test/jalview/io/gff/SequenceOntologyLiteTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import org.testng.annotations.Test;
  27
  28 public class SequenceOntologyLiteTest
  29 {
  30   @Test(groups = "Functional")
  31   public void testIsA_sequenceVariant()
  32   {
  33     SequenceOntologyI so = new SequenceOntologyLite();
  34
  35     assertFalse(so.isA("CDS", "sequence_variant"));
  36     assertTrue(so.isA("sequence_variant", "sequence_variant"));
  37
  38     /*
  39      * these should all be sub-types of sequence_variant
  40      */
  41     assertTrue(so.isA("structural_variant", "sequence_variant"));
  42     assertTrue(so.isA("feature_variant", "sequence_variant"));
  43     assertTrue(so.isA("gene_variant", "sequence_variant"));
  44     assertTrue(so.isA("transcript_variant", "sequence_variant"));
  45     assertTrue(so.isA("NMD_transcript_variant", "sequence_variant"));
  46     assertTrue(so.isA("missense_variant", "sequence_variant"));
  47     assertTrue(so.isA("synonymous_variant", "sequence_variant"));
  48     assertTrue(so.isA("frameshift_variant", "sequence_variant"));
  49     assertTrue(so.isA("5_prime_UTR_variant", "sequence_variant"));
  50     assertTrue(so.isA("3_prime_UTR_variant", "sequence_variant"));
  51     assertTrue(so.isA("stop_gained", "sequence_variant"));
  52     assertTrue(so.isA("stop_lost", "sequence_variant"));
  53     assertTrue(so.isA("inframe_deletion", "sequence_variant"));
  54     assertTrue(so.isA("inframe_insertion", "sequence_variant"));
  55     assertTrue(so.isA("splice_region_variant", "sequence_variant"));
  56   }
  57 }