test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  36 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.gui.AlignFrame;
  40 import jalview.gui.Desktop;
  41 import jalview.gui.Jalview2XML;
  42 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  45 import jalview.structure.StructureImportSettings.StructureParser;
  46 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  47
  48 import java.io.File;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.HashMap;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Map;
  53
  54 import org.testng.Assert;
  55 import org.testng.AssertJUnit;
  56 import org.testng.annotations.AfterClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 @Test(singleThreaded = true)
  61 public class Jalview2xmlTests
  62 {
  63
  64   /**
  65    * @throws java.lang.Exception
  66    */
  67   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  68   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  69   {
  70     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  71         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  72   }
  73
  74   /**
  75    * @throws java.lang.Exception
  76    */
  77   @AfterClass(alwaysRun = true)
  78   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  79   {
  80     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  81   }
  82
  83   int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  84   {
  85     int numdsann = 0;
  86     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  87     {
  88       if (sq.getAnnotation() != null)
  89       {
  90         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  91         {
  92           if (dssa.isValidStruc())
  93           {
  94             numdsann++;
  95           }
  96         }
  97       }
  98     }
  99     return numdsann;
 100   }
 101
 102   @Test(groups = { "Functional" })
 103   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 104   {
 105     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 106     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 107             .getAbsolutePath();
 108     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 109             inFile, FormatAdapter.FILE);
 110     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 111     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 112     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 113     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 114     assertTrue(
 115             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 116             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 117     assertTrue("Failed to store as a project.",
 118             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 119     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 120     af = null;
 121     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 122             FormatAdapter.FILE);
 123     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 124     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 125     assertTrue(
 126             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 127                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 128             olddsann == newdsann);
 129     System.out
 130             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 131                     + olddsann + ")");
 132     assertTrue(
 133             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 134             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 135   }
 136
 137   @Test(groups = { "Functional" })
 138   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 139   {
 140     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 141     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 142             .getAbsolutePath();
 143     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 144             inFile, FormatAdapter.FILE);
 145     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 146     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 147     assertTrue(
 148             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 149             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 150                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 151     assertTrue(
 152             "Recognise T-Coffee score from string",
 153             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 154                     .getAlignment(),
 155                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 156                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 157
 158     assertTrue("Failed to store as a project.",
 159             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 160     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 161     af = null;
 162     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 163             FormatAdapter.FILE);
 164     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 165     assertTrue(
 166             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 167             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 168                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 169     System.out
 170             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 171   }
 172
 173   @Test(groups = { "Functional" })
 174   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 175   {
 176     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 177     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 178             .getAbsolutePath();
 179     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 180             inFile, FormatAdapter.FILE);
 181     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 182     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 183     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 184             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 185     assertTrue(
 186             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 187             aa != null && aa.length > 0);
 188     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 189             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 190     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 191             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 192     cs.setSeqAssociated(true);
 193     gcs.setSeqAssociated(true);
 194     af.changeColour(cs);
 195     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 196     sg.setStartRes(57);
 197     sg.setEndRes(92);
 198     sg.cs = gcs;
 199     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 200     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 201     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 202     af.alignPanel.alignmentChanged();
 203     assertTrue("Failed to store as a project.",
 204             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 205     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 206     af = null;
 207     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 208             FormatAdapter.FILE);
 209     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 210
 211     // check for group and alignment colourschemes
 212
 213     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 214     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 215             .get(0).cs;
 216     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 217     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 218             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 219     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 220     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 221             __rcs.isSeqAssociated());
 222
 223     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 224     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 225     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 226             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 227     {
 228       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 229               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 230       {
