test/jalview/io/FastaFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class FastaFileTest
  34 {
  35   @Test(groups = "Functional")
  36   public void testParse_rnaFasta() throws IOException
  37   {
  38     String rnaseq = "gGGGGCCACAGCAGAAGCGUUCACGUCGCAGCCCCUGUCAGCCAUUGCACUCCGGCUGCGAAUUCUGCU",
  39             rnastruct = "[[[[[[...((((((((((.......))).]]]]]]..(((((..........)))))....)))))))";
  40     //@formatter:off
  41     String rna_fasta = ">strand_B\n"
  42             + rnaseq+"\n"
  43             + rnastruct+"\n";
  44     //@formatter:on
  45     FastaFile cf = new FastaFile(rna_fasta, DataSourceType.PASTE);
  46     SequenceI[] seqs = cf.getSeqsAsArray();
  47     AlignmentAnnotation[] aa = cf.annotations.toArray(new AlignmentAnnotation[1]);
  48     assertEquals(seqs.length, 1);
  49     assertEquals(seqs[0].getName(), "strand_B");
  50     assertEquals(seqs[0].getStart(), 1);
  51     assertEquals(seqs[0].getEnd(), 69);
  52     assertTrue(seqs[0].getSequenceAsString().endsWith("UUCUGCU"));
  53     assertTrue(seqs[0].getAnnotation()!=null);
  54     assertEquals(seqs[0].getAnnotation().length,1);
  55     assertEquals(seqs[0].getAnnotation()[0].getRNAStruc(),rnastruct);
  56   }
  57 }