test/jalview/io/HMMFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5
   6 import java.io.BufferedReader;
   7 import java.io.File;
   8 import java.io.FileReader;
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Scanner;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class HMMFileTest {
  17
  18   HMMFile testFile = new HMMFile("H:/HMMERFile.txt");
  19
  20   File file = new File("H:/HMMERFile.txt");
  21
  22   HMMFile testFile2 = new HMMFile("H:/EmptyFile.txt");
  23
  24   File file2 = new File("H:/EmptyFile.txt");
  25
  26   HMMFile testFile3 = new HMMFile("H:/HMMERFile2.txt");
  27
  28   File file3 = new File("H:/HMMERFile2.txt");
  29
  30   HMMFile testFile4 = new HMMFile("H:/HMMERFile.txt");
  31
  32   File file4 = new File("H:/HMMERFile.txt");
  33
  34   @Test
  35   public void testParse() throws IOException
  36   {
  37     HMMFile integrationTestFile = new HMMFile("H:/HMMTutorialExample.hmm");
  38     integrationTestFile.parse();
  39
  40     // file properties
  41     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getName(), "MADE1");
  42     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAccessionNumber(),
  43             "DF0000629.2");
  44     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getDescription(),
  45             "MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon");
  46     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getLength().intValue(), 80);
  47     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMaxInstanceLength().intValue(),
  48             426);
  49     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAlphabetType(), "DNA");
  50     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getReferenceAnnotationFlag(),
  51             true);
  52     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getModelMaskedFlag(), false);
  53     assertEquals(
  54             integrationTestFile.hmm.getConsensusResidueAnnotationFlag(),
  55             true);
  56     assertEquals(
  57             integrationTestFile.hmm.getConsensusStructureAnnotationFlag(),
  58             false);
  59     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMapAnnotationFlag(), true);
  60     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getDate(),
  61             "Tue Feb 19 20:33:41 2013");
  62     assertNull(integrationTestFile.hmm.getCommandLineLog());
  63     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getSequenceNumber().intValue(),
  64             1997);
  65     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getEffectiveSequenceNumber(),
  66             3.911818, 4d);
  67     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getCheckSum().longValue(),
  68             3015610723l);
  69     assertNull(integrationTestFile.hmm.getGatheringThreshold1());
  70     assertNull(integrationTestFile.hmm.getGatheringThreshold2());
  71     assertNull(integrationTestFile.hmm.getTrustedCutoff1());
  72     assertNull(integrationTestFile.hmm.getTrustedCutoff2());
  73     assertNull(integrationTestFile.hmm.getNoiseCutoff1());
  74     assertNull(integrationTestFile.hmm.getNoiseCutoff2());
  75     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getSlopeOfDistribution("MSV"),
  76             -8.5786, 4d);
  77     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getSlopeOfDistribution("VITERBI"),
  78             -9.3632, 4d);
  79     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getSlopeOfDistribution("FORWARD"),
  80             -3.4823, 4d);
  81     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getLocationOfDistribution("MSV"),
  82             0.71858, 4d);
  83     assertEquals(
  84             integrationTestFile.hmm.getLocationOfDistribution("VITERBI"),
  85             0.71858, 4d);
  86     assertEquals(
  87             integrationTestFile.hmm.getLocationOfDistribution("FORWARD"),
  88             0.71858, 4d);
  89
  90     List<Character> symbols = new ArrayList<>();
  91     symbols.add('A');
  92     symbols.add('C');
  93     symbols.add('G');
  94     symbols.add('T');
  95
  96     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getSymbols(), symbols);