 231         diffseqcols = true;
 232       }
 233     }
 234     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 235     System.out
 236             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 237
 238     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 239     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 240             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 241     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 242     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 243             __rcs.isSeqAssociated());
 244
 245     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 246             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 247     {
 248       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 249               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 250       {
 251         diffgseqcols = true;
 252       }
 253     }
 254     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 255     System.out
 256             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 257   }
 258
 259   @Test(groups = { "Functional" })
 260   public void gatherViewsHere() throws Exception
 261   {
 262     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 263             .getAlignFrames().length;
 264     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 265             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 266     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 267     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 268             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 269
 270   }
 271
 272   @Test(groups = { "Functional" })
 273   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 274   {
 275     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 276             Boolean.TRUE.toString());
 277     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
 278             Boolean.TRUE.toString());
 279      StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
 280     StructureImportSettings
 281             .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
 282     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 283             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 284     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 285     AlignmentViewPanel sps = null;
 286     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 287     {
 288       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 289       {
 290         sps = ap;
 291         break;
 292       }
 293     }
 294     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 295     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 296     AlignmentAnnotation refan = null;
 297     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 298             .getAlignmentAnnotation())
 299     {
 300       if (ra.graph != 0)
 301       {
 302         refan = ra;
 303         break;
 304       }
 305     }
 306     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 307     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 308     // compare the manually added temperature factor annotation
 309     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 310     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 311     {
 312       AlignmentAnnotation alaa;
 313       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 314       alaa.adjustForAlignment();
 315       if (ala.graph == refan.graph)
 316       {
 317         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 318         {
 319           sq.findPosition(p);
 320           try
 321           {
 322             assertTrue(
 323                     "Mismatch at alignment position " + p,
 324                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 325                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 326           } catch (NullPointerException q)
 327           {
 328             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 329                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 330                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 331           }
 332         }
 333       }
 334     }
 335
 336   }
 337
 338   @Test(groups = { "Functional" })
 339   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 340   {
 341     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 342             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 343     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 344     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 345     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 346     {
 347       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 348       {
 349         sps = ap;
 350       }
 351       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 352       {
 353         groups = ap;
 354       }
 355     }
 356     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 357     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 358
 359     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 360     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 361     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 362
 363     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 364     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 365             .getViewStyle()));
 366     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 367             .getViewStyle()));
 368
 369   }
 370
 371   /**
 372    * test store and recovery of expanded views - currently this is disabled
 373    * since the Desktop.explodeViews method doesn't seem to result in the views
 374    * being expanded to distinct align frames when executed programmatically.
 375    *
 376    * @throws Exception
 377    */
 378   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 379   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 380   {
 381     StructureImportSettings
 382             .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
 383     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
 384     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 385             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 386     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 387     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 388     {
 389       final AlignFrame xaf = af;
 390       af = null;
 391       new Thread(new Runnable()
 392       {
 393         @Override
 394         public void run()
 395         {
 396           Desktop.instance.explodeViews(xaf);
 397         }
 398       }).start();
 399       Thread.sleep(1000);
 400     }
 401     // int times = 0;
 402     // while (++times < 5 && Desktop.getAlignFrames().length < )
 403     // {
 404     // Thread.sleep(300);
 405     // }
 406     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 407     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 408             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 409     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 410     try
 411     {
 412       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 413     } catch (Error e)
 414     {
 415       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 416     } catch (Exception e)
 417     {
 418       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 419     }
 420     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 421     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 422     {
 423       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 424     }
 425     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 426             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 427     Assert.assertNotNull(af);
 428     Assert.assertEquals(
 429             Desktop.getAlignFrames().length,
 430             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 431     Assert.assertEquals(
 432             oldviews,
 433             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 438    * in each view.
