JAL-3364 align split frame sequence panels with wrapped view scale left
[jalview.git] / test / jalview / io / gff / InterProScanHelperTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io.gff;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
27 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
28
29 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
30 import jalview.datamodel.Alignment;
31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
32 import jalview.datamodel.Sequence;
33 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
35 import jalview.datamodel.SequenceI;
36 import jalview.gui.JvOptionPane;
37
38 import java.io.IOException;
39 import java.util.ArrayList;
40 import java.util.List;
41 import java.util.Map;
42
43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
44 import org.testng.annotations.Test;
45
46 public class InterProScanHelperTest
47 {
48
49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
50   public void setUpJvOptionPane()
51   {
52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
54   }
55
56   /**
57    * Test processing one InterProScan GFF line
58    * 
59    * @throws IOException
60    */
61   @Test(groups = "Functional")
62   public void testProcessProteinMatch() throws IOException
63   {
64     InterProScanHelper testee = new InterProScanHelper();
65     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
66     String[] gff = "Submitted\tPfam\tprotein_match\t5\t30\t0\t+\t.\tName=PF12838;Target=Submitted 5 30;signature_desc=4Fe-4S dicluster domain;ID=match$17_5_30"
67             .split("\\t");
68     SequenceI seq = new Sequence("Prot1", "PQRASTGKEEDVMIWCHQN");
69     seq.createDatasetSequence();
70     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
71     Map<String, List<String>> set = Gff3Helper.parseNameValuePairs(gff[8]);
72
73     /*
74      * this should create a mapping from Prot1/5-30 to virtual sequence
75      * match$17_5_30 (added to newseqs) positions 1-26
76      */
77     testee.processProteinMatch(set, seq, gff, align, newseqs, false);
78     assertEquals(1, newseqs.size());
79     assertTrue(newseqs.get(0) instanceof SequenceDummy);
80     assertEquals("match$17_5_30", newseqs.get(0).getName());
81
82     assertNotNull(newseqs.get(0).getSequenceFeatures());
83     assertEquals(1, newseqs.get(0).getSequenceFeatures().size());
84     SequenceFeature sf = newseqs.get(0).getSequenceFeatures().get(0);
85     assertEquals(1, sf.getBegin());
86     assertEquals(26, sf.getEnd());
87     assertEquals("Pfam", sf.getType());
88     assertEquals("4Fe-4S dicluster domain", sf.getDescription());
89     assertEquals("InterProScan", sf.getFeatureGroup());
90
91     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
92     AlignedCodonFrame mapping = align.getCodonFrames().iterator().next();
93
94     /*
95      * 'dnaseqs' (map from) is here [Prot1]
96      * 'aaseqs' (map to) is here [match$17_5_30]
97      */
98     // TODO use more suitable naming in AlignedCodonFrame
99     assertEquals(1, mapping.getAaSeqs().length);
100     assertSame(seq.getDatasetSequence(), mapping.getdnaSeqs()[0]);
101     assertEquals(1, mapping.getdnaSeqs().length);
102     assertSame(newseqs.get(0), mapping.getAaSeqs()[0]);
103     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt().length);
104     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getFromRanges().size());
105     assertArrayEquals(new int[] { 5, 30 }, mapping.getdnaToProt()[0]
106             .getFromRanges().get(0));
107     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getToRanges().size());
108     assertArrayEquals(new int[] { 1, 26 }, mapping.getdnaToProt()[0]
109             .getToRanges().get(0));
110   }
111
112 }