test/jalview/io/gff/GffHelperBaseTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28
  29 import java.util.Arrays;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class GffHelperBaseTest
  37 {
  38
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpJvOptionPane()
  41   {
  42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Test the method that parses lines like <br>
  48    * ID=2345;Name=Something,Another thing;Notes=Hello;Notes=World
  49    */
  50   @Test(groups = { "Functional" })
  51   public void testParseNameValuePairs()
  52   {
  53     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs(null, ";", ' ', ",")
  54             .isEmpty());
  55     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs("", ";", ' ', ",")
  56             .isEmpty());
  57     assertTrue(GffHelperBase.parseNameValuePairs("hello=world", ";", ' ',
  58             ",").isEmpty());
  59
  60     Map<String, List<String>> map = GffHelperBase.parseNameValuePairs(
  61             "hello world", ";", ' ', ", ");
  62     assertEquals(1, map.size());
  63     assertEquals(1, map.get("hello").size());
  64     assertEquals("world", map.get("hello").get(0));
  65
  66     map = GffHelperBase
  67             .parseNameValuePairs(
  68                     "Method= manual curation ;nothing; Notes=F2 S ; Notes=Metal,Shiny; Type=",
  69                     ";", '=', ",");
  70
  71     // Type is ignored as no value was supplied
  72     assertEquals(2, map.size());
  73
  74     assertEquals(1, map.get("Method").size());
  75     assertEquals("manual curation", map.get("Method").get(0)); // trimmed
  76
  77     assertEquals(3, map.get("Notes").size());
  78     assertEquals("F2 S", map.get("Notes").get(0));
  79     assertEquals("Metal", map.get("Notes").get(1));
  80     assertEquals("Shiny", map.get("Notes").get(2));
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Test for the method that tries to trim mappings to equivalent lengths
  85    */
  86   @Test(groups = "Functional")
  87   public void testTrimMapping()
  88   {
  89     int[] from = { 1, 12 };
  90     int[] to = { 20, 31 };
  91     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  92     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // unchanged
  93     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
  94
  95     // from too long:
  96     from = new int[] { 1, 13 };
  97     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
  98     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // trimmed
  99     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 100
 101     // to too long:
 102     to = new int[] { 20, 33 };
 103     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 104     assertEquals("[1, 12]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 105     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // trimmed
 106
 107     // from reversed:
 108     from = new int[] { 12, 1 };
 109     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 110     assertEquals("[12, 1]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 111     assertEquals("[20, 31]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 112
 113     // to reversed:
 114     to = new int[] { 31, 20 };
 115     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 116     assertEquals("[12, 1]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 117     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 118
 119     // from reversed and too long:
 120     from = new int[] { 14, 1 };
 121     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 122     assertEquals("[14, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 123     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 124
 125     // to reversed and too long:
 126     to = new int[] { 31, 10 };
 127     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 1));
 128     assertEquals("[14, 3]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 129     assertEquals("[31, 20]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 130
 131     // cdna to peptide (matching)
 132     from = new int[] { 1, 18 };
 133     to = new int[] { 4, 9 };
 134     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 135     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 136     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 137
 138     // overlong cdna to peptide
 139     from = new int[] { 1, 20 };
 140     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 141     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 142     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 143
 144     // overlong cdna (reversed) to peptide
 145     from = new int[] { 20, 1 };
 146     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 147     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 148     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 149
 150     // overlong cdna (reversed) to peptide (reversed)
 151     from = new int[] { 20, 1 };
 152     to = new int[] { 9, 4 };
 153     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 3, 1));
 154     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 155     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 156
 157     // peptide to cdna (matching)
 158     from = new int[] { 4, 9 };
 159     to = new int[] { 1, 18 };
 160     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 161     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 162     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 163
 164     // peptide to overlong cdna
 165     to = new int[] { 1, 20 };
 166     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 167     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 168     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 169
 170     // peptide to overlong cdna (reversed)
 171     to = new int[] { 20, 1 };
 172     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 173     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 174     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 175
 176     // peptide (reversed) to overlong cdna (reversed)
 177     from = new int[] { 9, 4 };
 178     to = new int[] { 20, 1 };
 179     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 180     assertEquals("[9, 4]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 181     assertEquals("[20, 3]", Arrays.toString(to)); // end trimmed
 182
 183     // overlong peptide to word-length cdna
 184     from = new int[] { 4, 10 };
 185     to = new int[] { 1, 18 };
 186     assertTrue(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 187     assertEquals("[4, 9]", Arrays.toString(from)); // end trimmed
 188     assertEquals("[1, 18]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 189
 190     // overlong peptide to non-word-length cdna
 191     from = new int[] { 4, 10 };
 192     to = new int[] { 1, 19 };
 193     assertFalse(GffHelperBase.trimMapping(from, to, 1, 3));
 194     assertEquals("[4, 10]", Arrays.toString(from)); // unchanged
 195     assertEquals("[1, 19]", Arrays.toString(to)); // unchanged
 196
 197   }
 198 }