test/jalview/io/JSONFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.Annotation;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   7 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  10 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed;
  11
  12 import java.util.ArrayList;
  13
  14 import org.junit.After;
  15 import org.junit.Assert;
  16 import org.junit.Before;
  17 import org.junit.Test;
  18
  19 public class JSONFileTest
  20 {
  21   private JSONFile jsonFile;
  22
  23   private int TEST_SEQ_HEIGHT = 0;
  24
  25   private int TEST_GRP_HEIGHT = 0;
  26
  27   private int TEST_ANOT_HEIGHT = 0;
  28
  29   @Before
  30   public void setUp() throws Exception
  31   {
  32     jsonFile = new JSONFile();
  33
  34     // create and add sequences
  35     Sequence[] seqs = new Sequence[5];
  36     seqs[0] = new Sequence("FER_CAPAN",
  37             "SVSATMISTSFMPRKPAVTSL-KPIPNVGE--ALF", 3, 34);
  38     seqs[1] = new Sequence("FER1_SOLLC",
  39             "SISGTMISTSFLPRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  40     seqs[2] = new Sequence("Q93XJ9_SOLTU",
  41             "SISGTMISTSFLPRKPVVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  42     seqs[3] = new Sequence("FER1_PEA",
  43             "ALYGTAVSTSFLRTQPMPMSV-TTTKAFSN--GFL", 6, 37);
  44     seqs[4] = new Sequence("Q7XA98_TRIPR",
  45             "ALYGTAVSTSFMRRQPVPMSV-ATTTTTKAFPSGF", 6, 39);
  46
  47     // create and add sequence features
  48     SequenceFeature seqFeature2 = new SequenceFeature("feature_x",
  49             "desciption", "status", 22, 29, "jalview");
  50     SequenceFeature seqFeature3 = new SequenceFeature("feature_x",
  51             "desciption", "status", 25, 32, "jalview");
  52     SequenceFeature seqFeature4 = new SequenceFeature("feature_x",
  53             "desciption", "status", 25, 32, "jalview");
  54     seqs[2].addSequenceFeature(seqFeature2);
  55     seqs[3].addSequenceFeature(seqFeature3);
  56     seqs[4].addSequenceFeature(seqFeature4);
  57
  58     // add created features to features displayed
  59     FeaturesDisplayed fDis = new FeaturesDisplayed();
  60     fDis.setVisible("feature_x");
  61     jsonFile.setDisplayedFeatures(fDis);
  62     JSONFile.setSeqFeaturesEnabled(true);
  63
  64     for (Sequence seq : seqs)
  65     {
  66       seq.setDatasetSequence(seq);
  67       jsonFile.seqs.add(seq);
  68     }
  69
  70     // create and add sequence groups
  71     ArrayList<SequenceI> grpSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
  72     grpSeqs.add(seqs[0]);
  73     grpSeqs.add(seqs[1]);
  74     grpSeqs.add(seqs[2]);
  75     ColourSchemeI scheme = jsonFile.getJalviewColorScheme("zappo");
  76     SequenceGroup seqGrp = new SequenceGroup(grpSeqs, "JGroup:1114606272",
  77             scheme, true, true, false, 2, 9);
  78     seqGrp.setShowNonconserved(false);
  79     seqGrp.setDescription(null);
  80     jsonFile.seqGroups.add(seqGrp);
  81
  82     // create and add annotation
  83     Annotation[] annot = new Annotation[35];
  84     annot[0] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  85     annot[1] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  86     annot[2] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  87     annot[3] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  88     annot[4] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  89     annot[5] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
  90     annot[6] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  91     annot[7] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  92     annot[8] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  93     annot[9] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  94     annot[10] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
  95     annot[11] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
  96     annot[12] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  97     annot[13] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  98     annot[14] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
  99     annot[15] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 100     annot[16] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 101     annot[17] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 102     annot[18] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 103     annot[19] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 104     annot[20] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 105
 106     annot[21] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 107     annot[22] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 108     annot[23] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 109     annot[24] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 110     annot[25] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 111     annot[26] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 112     annot[27] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 113     annot[28] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 114     annot[29] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 115     annot[30] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 116     annot[31] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 117     annot[32] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 118     annot[33] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 119     annot[34] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 120