  97
  98     List<Double> averages = new ArrayList<>();
  99     averages.add(1.24257);
 100     averages.add(1.59430);
 101     averages.add(1.62906);
 102     averages.add(1.16413);
 103
 104     assertEquals(integrationTestFile.hmm
 105             .getAverageMatchStateEmissionProbabilities(), averages);
 106
 107     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertZeroEmissions().get(2),
 108             1.38629);
 109     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertZeroEmissions().get(3),
 110             1.38629);
 111
 112     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getBeginStateTransitions().get(1),
 113             3.94183);
 114     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getBeginStateTransitions().get(4),
 115             0.26236);
 116
 117     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(1).get(1),
 118             2.37873);
 119     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(8).get(0),
 120             2.16916);
 121     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(12).get(2),
 122             2.32214);
 123     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(43).get(3),
 124             2.60783);
 125     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(54).get(2),
 126             2.46442);
 127     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(23).get(2),
 128             2.50691);
 129     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(56).get(1),
 130             2.32720);
 131     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(65).get(0),
 132             2.79349);
 133     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(21).get(0),
 134             2.54484);
 135     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(79).get(3),
 136             2.88183);
 137     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getMatchEmissions().get(76).get(3),
 138             1.84373);
 139
 140     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(23).get(0),
 141             1.35803);
 142     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(54).get(3),
 143             1.46331);
 144     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(65).get(3),
 145             1.39101);
 146     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(57).get(2),
 147             1.38112);
 148     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(42).get(1),
 149             1.58747);
 150     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(12).get(3),
 151             1.38740);
 152     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(6).get(1),
 153             1.38524);
 154     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(59).get(0),
 155             1.03649);
 156     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(78).get(0),
 157             1.38629);
 158     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(17).get(2),
 159             1.39937);
 160     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getInsertEmissions().get(0).get(2),
 161             1.38629);
 162
 163     assertEquals(
 164             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(13).get(1),
 165             4.02482);
 166     assertEquals(
 167             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(64).get(2),
 168             4.03073);
 169     assertEquals(
 170             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(45).get(6),
 171             0.42814);
 172     assertEquals(
 173             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(71).get(4),
 174             0.28542);
 175     assertEquals(
 176             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(32).get(5),
 177             1.18729);
 178     assertEquals(
 179             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(9).get(0),
 180             0.03536);
 181     assertEquals(
 182             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(0).get(3),
 183             1.46634);
 184     assertEquals(
 185             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(31).get(6),
 186             0.44749);
 187     assertNull(
