test/jalview/io/Gff3tests.java

   1 package jalview.io;
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   3 import jalview.gui.AlignFrame;
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   5 import org.junit.Assert;
   6 import org.junit.Test;
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   8 public class Gff3tests
   9 {
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  11   private static String exonerateSeqs = "examples/testdata/exonerateseqs.fa",
  12           exonerateOutput = "examples/testdata/exonerateoutput.gff";
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  14   @Test
  15   public void testExonerateImport()
  16   {
  17     // exonerate does not tag sequences after features, so we have a more
  18     // conventional annotation import test here
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  20     FileLoader loader = new FileLoader(false);
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  22     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(exonerateSeqs,
  23             FormatAdapter.FILE);
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  25     Assert.assertEquals("Unexpected number of DNA protein associations", 0,
  26             af.getViewport().getAlignment().getCodonFrames().size());
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  28     af.loadJalviewDataFile(exonerateOutput, FormatAdapter.FILE, null, null);
  29
  30     Assert.assertNotEquals("Expected at least one DNA protein association",
  31             0, af.getViewport().getAlignment().getCodonFrames().size());
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  34   }
  35   // @Test
  36   // public final void testPrintGFFFormatSequenceIArrayMapOfStringObject()
  37   // {
  38   // fail("Not yet implemented");
  39   // }
  40   //
  41   // @Test
  42   // public final void testAlignFileBooleanStringString()
  43   // {
  44   // fail("Not yet implemented");
  45   // }
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  47 }