test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.ViewStyleI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.AlignFrame;
  33 import jalview.gui.Desktop;
  34 import jalview.gui.Jalview2XML;
  35 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  36 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  37
  38 import java.io.File;
  39 import java.util.HashMap;
  40 import java.util.Map;
  41
  42 import org.testng.Assert;
  43 import org.testng.AssertJUnit;
  44 import org.testng.annotations.AfterClass;
  45 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  46 import org.testng.annotations.Test;
  47
  48 public class Jalview2xmlTests
  49 {
  50
  51   /**
  52    * @throws java.lang.Exception
  53    */
  54   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  55   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  56   {
  57     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  58         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  59   }
  60
  61   /**
  62    * @throws java.lang.Exception
  63    */
  64   @AfterClass
  65   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  66   {
  67     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  68
  69   }
  70
  71   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  72   {
  73     int numdsann = 0;
  74     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  75     {
  76       if (sq.getAnnotation() != null)
  77       {
  78         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  79         {
  80           if (dssa.isValidStruc())
  81           {
  82             numdsann++;
  83           }
  84         }
  85       }
  86     }
  87     return numdsann;
  88   }
  89
  90   @Test(groups = { "Functional" })
  91   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  92   {
  93     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
  94     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
  95             .getAbsolutePath();
  96     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  97             inFile, FormatAdapter.FILE);
  98     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
  99     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 100     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 101     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 102     assertTrue(
 103             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 104             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 105     assertTrue("Failed to store as a project.",
 106             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 107     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 108     af = null;
 109     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 110             FormatAdapter.FILE);
 111     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 112     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 113     assertTrue(
 114             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 115                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 116             olddsann == newdsann);
 117     System.out
 118             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 119                     + olddsann + ")");
 120     assertTrue(
 121             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 122             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 123   }
 124
 125   @Test(groups = { "Functional" })
 126   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 127   {
 128     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 129     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 130             .getAbsolutePath();
 131     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 132             inFile, FormatAdapter.FILE);
 133     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 134     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 135     assertTrue(
 136             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 137             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 138                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 139     assertTrue(
 140             "Recognise T-Coffee score from string",
 141             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 142                     .getAlignment(),
 143                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 144                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 145
 146     assertTrue("Failed to store as a project.",
 147             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 148     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 149     af = null;
 150     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 151             FormatAdapter.FILE);
 152     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 153     assertTrue(
 154             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 155             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 156                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 157     System.out
 158             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 159   }
 160
 161   @Test(groups = { "Functional" })
 162   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 163   {
 164     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 165     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 166             .getAbsolutePath();
 167     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 168             inFile, FormatAdapter.FILE);
 169     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 170     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 171     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 172             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 173     assertTrue(
 174             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 175             aa != null && aa.length > 0);
 176     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 177             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 178     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 179             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 180     cs.setSeqAssociated(true);
 181     gcs.setSeqAssociated(true);
 182     af.changeColour(cs);
 183     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 184     sg.setStartRes(57);
 185     sg.setEndRes(92);
 186     sg.cs = gcs;
 187     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 188     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 189     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 190     af.alignPanel.alignmentChanged();
 191     assertTrue("Failed to store as a project.",
 192             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 193     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 194     af = null;
 195     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 196             FormatAdapter.FILE);
 197     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 198
 199     // check for group and alignment colourschemes
 200
 201     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 202     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 203             .get(0).cs;
 204     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 205     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 206             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 207     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 208     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 209             __rcs.isSeqAssociated());
 210
 211     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 212     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 213     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 214             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 215     {
 216       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 217               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 218       {
 219         diffseqcols = true;
 220       }
 221     }
 222     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 223     System.out
 224             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 225
 226     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 227     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 228             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 229     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 230     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 231             __rcs.isSeqAssociated());
 232
 233     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 234             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 235     {
 236       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 237               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 238       {
 239         diffgseqcols = true;
 240       }
 241     }
 242     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 243     System.out
 244             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 245   }
 246
 247   @Test(groups = { "Functional" })
 248   public void gatherViewsHere() throws Exception
 249   {
 250     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 251             .getAlignFrames().length;
 252     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 253             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 254     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 255     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 256             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 257
 258   }
 259
 260   @Test(groups = { "Functional" })
 261   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 262   {
 263     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 264             Boolean.TRUE.toString());
 265     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
 266             Boolean.TRUE.toString());
 267     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 268             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 269     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 270     AlignmentViewPanel sps = null;
 271     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 272     {
 273       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 274       {
 275         sps = ap;
 276         break;
 277       }
 278     }
 279     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 280     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 281     AlignmentAnnotation refan = null;
 282     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 283             .getAlignmentAnnotation())
 284     {
 285       if (ra.graph != 0)
 286       {
 287         refan = ra;
 288         break;
 289       }
 290     }
 291     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 292     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 293     // compare the manually added temperature factor annotation
 294     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 295     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 296     {
 297       AlignmentAnnotation alaa;
 298       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 299       alaa.adjustForAlignment();
 300       if (ala.graph == refan.graph)
 301       {
 302         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 303         {
 304           sq.findPosition(p);
 305           try
 306           {
 307             assertTrue(
 308                     "Mismatch at alignment position " + p,
 309                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 310                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 311           } catch (NullPointerException q)
 312           {
 313             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 314                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 315                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 316           }
 317         }
 318       }
 319     }
 320
 321   }
 322
 323   @Test(groups = { "Functional" })
 324   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 325   {
 326     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 327             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 328     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 329     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 330     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 331     {
 332       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 333       {
 334         sps = ap;
 335       }
 336       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 337       {
 338         groups = ap;
 339       }
 340     }
 341     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 342     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 343
 344     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 345     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 346     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 347
 348     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 349     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 350             .getViewStyle()));
 351     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 352             .getViewStyle()));
 353
 354   }
 355
 356   /**
 357    * test store and recovery of expanded views - currently this is disabled
 358    * since the Desktop.explodeViews method doesn't seem to result in the views
 359    * being expanded to distinct align frames when executed programmatically.
