JAL-2068 minimised jalview.gui imports, test for removeAnnotation
[jalview.git] / test / jalview / io / FileIOTester.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import java.io.File;
24 import java.io.IOException;
25
26 import org.testng.AssertJUnit;
27 import org.testng.annotations.AfterClass;
28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
29 import org.testng.annotations.Test;
30
31 /**
32  * @author jimp
33  * 
34  */
35 public class FileIOTester
36 {
37
38   /**
39    * @throws java.lang.Exception
40    */
41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
42   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
43   {
44   }
45
46   /**
47    * @throws java.lang.Exception
48    */
49   @AfterClass
50   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
51   {
52   }
53
54   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
55
56   final static File ALIGN_FILE = new File(
57           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
58
59   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
60           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
61
62   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
63           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
64
65   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
66           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
67
68   private void assertValidFormat(String fmt, String src, FileParse fp)
69   {
70     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file",
71             fp.isValid());
72     String type = new IdentifyFile().identify(fp);
73     AssertJUnit.assertTrue("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
74             + "' identified as '" + type + "'", type.equalsIgnoreCase(fmt));
75   }
76
77   @Test(groups = { "Functional" })
78   public void testStarsInFasta1() throws IOException
79   {
80     String uri;
81     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
82             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
83     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
84   }
85
86   @Test(groups = { "Functional" })
87   public void testStarsInFasta2() throws IOException
88   {
89     String uri;
90     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
91             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
92     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
93   }
94
95   @Test(groups = { "Functional" })
96   public void testGzipIo() throws IOException
97   {
98     String uri;
99     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
100             .toString(), AppletFormatAdapter.URL);
101     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
102   }
103
104   @Test(groups = { "Functional" })
105   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
106   {
107     String filepath;
108     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
109             .toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
110     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
111   }
112
113   @Test(groups = { "Functional" })
114   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
115   {
116     String uri;
117     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
118             .toURI().toString(), AppletFormatAdapter.URL);
119     assertValidFormat("FASTA", uri, fp);
120   }
121
122   @Test(groups = { "Functional" })
123   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
124   {
125     String filepath;
126     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
127             .getAbsoluteFile().toString(), AppletFormatAdapter.FILE);
128     assertValidFormat("FASTA", filepath, fp);
129   }
130 }