test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.gui.JvOptionPane;
  24
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.IOException;
  27
  28 import org.testng.AssertJUnit;
  29 import org.testng.annotations.AfterClass;
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 /**
  34  * @author jimp
  35  *
  36  */
  37 public class FileIOTester
  38 {
  39
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpJvOptionPane()
  42   {
  43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  45   }
  46
  47   /**
  48    * @throws java.lang.Exception
  49    */
  50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  51   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  52   {
  53   }
  54
  55   /**
  56    * @throws java.lang.Exception
  57    */
  58   @AfterClass(alwaysRun = true)
  59   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  60   {
  61   }
  62
  63   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  64
  65   final static File ALIGN_FILE = new File(
  66           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  67
  68   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
  69           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  70
  71   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
  72           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  73
  74   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
  75           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  76
  77   private void assertValidFormat(FileFormatI fmt, String src, FileParse fp)
  78           throws FileFormatException
  79   {
  80     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file",
  81             fp.isValid());
  82     FileFormatI type = new IdentifyFile().identify(fp);
  83     AssertJUnit.assertSame("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
  84             + "' identified as '" + type + "'", type, fmt);
  85   }
  86
  87   @Test(groups = { "Functional" })
  88   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  89   {
  90     String uri;
  91     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
  92             .toString(), DataSourceType.FILE);
  93     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
  94   }
  95
  96   @Test(groups = { "Functional" })
  97   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  98   {
  99     String uri;
 100     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
 101             .toString(), DataSourceType.FILE);
 102     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testGzipIo() throws IOException
 107   {
 108     String uri;
 109     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
 110             .toString(), DataSourceType.URL);
 111     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 112   }
 113
 114   @Test(groups = { "Functional" })
 115   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
 116   {
 117     String filepath;
 118     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 119             .toString(), DataSourceType.FILE);
 120     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
 121   }
 122
 123   @Test(groups = { "Functional" })
 124   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
 125   {
 126     String uri;
 127     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 128             .toURI().toString(), DataSourceType.URL);
 129     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 130   }
 131
 132   @Test(groups = { "Functional" })
 133   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 134   {
 135     String filepath;
 136     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
 137             .getAbsoluteFile().toString(), DataSourceType.FILE);
 138     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
 139   }
 140 }