test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.io;
   5
   6 import static org.junit.Assert.*;
   7
   8 import java.io.File;
   9 import java.io.IOException;
  10
  11 import org.junit.AfterClass;
  12 import org.junit.BeforeClass;
  13 import org.junit.Test;
  14
  15 /**
  16  * @author jimp
  17  *
  18  */
  19 public class FileIOTester
  20 {
  21
  22   /**
  23    * @throws java.lang.Exception
  24    */
  25   @BeforeClass
  26   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  27   {
  28   }
  29
  30   /**
  31    * @throws java.lang.Exception
  32    */
  33   @AfterClass
  34   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  35   {
  36   }
  37 final static File ALIGN_FILE = new File("test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  38
  39   @Test
  40   public void testGzipIo() throws IOException
  41   {
  42     String uri;
  43     FileParse fp = new FileParse(uri=ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI().toString(),AppletFormatAdapter.URL);
  44     assertTrue("Couldn't resolve "+uri+" as a valid file",fp.isValid());
  45     String type = new IdentifyFile().Identify(fp);
  46     assertTrue("Gzipped data from '"+uri+"' identified as '"+type+"'",type.equalsIgnoreCase("FASTA"));
  47   }
  48
  49 }