test/jalview/io/JSONFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.Annotation;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   7 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  10 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed;
  11
  12 import java.util.ArrayList;
  13
  14 import org.junit.After;
  15 import org.junit.Assert;
  16 import org.junit.Before;
  17 import org.junit.Test;
  18
  19 public class JSONFileTest
  20 {
  21   private JSONFile jsonFile;
  22
  23   private int TEST_SEQ_HEIGHT = 0;
  24
  25   private int TEST_GRP_HEIGHT = 0;
  26
  27   @Before
  28   public void setUp() throws Exception
  29   {
  30     jsonFile = new JSONFile();
  31
  32     // create and add sequences
  33     Sequence[] seqs = new Sequence[5];
  34     seqs[0] = new Sequence("FER_CAPAN",
  35             "SVSATMISTSFMPRKPAVTSL-KPIPNVGE--ALF", 3, 34);
  36     seqs[1] = new Sequence("FER1_SOLLC",
  37             "SISGTMISTSFLPRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  38     seqs[2] = new Sequence("Q93XJ9_SOLTU",
  39             "SISGTMISTSFLPRKPVVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  40     seqs[3] = new Sequence("FER1_PEA",
  41             "ALYGTAVSTSFLRTQPMPMSV-TTTKAFSN--GFL", 6, 37);
  42     seqs[4] = new Sequence("Q7XA98_TRIPR",
  43             "ALYGTAVSTSFMRRQPVPMSV-ATTTTTKAFPSGF", 6, 39);
  44
  45     // create and add sequence features
  46     SequenceFeature seqFeature2 = new SequenceFeature("feature_x",
  47             "desciption", "status", 22, 29, "jalview");
  48     SequenceFeature seqFeature3 = new SequenceFeature("feature_x",
  49             "desciption", "status", 25, 32, "jalview");
  50     SequenceFeature seqFeature4 = new SequenceFeature("feature_x",
  51             "desciption", "status", 25, 32, "jalview");
  52     seqs[2].addSequenceFeature(seqFeature2);
  53     seqs[3].addSequenceFeature(seqFeature3);
  54     seqs[4].addSequenceFeature(seqFeature4);
  55
  56     // add created features to features displayed
  57     FeaturesDisplayed fDis = new FeaturesDisplayed();
  58     fDis.setVisible("feature_x");
  59     jsonFile.setDisplayedFeatures(fDis);
  60     JSONFile.setSeqFeaturesEnabled(true);
  61
  62     for (Sequence seq : seqs)
  63     {
  64       seq.setDatasetSequence(seq);
  65       jsonFile.seqs.add(seq);
  66     }
  67
  68     // create and add sequence groups
  69     ArrayList<SequenceI> grpSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
  70     grpSeqs.add(seqs[0]);
  71     grpSeqs.add(seqs[1]);
  72     grpSeqs.add(seqs[2]);
  73     ColourSchemeI scheme = jsonFile.getJalviewColorScheme("zappo");
  74     SequenceGroup seqGrp = new SequenceGroup(grpSeqs, "JGroup:1114606272",
  75             scheme, true, true, false, 2, 9);
  76     seqGrp.setShowNonconserved(false);
  77     seqGrp.setDescription(null);
  78     jsonFile.seqGroups.add(seqGrp);
  79
  80     // create and add annotation
  81     Annotation[] annot = new Annotation[35];
  82     annot[0] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  83     annot[1] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  84     annot[2] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  85     annot[3] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  86     annot[4] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  87     annot[5] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  88     annot[6] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  89     annot[7] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  90     annot[8] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  91     annot[9] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  92     annot[10] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
  93     annot[11] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
  94     annot[12] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  95     annot[13] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  96     annot[14] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  97     annot[15] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  98     annot[16] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  99     annot[17] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 100     annot[18] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 101     annot[19] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 102     annot[20] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 103
