test/jalview/io/SequenceAnnotationReportTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   6
   7 import java.util.Hashtable;
   8 import java.util.Map;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class SequenceAnnotationReportTest
  13 {
  14   @Test(groups = "Functional")
  15   public void testAppendFeature_disulfideBond()
  16   {
  17     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  18     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  19     sb.append("123456");
  20     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("disulfide bond", "desc", 1,
  21             3, 1.2f, "group");
  22
  23     // residuePos == 2 does not match start or end of feature, nothing done:
  24     sar.appendFeature(sb, 2, null, sf);
  25     assertEquals("123456", sb.toString());
  26
  27     // residuePos == 1 matches start of feature, text appended (but no <br>)
  28     // feature score is not included
  29     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
  30     assertEquals("123456disulfide bond 1:3", sb.toString());
  31
  32     // residuePos == 3 matches end of feature, text appended
  33     // <br> is prefixed once sb.length() > 6
  34     sar.appendFeature(sb, 3, null, sf);
  35     assertEquals("123456disulfide bond 1:3<br>disulfide bond 1:3",
  36             sb.toString());
  37   }
  38
  39   @Test(groups = "Functional")
  40   public void testAppendFeature_status()
  41   {
  42     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  43     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  44     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3,
  45             Float.NaN, "group");
  46     sf.setStatus("Confirmed");
  47
  48     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
  49     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S; (Confirmed)", sb.toString());
  50   }
  51
  52   @Test(groups = "Functional")
  53   public void testAppendFeature_withScore()
  54   {
  55     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  56     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  57     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3, 1.3f,
  58             "group");
  59
  60     Map<String, float[][]> minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
  61     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
  62     /*
  63      * map has no entry for this feature type - score is not shown:
  64      */
  65     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S", sb.toString());
  66
  67     /*
  68      * map has entry for this feature type - score is shown:
  69      */
  70     minmax.put("METAL", new float[][] { { 0f, 1f }, null });
  71     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
  72     // <br> is appended to a buffer > 6 in length
  73     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S<br>METAL 1 3; Fe2-S Score=1.3",
  74             sb.toString());
  75
  76     /*
  77      * map has min == max for this feature type - score is not shown:
  78      */
  79     minmax.put("METAL", new float[][] { { 2f, 2f }, null });
  80     sb.setLength(0);
  81     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
  82     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S", sb.toString());
  83   }
  84
  85   @Test(groups = "Functional")
  86   public void testAppendFeature_noScore()
  87   {
  88     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
  89     StringBuffer sb = new StringBuffer();
  90     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3,
  91             Float.NaN, "group");
  92
  93     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
  94     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S", sb.toString());
  95   }
  96
  97   @Test(groups = "Functional")
  98   public void testAppendFeature_clinicalSignificance()
  99   {
 100     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 101     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 102     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3,
 103             Float.NaN, "group");
 104     sf.setValue("clinical_significance", "Benign");
 105
 106     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 107     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S; Benign", sb.toString());
 108   }
 109
 110   @Test(groups = "Functional")
 111   public void testAppendFeature_withScoreStatusClinicalSignificance()
 112   {
 113     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 114     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 115     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "Fe2-S", 1, 3, 1.3f,
 116             "group");
 117     sf.setStatus("Confirmed");
 118     sf.setValue("clinical_significance", "Benign");
 119     Map<String, float[][]> minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
 120     minmax.put("METAL", new float[][] { { 0f, 1f }, null });
 121     sar.appendFeature(sb, 1, minmax, sf);
 122
 123     assertEquals("METAL 1 3; Fe2-S Score=1.3; (Confirmed); Benign",
 124             sb.toString());
 125   }
 126
 127   @Test(groups = "Functional")
 128   public void testAppendFeature_DescEqualsType()
 129   {
 130     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 131     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 132     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL", "METAL", 1, 3,
 133             Float.NaN, "group");
 134
 135     // description is not included if it duplicates type:
 136     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 137     assertEquals("METAL 1 3", sb.toString());
 138
 139     sb.setLength(0);
 140     sf.setDescription("Metal");
 141     // test is case-sensitive:
 142     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 143     assertEquals("METAL 1 3; Metal", sb.toString());
 144   }
 145
 146   @Test(groups = "Functional")
 147   public void testAppendFeature_stripHtml()
 148   {
 149     SequenceAnnotationReport sar = new SequenceAnnotationReport(null);
 150     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 151     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("METAL",
 152             "<html><body>hello<em>world</em></body></html>", 1, 3,
 153             Float.NaN, "group");
 154
 155     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 156     // !! strips off </body> but not <body> ??
 157     assertEquals("METAL 1 3; <body>hello<em>world</em>",
 158             sb.toString());
 159
 160     sb.setLength(0);
 161     sf.setDescription("<br>&kHD>6");
 162     sar.appendFeature(sb, 1, null, sf);
 163     // if no <html> tag, html-encodes > and < (only):
 164     assertEquals("METAL 1 3; &lt;br&gt;&kHD&gt;6", sb.toString());
 165   }
 166 }