 188             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(79).get(2));
 189     assertEquals(
 190             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(3).get(1),
 191             4.05203);
 192     assertEquals(
 193             integrationTestFile.hmm.getStateTransitions().get(16).get(4),
 194             0.26771);
 195
 196     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAlignmentColumnIndexes().get(0)
 197             .intValue(), 1);
 198     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAlignmentColumnIndexes().get(9)
 199             .intValue(), 18);
 200     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAlignmentColumnIndexes().get(12)
 201             .intValue(), 28);
 202     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAlignmentColumnIndexes().get(56)
 203             .intValue(), 999);
 204     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAlignmentColumnIndexes().get(79)
 205             .intValue(), 1112);
 206
 207     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(0).get("RF")
 208             .charValue(), 'x');
 209     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(3).get("CS")
 210             .charValue(), '-');
 211     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(65)
 212             .get("CONS").charValue(), 't');
 213     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(23).get("MM")
 214             .charValue(), '-');
 215     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(56).get("MM")
 216             .charValue(), '-');
 217     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(76).get("RF")
 218             .charValue(), 'x');
 219     assertEquals(integrationTestFile.hmm.getAnnotations().get(79)
 220             .get("CONS").charValue(), 'a');
 221
 222   }
 223
 224   @Test
 225   public void testParseFileProperties() throws IOException
 226   {
 227     FileReader fr = new FileReader(file);
 228     BufferedReader br = new BufferedReader(fr);
 229     testFile.parseFileProperties(br);
 230     br.close();
 231     fr.close();
 232     assertEquals(testFile.hmm.getName(), "fn3");
 233     assertEquals(testFile.hmm.getAccessionNumber(), "PF00041.13");
 234     assertEquals(testFile.hmm.getDescription(),
 235             "Fibronectin type III domain");
 236     assertEquals(testFile.hmm.getLength().intValue(), 4);
 237     assertNull(testFile.hmm.getMaxInstanceLength());
 238     assertEquals(testFile.hmm.getAlphabetType(), "amino");
 239     assertEquals(testFile.hmm.getReferenceAnnotationFlag(), false);
 240     assertEquals(testFile.hmm.getModelMaskedFlag(), false);
 241     assertEquals(testFile.hmm.getConsensusResidueAnnotationFlag(), true);
 242     assertEquals(testFile.hmm.getConsensusStructureAnnotationFlag(), true);
 243     assertEquals(testFile.hmm.getMapAnnotationFlag(), true);
 244     assertEquals(testFile.hmm.getDate(), "Fri Feb 15 06:04:13 2013");
 245     assertNull(testFile.hmm.getCommandLineLog());
 246     assertEquals(testFile.hmm.getSequenceNumber().intValue(), 106);
 247     assertEquals(testFile.hmm.getEffectiveSequenceNumber(), 11.415833, 4d);
 248     assertEquals(testFile.hmm.getCheckSum().longValue(), 3564431818l);
 249     assertEquals(testFile.hmm.getGatheringThreshold1(), 8.00, 2d);
 250     assertEquals(testFile.hmm.getGatheringThreshold2(), 7.20, 2d);
 251     assertEquals(testFile.hmm.getTrustedCutoff1(), 8.00, 2d);
 252     assertEquals(testFile.hmm.getTrustedCutoff2(), 7.20, 2d);
 253     assertEquals(testFile.hmm.getNoiseCutoff1(), 7.90, 2d);
 254     assertEquals(testFile.hmm.getNoiseCutoff2(), 7.90, 2d);
 255     assertEquals(testFile.hmm.getSlopeOfDistribution("MSV"), -9.4043, 4d);
 256     assertEquals(testFile.hmm.getSlopeOfDistribution("VITERBI"), -9.7737,
 257             4d);
 258     assertEquals(testFile.hmm.getSlopeOfDistribution("FORWARD"), -3.8341,
 259             4d);
 260     assertEquals(testFile.hmm.getLocationOfDistribution("MSV"), 0.71847,
 261             4d);
 262     assertEquals(testFile.hmm.getLocationOfDistribution("VITERBI"), 0.71847,
 263             4d);
 264     assertEquals(testFile.hmm.getLocationOfDistribution("FORWARD"), 0.71847,