 104     annot[21] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 105     annot[22] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 106     annot[23] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 107     annot[24] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 108     annot[25] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 109     annot[26] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 110     annot[27] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 111     annot[28] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 112     annot[29] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 113     annot[30] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 114     annot[31] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 115     annot[32] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 116     annot[33] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 117     annot[34] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 118
 119     AlignmentAnnotation alignAnnot = new AlignmentAnnotation(
 120             "Secondary Structure", "New description", annot);
 121     jsonFile.annotations.add(alignAnnot);
 122
 123     // Alignment al = new Alignment(seqs);
 124     TEST_SEQ_HEIGHT = jsonFile.seqs.size();
 125     TEST_GRP_HEIGHT = jsonFile.seqGroups.size();
 126   }
 127
 128   @After
 129   public void tearDown() throws Exception
 130   {
 131   }
 132
 133   @Test
 134   public void test()
 135   {
 136     String jsonOuput = jsonFile.print();
 137     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> " + jsonOuput);
 138     JSONFile output = new JSONFile().parse(jsonOuput);
 139
 140     int matchedCounter = 0;
 141     for (SequenceI in : jsonFile.getSeqs())
 142     {
 143       for (SequenceI out : output.getSeqs())
 144       {
 145         if (in.getName().equals(out.getName())
 146                 && in.getSequenceAsString().equals(
 147                         out.getSequenceAsString())
 148                 && in.getStart() == out.getStart()
 149                 && in.getEnd() == out.getEnd() && featuresMatched(in, out))
 150         {
 151           // System.out.println(">>>> Seq Match Detected");
 152           ++matchedCounter;
 153         }
 154       }
 155     }
 156     Assert.assertTrue(matchedCounter == TEST_SEQ_HEIGHT);
 157
 158     matchedCounter = 0;
 159     for (SequenceGroup in : jsonFile.getSeqGroups())
 160     {
 161       for (SequenceGroup out : output.getSeqGroups())
 162       {
 163         if (in.getName().equals(out.getName())
 164                 && in.getColourText() == out.getColourText()
 165                 && in.getDisplayBoxes() == out.getDisplayBoxes()
 166                 && in.getIgnoreGapsConsensus() == out
 167                         .getIgnoreGapsConsensus() && in.cs.equals(out.cs)
 168                 && in.getSequences().size() == out.getSequences().size())
 169         {
 170           // System.out.println(">>>> Grp Match Detected");
 171           ++matchedCounter;
 172         }
 173       }
 174       Assert.assertTrue(matchedCounter == TEST_GRP_HEIGHT);
 175     }
 176
 177   }
 178
 179   private boolean featuresMatched(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 180   {
 181     boolean matched = false;
 182     try
 183     {
 184       if (seq1 == null && seq2 == null)
 185       {
 186         return true;
 187       }
 188
 189       SequenceFeature[] inFeature = seq1.getSequenceFeatures();
 190       SequenceFeature[] outFeature = seq2.getSequenceFeatures();
 191
 192       if (inFeature == null && outFeature == null)
 193       {
 194         return true;
 195       }
 196       else if ((inFeature == null && outFeature != null)
 197               || (inFeature != null && outFeature == null))
 198       {
 199         return false;
 200       }
 201
 202       int testSize = inFeature.length;
 203       int matchedCount = 0;
 204       // System.out.println(">>>>>>>>>>>>> 1");
 205       for (SequenceFeature in : inFeature)
 206       {
 207         for (SequenceFeature out : inFeature)
 208         {
 209           if (inFeature.length == outFeature.length
 210                   && in.getBegin() == out.getBegin()
 211                   && in.getEnd() == out.getEnd()
 212                   && in.getScore() == out.getScore()
 213                   && in.getFeatureGroup().equals(out.getFeatureGroup()))
 214           {
 215
 216             ++matchedCount;
 217           }
 218         }
 219       }
 220       if (testSize == matchedCount)
 221       {
 222         matched = true;
 223       }
 224     } catch (Exception e)
 225     {
 226       e.printStackTrace();
 227     }
 228     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> features matched : " + matched);
 229     return matched;
 230   }
 231 }