWRSGA";
  37     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  38             proteinSeq, FormatAdapter.PASTE);
  39     /*
  40      * exonerate map of residues 11-15 (CWRSG) to bases 10-24 in sequence 'dna1'
  41      * starting at position 10 (forward strand)
  42      */
  43     String exonerateGff = "##gff-version 2\n"
  44             + "prot1\tprotein2genome\tsimilarity\t11\t15\t99\t+\t.\talignment_id 0 ; Target dna1 ; Align 11 10 5";
  45     af.loadJalviewDataFile(exonerateGff, FormatAdapter.PASTE, null, null);
  46
  47     /*
  48      * check we have a mapping from prot1 to SequenceDummy 'dna1'
  49      */
  50     AlignmentI dataset = af.getViewport().getAlignment().getDataset();
  51     assertEquals(1, dataset.getSequences().size());
  52     assertEquals("prot1", dataset.getSequenceAt(0).getName());
  53     assertEquals("YCWRSGA", dataset.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
  54     Set<AlignedCodonFrame> mappings = dataset.getCodonFrames();
  55     assertEquals(1, mappings.size());
  56     AlignedCodonFrame mapping = mappings.iterator().next();
  57     SequenceI mappedDna = mapping.getDnaForAaSeq(dataset.getSequenceAt(0));
  58     assertTrue(mappedDna instanceof SequenceDummy);
  59     assertEquals("dna1", mappedDna.getName());
  60     Mapping[] mapList = mapping.getProtMappings();
  61     assertEquals(1, mapList.length);
  62     // 11 in protein should map to codon [10, 11, 12] in dna
  63     int[] mappedRegion = mapList[0].getMap().locateInFrom(11, 11);
  64     assertArrayEquals(new int[] { 10, 12 }, mappedRegion);
  65     // 15 in protein should map to codon [22, 23, 24] in dna
  66     mappedRegion = mapList[0].getMap().locateInFrom(15, 15);
  67     assertArrayEquals(new int[] { 22, 24 }, mappedRegion);
  68
  69     // so far so good; TODO: programmatically add mapped sequences
  70     // and verify the mappings are 'realised'
  71   }
  72 }