 360    *
 361    * @throws Exception
 362    */
 363   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 364   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 365   {
 366     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 367             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 368     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 369     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 370     {
 371       final AlignFrame xaf = af;
 372       af = null;
 373       new Thread(new Runnable()
 374       {
 375         @Override
 376         public void run()
 377         {
 378           Desktop.instance.explodeViews(xaf);
 379         }
 380       }).start();
 381       Thread.sleep(1000);
 382     }
 383     // int times = 0;
 384     // while (++times < 5 && Desktop.getAlignFrames().length < )
 385     // {
 386     // Thread.sleep(300);
 387     // }
 388     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 389     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 390             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 391     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 392     try
 393     {
 394       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 395     } catch (Error e)
 396     {
 397       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 398     } catch (Exception e)
 399     {
 400       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 401     }
 402     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 403     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 404     {
 405       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 406     }
 407     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 408             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 409     Assert.assertNotNull(af);
 410     Assert.assertEquals(
 411             Desktop.getAlignFrames().length,
 412             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 413     Assert.assertEquals(
 414             oldviews,
 415             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 416   }
 417
 418   /**
 419    * based on above test store and recovery of expanded views.
 420    *
 421    * @throws Exception
 422    */
 423   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 424   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 425   {
 426     String afid = "";
 427     {
 428       AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 429               "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 430       assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 431       afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 432     }
 433     Map<String, SequenceI> refs = new HashMap<String, SequenceI>();
 434     int n = 1;
 435     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 436     {
 437       // mark representative
 438       SequenceI rep = ap.getAlignment().getSequenceAt(
 439               n++ % ap.getAlignment().getHeight());
 440       refs.put(ap.getViewName(), rep);
 441       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 442       // todo refactor the to an alignment view controller
 443       ap.getAlignViewport().setDisplayReferenceSeq(true);
 444       ap.getAlignViewport().setColourByReferenceSeq(true);
 445       ap.getAlignViewport().getAlignment().setSeqrep(rep);
 446     }
 447     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 448             ".jvp");
 449     try
 450     {
 451       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 452     } catch (Error e)
 453     {
 454       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 455     } catch (Exception e)
 456     {
 457       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 458     }
 459     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 460     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 461     {
 462       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 463     }
 464     {
 465       AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 466             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 467     }
 468     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(Desktop
 469             .getAlignFrames()[0].getViewport().getSequenceSetId()))
 470     {
 471       // check representative
 472       SequenceI rep = ap.getAlignment().getSeqrep();
 473       Assert.assertNotNull(rep,
 474               "Couldn't restore sequence representative from project");
 475       Assert.assertEquals(refs.get(ap.getViewName()), rep,
 476               "Representative wasn't the same when recovered.");
 477       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 478               "Display reference sequence view setting not set.");
 479       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 480               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 481     }
 482   }
 483
 484   @Test(groups = { "Functional" })
 485   public void testIsVersionStringLaterThan()
 486   {
 487     /*
 488      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 489      * compatible
 490      */
 491     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 492     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 493     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 494     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 495             "Development Build"));
 496     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 497             "DEVELOPMENT BUILD"));
 498     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 499             "Development Build"));
 500     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 501     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 502     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 503     assertTrue(Jalview2XML
 504             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 505     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 506             "Automated Build"));
 507     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 508             "AUTOMATED BUILD"));
 509
 510     /*
 511      * same version returns true i.e. compatible
 512      */
 513     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 514     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 515     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 516     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 517     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 518
 519     /*
 520      * later version returns true
 521      */
 522     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 523     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 524     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 525     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 526     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 527
 528     /*
 529      * earlier version returns false
 530      */
 531     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 532     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 533     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 534     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 535     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 536   }
 537 }