test/jalview/io/gff/InterProScanHelperTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  28
  29 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  30 import jalview.datamodel.Alignment;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.gui.JvOptionPane;
  37
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map;
  42
  43 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  44 import org.testng.annotations.Test;
  45
  46 public class InterProScanHelperTest
  47 {
  48
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public void setUpJvOptionPane()
  51   {
  52     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  53     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  54   }
  55
  56   /**
  57    * Test processing one InterProScan GFF line
  58    *
  59    * @throws IOException
  60    */
  61   @Test(groups = "Functional")
  62   public void testProcessProteinMatch() throws IOException
  63   {
  64     InterProScanHelper testee = new InterProScanHelper();
  65     List<SequenceI> newseqs = new ArrayList<SequenceI>();
  66     String[] gff = "Submitted\tPfam\tprotein_match\t5\t30\t0\t+\t.\tName=PF12838;Target=Submitted 5 30;signature_desc=4Fe-4S dicluster domain;ID=match$17_5_30"
  67             .split("\\t");
  68     SequenceI seq = new Sequence("Prot1", "PQRASTGKEEDVMIWCHQN");
  69     seq.createDatasetSequence();
  70     AlignmentI align = new Alignment(new SequenceI[] {});
  71     Map<String, List<String>> set = Gff3Helper.parseNameValuePairs(gff[8]);
  72
  73     /*
  74      * this should create a mapping from Prot1/5-30 to virtual sequence
  75      * match$17_5_30 (added to newseqs) positions 1-26
  76      */
  77     testee.processProteinMatch(set, seq, gff, align, newseqs, false);
  78     assertEquals(1, newseqs.size());
  79     assertTrue(newseqs.get(0) instanceof SequenceDummy);
  80     assertEquals("match$17_5_30", newseqs.get(0).getName());
  81
  82     assertNotNull(newseqs.get(0).getSequenceFeatures());
  83     assertEquals(1, newseqs.get(0).getSequenceFeatures().size());
  84     SequenceFeature sf = newseqs.get(0).getSequenceFeatures().get(0);
  85     assertEquals(1, sf.getBegin());
  86     assertEquals(26, sf.getEnd());
  87     assertEquals("Pfam", sf.getType());
  88     assertEquals("4Fe-4S dicluster domain", sf.getDescription());
  89     assertEquals("InterProScan", sf.getFeatureGroup());
  90
  91     assertEquals(1, align.getCodonFrames().size());
  92     AlignedCodonFrame mapping = align.getCodonFrames().iterator().next();
  93
  94     /*
  95      * 'dnaseqs' (map from) is here [Prot1]
  96      * 'aaseqs' (map to) is here [match$17_5_30]
  97      */
  98     // TODO use more suitable naming in AlignedCodonFrame
  99     assertEquals(1, mapping.getAaSeqs().length);
 100     assertSame(seq.getDatasetSequence(), mapping.getdnaSeqs()[0]);
 101     assertEquals(1, mapping.getdnaSeqs().length);
 102     assertSame(newseqs.get(0), mapping.getAaSeqs()[0]);
 103     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt().length);
 104     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getFromRanges().size());
 105     assertArrayEquals(new int[] { 5, 30 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 106             .getFromRanges().get(0));
 107     assertEquals(1, mapping.getdnaToProt()[0].getToRanges().size());
 108     assertArrayEquals(new int[] { 1, 26 }, mapping.getdnaToProt()[0]
 109             .getToRanges().get(0));
 110   }
 111
 112 }