 265             4d);
 266
 267     FileReader fr2 = new FileReader(file2);
 268     BufferedReader br2 = new BufferedReader(fr2);
 269     testFile2.parseFileProperties(br2);
 270     br2.close();
 271     fr2.close();
 272
 273     assertNull(testFile2.hmm.getName());
 274     assertNull(testFile2.hmm.getAccessionNumber());
 275     assertNull(testFile2.hmm.getDescription());
 276     assertNull(testFile2.hmm.getLength());
 277     assertNull(testFile2.hmm.getMaxInstanceLength());
 278     assertNull(testFile2.hmm.getAlphabetType());
 279     assertEquals(testFile2.hmm.getReferenceAnnotationFlag(), false);
 280     assertEquals(testFile2.hmm.getModelMaskedFlag(), false);
 281     assertEquals(testFile2.hmm.getConsensusResidueAnnotationFlag(), false);
 282     assertEquals(testFile2.hmm.getConsensusStructureAnnotationFlag(),
 283             false);
 284     assertEquals(testFile2.hmm.getMapAnnotationFlag(), false);
 285     assertNull(testFile2.hmm.getDate());
 286     assertNull(testFile2.hmm.getCommandLineLog());
 287     assertNull(testFile2.hmm.getSequenceNumber());
 288     assertNull(testFile2.hmm.getEffectiveSequenceNumber());
 289     assertNull(testFile2.hmm.getCheckSum());
 290     assertNull(testFile2.hmm.getGatheringThreshold1());
 291     assertNull(testFile2.hmm.getGatheringThreshold2());
 292     assertNull(testFile2.hmm.getTrustedCutoff1());
 293     assertNull(testFile2.hmm.getTrustedCutoff2());
 294     assertNull(testFile2.hmm.getNoiseCutoff1());
 295     assertNull(testFile2.hmm.getNoiseCutoff2());
 296     assertNull(testFile2.hmm.getSlopeOfDistribution("MSV"));
 297     assertNull(testFile2.hmm.getSlopeOfDistribution("VITERBI"));
 298     assertNull(testFile2.hmm.getSlopeOfDistribution("FORWARD"));
 299     assertNull(testFile2.hmm.getLocationOfDistribution("MSV"));
 300     assertNull(testFile2.hmm.getLocationOfDistribution("VITERBI"));
 301     assertNull(testFile2.hmm.getLocationOfDistribution("FORWARD"));
 302
 303     FileReader fr3 = new FileReader(file3);
 304     BufferedReader br3 = new BufferedReader(fr3);
 305     testFile3.parseFileProperties(br3);
 306     br3.close();
 307     fr3.close();
 308
 309     assertEquals(testFile3.hmm.getName(), "th4");
 310     assertEquals(testFile3.hmm.getAccessionNumber(), "PF99041.16");
 311     assertEquals(testFile3.hmm.getDescription(),
 312             "Fibronectin type I domain");
 313     assertEquals(testFile3.hmm.getLength().intValue(), 10);
 314     assertEquals(testFile3.hmm.getMaxInstanceLength().intValue(), 6);
 315     assertEquals(testFile3.hmm.getAlphabetType(), "amino");
 316     assertEquals(testFile3.hmm.getReferenceAnnotationFlag(), true);
 317     assertEquals(testFile3.hmm.getModelMaskedFlag(), false);
 318     assertEquals(testFile3.hmm.getConsensusResidueAnnotationFlag(), false);
 319     assertEquals(testFile3.hmm.getConsensusStructureAnnotationFlag(),
 320             false);
 321     assertEquals(testFile3.hmm.getMapAnnotationFlag(), false);
 322     assertEquals(testFile3.hmm.getDate(), "Tue Jan 01 11:02:59 2000");
 323     assertEquals(testFile3.hmm.getCommandLineLog(), "this is the log");
 324     assertEquals(testFile3.hmm.getSequenceNumber().intValue(), 567);
 325     assertEquals(testFile3.hmm.getEffectiveSequenceNumber(), 15.964683, 4d);
 326     assertEquals(testFile3.hmm.getCheckSum().longValue(), 9485949654l);
 327     assertEquals(testFile3.hmm.getGatheringThreshold1(), 6.40, 2d);
 328     assertEquals(testFile3.hmm.getGatheringThreshold2(), 7.20, 2d);
 329     assertEquals(testFile3.hmm.getTrustedCutoff1(), 2.40, 2d);
 330     assertEquals(testFile3.hmm.getTrustedCutoff2(), 7.00, 2d);
 331     assertNull(testFile3.hmm.getNoiseCutoff1());
 332     assertNull(testFile3.hmm.getNoiseCutoff2());
 333     assertNull(testFile3.hmm.getSlopeOfDistribution("MSV"));
 334     assertNull(testFile3.hmm.getSlopeOfDistribution("VITERBI"));
 335     assertNull(testFile3.hmm.getSlopeOfDistribution("FORWARD"));
 336     assertNull(testFile3.hmm.getLocationOfDistribution("MSV"));
 337     assertNull(testFile3.hmm.getLocationOfDistribution("VITERBI"));
 338     assertNull(testFile3.hmm.getLocationOfDistribution("FORWARD"));