 121     AlignmentAnnotation alignAnnot = new AlignmentAnnotation(
 122             "Secondary Structure", "New description", annot);
 123     jsonFile.annotations.add(alignAnnot);
 124
 125     // Alignment al = new Alignment(seqs);
 126     TEST_SEQ_HEIGHT = jsonFile.seqs.size();
 127     TEST_GRP_HEIGHT = jsonFile.seqGroups.size();
 128     TEST_ANOT_HEIGHT = jsonFile.annotations.size();
 129   }
 130
 131   @After
 132   public void tearDown() throws Exception
 133   {
 134   }
 135
 136   @Test
 137   public void test()
 138   {
 139     String jsonOuput = jsonFile.print();
 140     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> " + jsonOuput);
 141     JSONFile output = new JSONFile().parse(jsonOuput);
 142
 143     int matchedCounter = 0;
 144     for (SequenceI in : jsonFile.getSeqs())
 145     {
 146       for (SequenceI out : output.getSeqs())
 147       {
 148         if (in.getName().equals(out.getName())
 149                 && in.getSequenceAsString().equals(
 150                         out.getSequenceAsString())
 151                 && in.getStart() == out.getStart()
 152                 && in.getEnd() == out.getEnd() && featuresMatched(in, out))
 153         {
 154           // System.out.println(">>>> Seq Match Detected");
 155           ++matchedCounter;
 156         }
 157       }
 158     }
 159     Assert.assertTrue(matchedCounter == TEST_SEQ_HEIGHT);
 160
 161     matchedCounter = 0;
 162     for (SequenceGroup in : jsonFile.getSeqGroups())
 163     {
 164       for (SequenceGroup out : output.getSeqGroups())
 165       {
 166         if (in.getName().equals(out.getName())
 167                 && in.getColourText() == out.getColourText()
 168                 && in.getDisplayBoxes() == out.getDisplayBoxes()
 169                 && in.getIgnoreGapsConsensus() == out
 170                         .getIgnoreGapsConsensus() && in.cs.equals(out.cs)
 171                 && in.getSequences().size() == out.getSequences().size())
 172         {
 173           // System.out.println(">>>> Grp Match Detected");
 174           ++matchedCounter;
 175         }
 176       }
 177     }
 178     Assert.assertTrue(matchedCounter == TEST_GRP_HEIGHT);
 179
 180     matchedCounter = 0;
 181     for (AlignmentAnnotation in : jsonFile.annotations)
 182     {
 183       for (AlignmentAnnotation out : output.annotations)
 184       {
 185         try
 186         {
 187           // System.out.println("label >>>>> " + in.label + " | " + out.label);
 188           // System.out.println("label >>>>> " + in.description + " | "
 189           // + out.description);
 190           // System.out.println("label >>>>> " + in.annotations.length + " | "
 191           // + out.annotations.length);
 192           if (in.label.equals(out.label)
 193                   && in.description.equals(out.description)
 194                 && in.annotations.length == out.annotations.length)
 195         {
 196           ++matchedCounter;
 197         }
 198         } catch (Exception e)
 199         {
 200           e.printStackTrace();
 201         }
 202       }
 203     }
 204     // System.out.println("matched >>>>> " + matchedCounter + " | "
 205     // + TEST_ANOT_HEIGHT);
 206     Assert.assertTrue(matchedCounter == TEST_ANOT_HEIGHT);
 207
 208   }
 209
 210   private boolean featuresMatched(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 211   {
 212     boolean matched = false;
 213     try
 214     {
 215       if (seq1 == null && seq2 == null)
 216       {
 217         return true;
 218       }
 219
 220       SequenceFeature[] inFeature = seq1.getSequenceFeatures();
 221       SequenceFeature[] outFeature = seq2.getSequenceFeatures();
 222
 223       if (inFeature == null && outFeature == null)
 224       {
 225         return true;
 226       }
 227       else if ((inFeature == null && outFeature != null)
 228               || (inFeature != null && outFeature == null))
 229       {
 230         return false;
 231       }
 232
 233       int testSize = inFeature.length;
 234       int matchedCount = 0;
 235       // System.out.println(">>>>>>>>>>>>> 1");
 236       for (SequenceFeature in : inFeature)
 237       {
 238         for (SequenceFeature out : inFeature)
 239         {
 240           if (inFeature.length == outFeature.length
 241                   && in.getBegin() == out.getBegin()
 242                   && in.getEnd() == out.getEnd()
 243                   && in.getScore() == out.getScore()
 244                   && in.getFeatureGroup().equals(out.getFeatureGroup()))
 245           {
 246
 247             ++matchedCount;
 248           }
 249         }
 250       }
 251       if (testSize == matchedCount)
 252       {
 253         matched = true;
 254       }
 255     } catch (Exception e)
 256     {
 257       e.printStackTrace();
 258     }
 259     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> features matched : " + matched);
 260     return matched;
 261   }
 262 }