test/jalview/io/FormatAdapterTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  26
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  36 import org.testng.annotations.DataProvider;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class FormatAdapterTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Test saving and re-reading in a specified format
  51    *
  52    * @throws IOException
  53    */
  54   @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "formats")
  55   public void testRoundTrip(FileFormatI format) throws IOException
  56   {
  57     try
  58     {
  59       AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile("examples/uniref50.fa",
  60               DataSourceType.FILE, FileFormat.Fasta);
  61
  62       /*
  63        * 'gap' is the gap character used in the alignment data file here,
  64        * not the user preferred gap character
  65        */
  66       char gap = al.getGapCharacter();
  67       assertNotNull(al);
  68
  69       SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
  70       String formatted = new FormatAdapter().formatSequences(format, al,
  71               false);
  72
  73       AlignmentI reloaded = new FormatAdapter().readFile(formatted,
  74               DataSourceType.PASTE, format);
  75       List<SequenceI> reread = reloaded.getSequences();
  76       assertEquals("Wrong number of reloaded sequences", seqs.length,
  77               reread.size());
  78
  79       int i = 0;
  80       for (SequenceI seq : reread)
  81       {
  82         String sequenceString = seq.getSequenceAsString();
  83
  84         /*
  85          * special case: MSF always uses '.' as gap character
  86          */
  87         sequenceString = adjustForGapTreatment(sequenceString, gap, format);
  88         assertEquals(String.format("Sequence %d: %s", i, seqs[i].getName()),
  89                 seqs[i].getSequenceAsString(), sequenceString);
  90         i++;
  91       }
  92     } catch (IOException e)
  93     {
  94       fail(String.format("Format %s failed with %s", format,
  95               e.getMessage()));
  96     }
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Optionally change the gap character in the string to the given character,
 101    * depending on the sequence file format
 102    *
 103    * @param sequenceString
 104    *          a sequence (as written in 'format' format)
 105    * @param gap
 106    *          the sequence's original gap character
 107    * @param format
 108    * @return
 109    */
 110   String adjustForGapTreatment(String sequenceString, char gap,
 111           FileFormatI format)
 112   {
 113     if (FileFormat.MSF.equals(format))
 114     {
 115       /*
 116        * MSF forces gap character to '.', so change it back
 117        * for comparison purposes
 118        */
 119       sequenceString = sequenceString.replace('.', gap);
 120     }
 121     return sequenceString;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Data provider that serves alignment formats that are both readable and
 126    * (text) writable
 127    *
 128    * @return
 129    */
 130   @DataProvider(name = "formats")
 131   static Object[][] getFormats()
 132   {
 133     List<FileFormatI> both = new ArrayList<FileFormatI>();
 134     for (FileFormatI format : FileFormats.getInstance().getFormats())
 135     {
 136       if (format.isReadable() && format.isWritable()
 137               && format.isTextFormat())
 138       {
 139         both.add(format);
 140       }
 141     }
 142
 143     Object[][] formats = new Object[both.size()][];
 144     int i = 0;
 145     for (FileFormatI format : both)
 146     {
 147       formats[i] = new Object[] { format };
 148       i++;
 149     }
 150     return formats;
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Enable this to isolate testing to a single file format
 155    *
 156    * @throws IOException
 157    */
 158   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 159   public void testOneFormatRoundTrip() throws IOException
 160   {
 161     testRoundTrip(FileFormat.Json);
 162   }
 163 }