test/jalview/io/Gff3tests.java

   1 package jalview.io;
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   3 import jalview.gui.AlignFrame;
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   5 import org.junit.Assert;
   6 import org.junit.Test;
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   8 public class Gff3tests
   9 {
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  11   private static String exonerateSeqs = "examples/testdata/exonerateseqs.fa",
  12           exonerateOutput = "examples/testdata/exonerateoutput.gff";
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  14   @Test
  15   public void testExonerateImport()
  16   {
  17     // exonerate does not tag sequences after features, so we have a more
  18     // conventional annotation import test here
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  20     FileLoader loader = new FileLoader(false);
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  22     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(exonerateSeqs,
  23             FormatAdapter.FILE);
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  25     Assert.assertEquals("Unexpected number of DNA protein associations", 0,
  26             af.getViewport().getAlignment().getCodonFrames().size());
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  28     af.loadJalviewDataFile(exonerateOutput, FormatAdapter.FILE, null, null);
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  30     Assert.assertNotEquals("Expected at least one DNA protein association",
  31             0, af.getViewport().getAlignment().getDataset()
  32                     .getCodonFrames().size());
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  35   }
  36   // @Test
  37   // public final void testPrintGFFFormatSequenceIArrayMapOfStringObject()
  38   // {
  39   // fail("Not yet implemented");
  40   // }
  41   //
  42   // @Test
  43   // public final void testAlignFileBooleanStringString()
  44   // {
  45   // fail("Not yet implemented");
  46   // }
  47
  48 }