JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / io / PfamFormatInputTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24 import jalview.gui.JvOptionPane;
25
26 import java.io.IOException;
27
28 import org.testng.Assert;
29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
30 import org.testng.annotations.Test;
31
32 public class PfamFormatInputTest
33 {
34
35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
36   public void setUpJvOptionPane()
37   {
38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
40   }
41
42   @Test(groups = "Functional")
43   public void testPfamFormatNoLimits() throws IOException
44   {
45     AlignmentI al = new AppletFormatAdapter().readFile("ASEQ"
46             + '\t' + "...--FFAFAFF--", DataSourceType.PASTE,
47             FileFormat.Pfam);
48     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
49     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
50             "Didn't extract limits from PFAM ID");
51   }
52
53   @Test(groups = "Functional")
54   public void testPfamFormatValidLimits() throws IOException
55   {
56     AlignmentI al = new AppletFormatAdapter().readFile("ASEQ/15-25" + '\t'
57             + "...--FFAFAFF--", DataSourceType.PASTE, FileFormat.Pfam);
58     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
59     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
60             "Didn't extract limits from PFAM ID");
61   }
62 }