test/jalview/io/SequenceAnnotationReportTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  26
  27 import java.util.Hashtable;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class SequenceAnnotationReportTest
  33 {
  34   @Test(groups = "Functional")
  35   public void testAppendFeature_disulfideBond()
  36   {
  37     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  38     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  39     sb.append("123456");
  40     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("disulfide bond", "desc", 1,
  41             3, 1.2f, "group");
  42
  43     // residuePos == 2 does not match start or end of feature, nothing done:
  44     sar.appendFeature(sb, 2, null, sf);
  45     assertEquals("123456", sb.toString());
  46
  47     // residuePos == 1 matches start of feature, text appended (but no <br>)
  48     // feature score is not included
  49     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
  50     assertEquals("123456disulfide bond 1:3", sb.toString());
  51
  52     // residuePos == 3 matches end of feature, text appended
  53     // <br> is prefixed once sb.length() > 6
  54     sar.appendFeature(sb, 3, null, sf);
  55     assertEquals("123456disulfide bond 1:3<br>disulfide bond 1:3",
  56             sb.toString());
  57   }
  58
  59   @Test(groups = "Functional")
  60   public void testAppendFeature_status()
  61   {
  62     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  63     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  64     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3,
  65             Float.NaN, "group");
  66     sf.setStatus("Confirmed");
  67
  68     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
  69     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S; (Confirmed)", sb.toString());
  70   }
  71
  72   @Test(groups = "Functional")
  73   public void testAppendFeature_withScore()
  74   {
  75     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  76     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  77     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3, 1.3f,
  78             "group");
  79
  80     Map<String, float[][]> minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
  81     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
  82     /*
  83      * map has no entry for this feature type - score is not shown:
  84      */
  85     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S", sb.toString());
  86
  87     /*
  88      * map has entry for this feature type - score is shown:
  89      */
  90     minmax.put("METAL", new float[][] { { 0f, 1f }, null });
  91     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
  92     // <br> is appended to a buffer > 6 in length
  93     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S<br>METAL 1 3; Fe2-S Score=1.3",
  94             sb.toString());
  95
  96     /*
  97      * map has min == max for this feature type - score is not shown:
  98      */
  99     minmax.put("METAL", new float[][] { { 2f, 2f }, null });
 100     sb.setLength(0);
 101     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
 102     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S", sb.toString());
 103   }
 104
 105   @Test(groups = "Functional")
 106   public void testAppendFeature_noScore()
 107   {
 108     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 109     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 110     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3,
 111             Float.NaN, "group");
 112
 113     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 114     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S", sb.toString());
 115   }
 116
 117   @Test(groups = "Functional")
 118   public void testAppendFeature_clinicalSignificance()
 119   {
 120     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 121     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 122     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3,
 123             Float.NaN, "group");
 124     sf.setValue("clinical_significance", "Benign");
 125
 126     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 127     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S; Benign", sb.toString());
 128   }
 129
 130   @Test(groups = "Functional")
 131   public void testAppendFeature_withScoreStatusClinicalSignificance()
 132   {
 133     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 134     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 135     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3, 1.3f,
 136             "group");
 137     sf.setStatus("Confirmed");
 138     sf.setValue("clinical_significance", "Benign");
 139     Map<String, float[][]> minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
 140     minmax.put("METAL", new float[][] { { 0f, 1f }, null });
 141     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
 142
 143     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S Score=1.3; (Confirmed); Benign",
 144             sb.toString());
 145   }
 146
 147   @Test(groups = "Functional")
 148   public void testAppendFeature_DescEqualsType()
 149   {
 150     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 151     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 152     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "METAL", 1, 3,
 153             Float.NaN, "group");
 154
 155     // description is not included if it duplicates type:
 156     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 157     assertEquals("METAL 1 3", sb.toString());
 158
 159     sb.setLength(0);
 160     sf.setDescription("Metal");
 161     // test is case-sensitive:
 162     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 163     assertEquals("METAL 1 3; Metal", sb.toString());
 164   }
 165
 166   @Test(groups = "Functional")
 167   public void testAppendFeature_stripHtml()
 168   {
 169     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 170     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 171     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL",
 172             "<html><body>hello<em>world</em></body></html>", 1, 3,
 173             Float.NaN, "group");
 174
 175     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 176     // !! strips off </body> but not <body> ??
 177     assertEquals("METAL 1 3; <body>hello<em>world</em>", sb.toString());
 178
 179     sb.setLength(0);
 180     sf.setDescription("<br>&kHD>6");
 181     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 182     // if no <html> tag, html-encodes > and < (only):
 183     assertEquals("METAL 1 3; &lt;br&gt;&kHD&gt;6", sb.toString());
 184   }
 185 }