JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / io / Jalview2xmlBase.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import jalview.bin.Cache;
24 import jalview.bin.Jalview;
25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
26 import jalview.datamodel.SequenceI;
27 import jalview.gui.Desktop;
28 import jalview.gui.JvOptionPane;
29
30 import java.util.Date;
31
32 import org.testng.annotations.AfterClass;
33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
34 import org.testng.annotations.BeforeTest;
35
36 public class Jalview2xmlBase
37 {
38
39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
40   public void setUpJvOptionPane()
41   {
42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
44   }
45
46   /**
47    * @throws java.lang.Exception
48    */
49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
50   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
51   {
52     /*
53      * use read-only test properties file
54      */
55     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
56
57     /*
58      * set news feed last read to a future time to ensure no
59      * 'unread' news item is displayed
60      */
61     Date oneHourFromNow = new Date(System.currentTimeMillis() + 3600 * 1000);
62     Cache.setDateProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED", oneHourFromNow);
63
64     Jalview.main(new String[] {});
65   }
66
67   /**
68    * @throws java.lang.Exception
69    */
70   @AfterClass(alwaysRun = true)
71   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
72   {
73     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
74   }
75
76   @BeforeTest(alwaysRun = true)
77   public static void clearDesktop()
78   {
79     if (Desktop.instance != null && Desktop.getFrames() != null
80             && Desktop.getFrames().length > 0)
81     {
82       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
83     }
84   }
85
86   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
87   {
88     int numdsann = 0;
89     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
90     {
91       if (sq.getAnnotation() != null)
92       {
93         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
94         {
95           if (dssa.isValidStruc())
96           {
97             numdsann++;
98           }
99         }
100       }
101     }
102     return numdsann;
103   }
104
105 }