 339   }
 340
 341   /**
 342    * @Test public void testParseModel() throws IOException { HiddenMarkovModel
 343    *       hmm = new HiddenMarkovModel(); HMMFile testFile = new HMMFile(hmm,
 344    *       "H:/HMMERFile.txt"); File file = new File("H:/HMMERFile.txt");
 345    *       FileReader fr = new FileReader(file); BufferedReader br = new
 346    *       BufferedReader(fr); testFile.parseFileProperties(br);
 347    *       testFile.parseModel(br); br.close(); fr.close();
 348    *
 349    *       }
 350    **/
 351
 352   @Test
 353   public void testGetTransitionType()
 354   {
 355
 356     assertEquals(testFile.getTransitionType("mm").intValue(), 0);
 357     assertEquals(testFile.getTransitionType("mi").intValue(), 1);
 358     assertEquals(testFile.getTransitionType("md").intValue(), 2);
 359     assertEquals(testFile.getTransitionType("im").intValue(), 3);
 360     assertEquals(testFile.getTransitionType("ii").intValue(), 4);
 361     assertEquals(testFile.getTransitionType("dm").intValue(), 5);
 362     assertEquals(testFile.getTransitionType("dd").intValue(), 6);
 363     assertNull(testFile.getTransitionType("df"));
 364
 365   }
 366
 367   @Test
 368   public void testReadStats()
 369   {
 370     Scanner scanner = new Scanner("LOCAL MSV 5.6943 6.2313");
 371     testFile.readStats(scanner);
 372     assertEquals(testFile.hmm.getEValueStatistics().get("MSV")
 373             .getAlignmentModeConfiguration(), "LOCAL");
 374     assertEquals(
 375             testFile.hmm.getEValueStatistics().get("MSV")
 376                     .getSlopeOfDistribution(),
 377             5.6943, 4d);
 378     assertEquals(testFile.hmm.getEValueStatistics().get("MSV")
 379             .getLocationOfDistribution(), 6.2313, 4d);
 380     scanner.close();
 381
 382     Scanner scanner2 = new Scanner("GLOBAL VITERBI 3 -0.234");
 383     testFile.readStats(scanner2);
 384     assertEquals(testFile.hmm.getEValueStatistics().get("VITERBI")
 385             .getAlignmentModeConfiguration(), "GLOBAL");
 386     assertEquals(testFile.hmm.getEValueStatistics().get("VITERBI")
 387             .getSlopeOfDistribution(), 3, 2d);
 388     assertEquals(testFile.hmm.getEValueStatistics().get("VITERBI")
 389             .getLocationOfDistribution(), -0.234, 4d);
 390     scanner.close();
 391
 392   }
 393
 394   @Test
 395   public void testParseBeginNodeData() throws IOException
 396   {
 397     FileReader fr = new FileReader(file4);
 398     BufferedReader br = new BufferedReader(fr);
 399     for (int i = 0; i < 24; i++)
 400     {
 401       br.readLine(); // this is done to reach the begin node
 402                                          // data in the file
 403     }
 404
 405     testFile4.hmm.fillSymbols("HMM A B C D E F G H I");
 406     testFile4.parseBeginNodeData(br);
 407     ArrayList<Double> emissions = new ArrayList<>();
 408     ArrayList<Double> transitions = new ArrayList<>();
 409
 410     emissions.add(2.68618);
 411     emissions.add(4.42225);
 412     emissions.add(2.77519);
 413     emissions.add(2.73123);
 414     emissions.add(3.46354);
 415     emissions.add(2.40513);
 416     emissions.add(3.72494);
 417     emissions.add(3.29354);
 418     emissions.add(3.61503);
 419
 420     transitions.add(0.00338);
 421     transitions.add(6.08833);
 422     transitions.add(6.81068);
 423     transitions.add(0.61958);
 424     transitions.add(0.77255);
 425     transitions.add(0.00000);
 426     transitions.add(null);
 427
 428     assertEquals(testFile4.hmm.getInsertZeroEmissions(), emissions);
 429     assertEquals(testFile4.hmm.getBeginStateTransitions(), transitions);
 430
 431   }
 432
 433   @Test
 434   public void testFillList()
 435   {
 436     Scanner scanner1 = new Scanner("1.3 2.4 5.3 3.9 9.8 4.7 4.3 2.3 6.9");
 437     ArrayList<Double> filledArray = new ArrayList<>();
 438
 439     filledArray.add(1.3);
 440     filledArray.add(2.4);
 441     filledArray.add(5.3);
 442     filledArray.add(3.9);
 443     filledArray.add(9.8);
 444     filledArray.add(4.7);
 445     filledArray.add(4.3);
 446     filledArray.add(2.3);
 447     filledArray.add(6.9);
 448
 449     assertEquals(HMMFile.fillList(scanner1, 9), filledArray);