 439    *
 440    * @throws Exception
 441    */
 442   @Test(groups = { "Functional" })
 443   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 444   {
 445     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 446     StructureImportSettings.setDefaultStructureFileFormat("PDB");
 447     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 448             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 449     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 450     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 451
 452     // remember reference sequence for each panel
 453     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 454
 455     /*
 456      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 457      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 458      */
 459     int n = 1;
 460     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 461     {
 462       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 463       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 464       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 465       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 466       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 467
 468       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 469       // todo refactor this to an alignment view controller
 470       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 471       av.setColourByReferenceSeq(true);
 472       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 473
 474       n++;
 475     }
 476     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 477             ".jvp");
 478     try
 479     {
 480       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 481     } catch (Throwable e)
 482     {
 483       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 484     }
 485     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 486     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 487     {
 488       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 489     }
 490
 491     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 492             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 493     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 494
 495     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 496     {
 497       // check representative
 498       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 499       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 500       Assert.assertNotNull(rep,
 501               "Couldn't restore sequence representative from project");
 502       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 503       // will be different.
 504       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 505       // load/saves.
 506       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 507               rep.toString(),
 508               "Representative wasn't the same when recovered.");
 509       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 510               "Display reference sequence view setting not set.");
 511       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 512               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 513     }
 514   }
 515
 516   @Test(groups = { "Functional" })
 517   public void testIsVersionStringLaterThan()
 518   {
 519     /*
 520      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 521      * compatible
 522      */
 523     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 524     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 525     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 526     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 527             "Development Build"));
 528     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 529             "DEVELOPMENT BUILD"));
 530     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 531             "Development Build"));
 532     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 533     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 534     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 535     assertTrue(Jalview2XML
 536             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 538             "Automated Build"));
 539     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 540             "AUTOMATED BUILD"));
 541
 542     /*
 543      * same version returns true i.e. compatible
 544      */
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 550
 551     /*
 552      * later version returns true
 553      */
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 559
 560     /*
 561      * earlier version returns false
 562      */
 563     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 564     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 565     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 566     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 567     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 572    * representative sequence) in each view.
 573    *
 574    * @throws Exception
 575    */
 576   @Test(groups = { "Functional" })
 577   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 578   {
 579     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 580     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 581             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
 582     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 583     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 584     // make a second view of the alignment
 585     af.newView_actionPerformed(null);
 586
 587     /*
 588      * remember representative and hidden sequences marked
 589      * on each panel
 590      */
 591     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 592     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 593
 594     /*
 595      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 596      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 597      */
 598     int n = 1;
 599     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 600     {
 601       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 602       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 603       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 604       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 605       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 606       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 607       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 608       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 609       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 610
 611       /*
 612        * have rep sequence represent itself and the one before it
 613        * this hides the group (except for the rep seq)
 614        */
 615       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 616       sg.addSequence(repSeq, false);
 617       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 618       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 619       sg.setSeqrep(repSeq);
 620       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 621       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 622       av.setSelectionGroup(sg);
 623       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 624
 625       /*
 626        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 627        * (it does not create a group on the alignment)
 628        */
 629       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 630       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 631       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 632       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 633       assertTrue("alignment has groups", alignment.getGroups().isEmpty());
 634       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av.getHiddenRepSequences();
 635       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 636       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 637       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 638       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 639       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 640       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 641
 642       n++;
 643     }
 644     File tfile = File
 645             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 646             ".jvp");
 647     try
 648     {
 649       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 650     } catch (Throwable e)
 651     {
 652       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 653     }
 654     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 655     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 656     {
 657       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 658     }
 659
 660     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 661             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 662     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 663
 664     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 665     {
 666       String viewName = ap.getViewName();
 667       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 668       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 669       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 670       assertNotNull(groups);
 671       assertTrue("Alignment has groups", groups.isEmpty());
 672       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 673               .getHiddenRepSequences();
 674       assertNotNull("No hidden represented sequences", hiddenRepSeqsMap);
 675       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 676       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 677               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 678                       .getDisplayId(true));
 679
 680       /*
 681        * verify hidden sequences in restored panel
 682        */
 683       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 684       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 685       assertEquals(
 686               "wrong number of restored hidden sequences in "
 687                       + ap.getViewName(),
 688               hidden.size(), hs.getSize());
 689     }
 690   }
 691 }