test/jalview/io/FileIOTester.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25
  26 import org.testng.AssertJUnit;
  27 import org.testng.annotations.AfterClass;
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 /**
  32  * @author jimp
  33  *
  34  */
  35 public class FileIOTester
  36 {
  37
  38   /**
  39    * @throws java.lang.Exception
  40    */
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  43   {
  44   }
  45
  46   /**
  47    * @throws java.lang.Exception
  48    */
  49   @AfterClass(alwaysRun = true)
  50   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  51   {
  52   }
  53
  54   // TODO: make a better/more comprehensive test harness for identify/io
  55
  56   final static File ALIGN_FILE = new File(
  57           "test/jalview/io/test_gz_fasta.gz");
  58
  59   final static File NOTGZALIGN_FILE = new File(
  60           "test/jalview/io/test_gz_fasta_notgz.gz");
  61
  62   final static File STARS_FA_FILE1 = new File(
  63           "test/jalview/io/test_fasta_stars.fa");
  64
  65   final static File STARS_FA_FILE2 = new File(
  66           "test/jalview/io/test_fasta_stars2.fa");
  67
  68   private void assertValidFormat(FileFormatI fmt, String src, FileParse fp)
  69           throws FileFormatException
  70   {
  71     AssertJUnit.assertTrue("Couldn't resolve " + src + " as a valid file",
  72             fp.isValid());
  73     FileFormatI type = new IdentifyFile().identify(fp);
  74     AssertJUnit.assertSame("Data from '" + src + "' Expected to be '" + fmt
  75             + "' identified as '" + type + "'", type, fmt);
  76   }
  77
  78   @Test(groups = { "Functional" })
  79   public void testStarsInFasta1() throws IOException
  80   {
  81     String uri;
  82     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE1.getAbsoluteFile()
  83             .toString(), DataSourceType.FILE);
  84     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
  85   }
  86
  87   @Test(groups = { "Functional" })
  88   public void testStarsInFasta2() throws IOException
  89   {
  90     String uri;
  91     FileParse fp = new FileParse(uri = STARS_FA_FILE2.getAbsoluteFile()
  92             .toString(), DataSourceType.FILE);
  93     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
  94   }
  95
  96   @Test(groups = { "Functional" })
  97   public void testGzipIo() throws IOException
  98   {
  99     String uri;
 100     FileParse fp = new FileParse(uri = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile().toURI()
 101             .toString(), DataSourceType.URL);
 102     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testGziplocalFileIO() throws IOException
 107   {
 108     String filepath;
 109     FileParse fp = new FileParse(filepath = ALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 110             .toString(), DataSourceType.FILE);
 111     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
 112   }
 113
 114   @Test(groups = { "Functional" })
 115   public void testNonGzipURLIO() throws IOException
 116   {
 117     String uri;
 118     FileParse fp = new FileParse(uri = NOTGZALIGN_FILE.getAbsoluteFile()
 119             .toURI().toString(), DataSourceType.URL);
 120     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, uri, fp);
 121   }
 122
 123   @Test(groups = { "Functional" })
 124   public void testNonGziplocalFileIO() throws IOException
 125   {
 126     String filepath;
 127     FileParse fp = new FileParse(filepath = NOTGZALIGN_FILE
 128             .getAbsoluteFile().toString(), DataSourceType.FILE);
 129     assertValidFormat(FileFormat.Fasta, filepath, fp);
 130   }
 131 }