 450     filledArray.clear();
 451     scanner1.close();
 452
 453     Scanner scanner2 = new Scanner(
 454             "1.346554 5.58756754 35.3523645 12345.3564 1.4");
 455     filledArray.add(1.346554);
 456     filledArray.add(5.58756754);
 457     filledArray.add(35.3523645);
 458     filledArray.add(12345.3564);
 459     filledArray.add(1.4);
 460     assertEquals(HMMFile.fillList(scanner2, 5), filledArray);
 461     scanner2.close();
 462
 463   }
 464
 465   @Test
 466   public void testParseModel() throws IOException
 467   {
 468     FileReader fr = new FileReader(file);
 469     BufferedReader br = new BufferedReader(fr);
 470     for (int i = 0; i < 23; i++)
 471     {
 472       br.readLine(); // this is done to reach the begin node
 473                      // data in the file
 474     }
 475
 476     testFile.parseModel(br);
 477     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(0).get(0), 3.16986);
 478     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(0).get(3), 3.29953);
 479     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(1).get(2), 2.24744);
 480     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(1).get(8), 4.25623);
 481     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(2).get(5), 3.48010);
 482     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(2).get(6), 4.51877);
 483     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(3).get(4), 5.26587);
 484     assertEquals(testFile.hmm.getMatchEmissions().get(3).get(8), 4.99111);
 485     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(0).get(3), 2.73088);
 486     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(0).get(6), 3.72505);
 487     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(1).get(2), 2.77519);
 488     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(1).get(8), 3.61503);
 489     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(2).get(0), 2.68618);
 490     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(2).get(8), 3.61503);
 491     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(3).get(2), 2.77519);
 492     assertEquals(testFile.hmm.getInsertEmissions().get(3).get(3), 2.73123);
 493   }
 494
 495   @Test
 496   public void testParseAnnotations()
 497   {
 498     testFile4.hmm.setMapAnnotationFlag(true);
 499     Scanner scanner = new Scanner("1 t - - -");
 500     testFile4.parseAnnotations(scanner, 0);
 501
 502     assertEquals(
 503             testFile4.hmm.getAlignmentColumnIndexes().get(0).intValue(), 1);
 504     assertEquals(
 505             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("CONS").charValue(),
 506             't');
 507     assertEquals(
 508             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("RF").charValue(),
 509             '-');
 510     assertEquals(
 511             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("MM").charValue(),
 512             '-');
 513     assertEquals(
 514             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("CS").charValue(),
 515             '-');
 516
 517     testFile4.hmm.setMapAnnotationFlag(false);
 518     testFile4.hmm.getAlignmentColumnIndexes().clear();
 519     testFile4.hmm.getAnnotations().clear();
 520     Scanner scanner2 = new Scanner("- S g C Y");
 521     testFile4.parseAnnotations(scanner2, 0);
 522
 523     assertEquals(
 524             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("CONS").charValue(),
 525             'S');
 526     assertEquals(
 527             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("RF").charValue(),
 528             'g');
 529     assertEquals(
 530             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("MM").charValue(),
 531             'C');
 532     assertEquals(
 533             testFile4.hmm.getAnnotations().get(0).get("CS").charValue(),
 534             'Y');
 535   }
 536
 537   @Test
 538   public void testExportFile() throws IOException
 539   {
 540     HMMFile exportTestFile = new HMMFile("H:/HMMTutorialExample.hmm");
 541     exportTestFile.parse();
 542     exportTestFile.exportFile("H:/WriteTestFile.hmm");
 543
 544   }
 545 }