test/jalview/io/PfamFormatInputTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25
  26 import java.io.IOException;
  27
  28 import org.testng.Assert;
  29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class PfamFormatInputTest
  33 {
  34
  35   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  36   public void setUpJvOptionPane()
  37   {
  38     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  39     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  40   }
  41
  42   @Test(groups = "Functional")
  43   public void testPfamFormatNoLimits() throws IOException
  44   {
  45     AlignmentI al = new AppletFormatAdapter().readFile(
  46             "ASEQ" + '\t' + "...--FFAFAFF--", DataSourceType.PASTE,
  47             FileFormat.Pfam);
  48     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
  49     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
  50             "Didn't extract limits from PFAM ID");
  51   }
  52
  53   @Test(groups = "Functional")
  54   public void testPfamFormatValidLimits() throws IOException
  55   {
  56     AlignmentI al = new AppletFormatAdapter().readFile(
  57             "ASEQ/15-25" + '\t' + "...--FFAFAFF--", DataSourceType.PASTE,
  58             FileFormat.Pfam);
  59     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
  60     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
  61             "Didn't extract limits from PFAM ID");
  62   }
  63 }