JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / io / FileIOTester.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import jalview.gui.JvOptionPane;
24
25 import java.io.File;
26 import java.io.IOException;
27
28 import org.testng.AssertJUnit;
29 import org.testng.annotations.AfterClass;
30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
31 import org.testng.annotations.Test;
32
33 /**
34  * @author jimp
35  * 
36  */
37 public class FileIOTester
38 {
39
40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
41   public void setUpJvOptionPane()
42   {
43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
45   }
46
47   /**
48    * @throws java.lang.Exception
49    */
50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
51   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
52   {
53   }
54
55   /**
56    * @throws java.lang.Exception
57    */
58   @AfterClass(alwaysRun = true)
59   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
60   {
61   }
62
63   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
64
65   final static File ALIGN_FILE = new File(
66           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
67
68   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
69           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
70
71   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
72           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
73
74   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
75           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
76
77   private void assertValidFormat(FileFormatI fmt, String src, FileParse fp)
78           throws FileFormatException
79   {
80     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file",
81             fp.isValid());
82     FileFormatI type = new IdentifyFile().identify(fp);
83     AssertJUnit.assertSame("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
84             + "' identified as '" + type + "'", type, fmt);
85   }
86
87   @Test(groups = { "Functional" })
88   public void testStarsInFasta1() throws IOException
89   {
90     String uri;
91     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
92             .toString(), DataSourceType.FILE);
93     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
94   }
95
96   @Test(groups = { "Functional" })
97   public void testStarsInFasta2() throws IOException
98   {
99     String uri;
100     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
101             .toString(), DataSourceType.FILE);
102     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
103   }
104
105   @Test(groups = { "Functional" })
106   public void testGzipIo() throws IOException
107   {
108     String uri;
109     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
110             .toString(), DataSourceType.URL);
111     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
112   }
113
114   @Test(groups = { "Functional" })
115   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
116   {
117     String filepath;
118     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
119             .toString(), DataSourceType.FILE);
120     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
121   }
122
123   @Test(groups = { "Functional" })
124   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
125   {
126     String uri;
127     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
128             .toURI().toString(), DataSourceType.URL);
129     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
130   }
131
132   @Test(groups = { "Functional" })
133   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
134   {
135     String filepath;
136     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
137             .getAbsoluteFile().toString(), DataSourceType.FILE);
138     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
139   }
140 }